Tuy nhiên trong quá trình triển khai thực hiện đã xuất hiện nhiều khó khăn mà bản thân nhà trường chưa thể tháo gỡ được như: tình trạng thiếu nhà lưu trú cho giáo viên và học sinh; chế độ làm thêm giờ và công tác quản trú của giáo viên không có; thiếu biên chế cán bộ, nhân viên và người nuôi dưỡng.
Đặc biệt là sự khó khăn về kinh phí nuôi dưỡng, chế độ chi trả của nhà nước nhiều thủ tục, chậm đến tay học sinh dẫn đến nhiều nhà trường phải ghi nợ các quán đến nửa năm học mới thanh toán được. Sự đóng góp của phụ huynh học sinh không đồng đều, không thường xuyên, số lượng ít trong khi đó thì giá cả leo thang. . . nhiều trường giáo viên phải đóng góp thêm để nuôi các em học sinh. Trường nào không lo được thì học sinh lại nghỉ học đến khi có chế độ mới tiếp tục đi học.
Sự bất cập về chế độ như nhu cầu về lương thực của các em học sinh THCS lớn học sinh TH thế nhưng chế độ nhà nước cho đều như nhau.
* Nhận định nhu cầu học sinh
Mặc dù còn nhiều khó khăn và thiếu thốn nhưng học sinh vẫn thích đi học vì đến trường các em được học tập và sinh hoạt trong môi trường tập thể, được tham gia các phong trào VHVN, TDTT. Đặc biệt hơn là các em sống xa gia đình được tự lập, tự khẳng định mình, được chăm sóc nuôi dưỡng tương đối chu đáo. Bản thân các em học sinh là con em hộ nghèo cho nên cha mẹ bận lao động sản xuất ít có thời gian chăm sóc và dạy dỗ con cái, đến trường các em được chăm sóc ân cần, được sinh hoạt trong môi trường tập thể nên các em rất thích đi học bán trú.