Cùng với Pháp lệnh Bộ đội Biên phòng ban hành ngày 28/1/1997 và Nghị định 161/2003/NĐ-CP ngày 18/12/2003 của Chính phủ về quy chế khu
vực Biên giới Biển, để đảm bảo các thủ tục kiểm tra, giám sát của Bộ đội Biên phòng đúng trình tự và thủ tục, ngày 13/12/2004 Bộ trưởng Bộ quốc phòng đã ban hành quyết định số 167/2004/QĐ-BQP về thủ tục kiểm tra, giám sát biên phòng tại các cảng biển và cảng chuyên dùng. Quyết định này áp dụng cho người, tầu, thuyền của Việt Nam và nước ngoài nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh, hoạt động tại các cảng biển và cảng chuyên dùng của Việt Nam.
Theo Quyết định này, thủ tục nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh & hoạt động tại cảng biển & cảng chuyên dùng của Việt Nam phải tuân thủ theo các bước sau:[15]
Đối với tàu, thuyền nhập cảnh.
Khi làm thủ tục nhập cảnh, Biên phòng cửa khẩu cảng chỉ yêu cầu thuyền trưởng nộp và xuất trình các giấy tờ sau:
13 Giấy tờ phải nộp: Bản khai chung: 01 bản chính; Danh sách thuyền viên: 01 bản chính; Danh sách hành khách (nếu có): 01 bản chính; Đơn xin phép đi bờ, khám chữa bệnh của thuyền viên (nếu có): 01 bản chính; Nếu trên tầu có vận chuyển hàng nguy hiểm, vũ khí vật liệu nổ thì phải nộp thêm tờ khai hàng hóa chi tiết.
14 Giấy tờ phải xuất trình: Sổ danh bạ thuyền viên (đối với tầu thuyền Việt Nam); Hộ chiếu của thuyền viên hoặc giấy tờ có giá trị thay hộ chiếu; Hộ chiếu của hành khách hoặc giấy tờ có giá trị thay hộ chiếu; Giấy chứng nhận đăng ký tầu thuyền;
Đối với tầu thuyền mang cờ của quốc gia có chung biên giới với Việt Nam có trọng tải từ 200 DWT trở xuống, khi đến cảng biển tại khu vực biên giới của Việt Nam với quốc gia đó, Biên phòng cửa khẩu cảng chỉ yêu cầu thuyền trưởng xuất trình các giấy tờ sau:
Nam với quốc gia đó; Các giấy tờ khác theo quy định của pháp luật Việt Nam.