Theo quy định của luật, cách thức bồi thường đó là lấy tiền từ ngân sách nhà nước để bồi thường cho người thiệt hại. Sau đó xem xét cá nhân có trách nhiệm của người bồi thường theo một tỉ lệ nhất định mà không phải là toàn bộ. Có nhiều ý kiến băn khoăn rằng nếu chỉ bắt người công chức bồi thường một phần (có nhiều vụ việc số tiền phải bồi thường quá lớn, tạo gánh nặng cho ngân sách nhà nước – PV). Theo ông Đỗ Văn Chỉnh nguyên Chánh Thanh tra TANDTC thì đó là một mức hài hòa vì mục đích nhân đạo và do thực tế lương công chức hiện nay còn rất thấp.
Biết rằng, việc thừa nhận tất cả những hành vi sai trái của cán bộ công chức, các cơ quan trong tiến hành tố tụng hình sự gây thiệt hại điều được bồi thường thì khả năng bồi thường của nhà nước sẽ tăng lên và việc thâm hụt ngân sách là không tránh khỏi. Tuy nhiên, việc không thừa nhận bồi thường trong một số trường hợp, chuyển rủi ro về phía người bị thiệt hại lại vi phạm nguyên tắc công bằng, tước đi quyền được yêu cầu bồi thường của con người và không đảm bảo sự thống nhất của hệ thống pháp luật. Hơn nữa, nếu coi trình độ của cán bộ, công chức chưa cao, khả năng gây thiệt hại lớn mà hạn chế quyền yêu cầu bồi thường thiệt hại của người dân thì chẳng khác nào dung túng cho các hành vi sai trái, giải quyết phần ngọn chứ chưa giải quyết được tận gốc của vấn đề. Tác giả nghĩ rằng, để xây dựng một xã hội văn minh, một Nhà nước pháp quyền đúng nghĩa, thì việc mở rộng phạm vi bồi thường liên đới chịu trách nhiệm trong nhà nước là cần thiết. Việc mở rộng phạm vi trách nhiệm liên đới bồi thường của Nhà nước không những bù đắp được tổn thất cho người bị thiệt hại mà còn giảm đi sự nghi ngờ và làm tăng thêm niềm tin của công dân đối với Nhà nước và pháp luật.
Khi có kết luận bị kết tội oan theo khoản 2 Điều 6 LTNBTCNN 2009 thì sẽ áp dụng Luật Trách nhiệm bồi thường nhà nước để bồi thường. Theo đó, cơ quan nào có quyết định cuối cùng kết tội oan thì cơ quan đó phải chịu trách nhiệm bồi thường. (Người viết cho rằng điều luật này cần bổ xung vào trách nhiệm liên đới bồi thường giữa các chủ thể dẫn đến hàm oan người vô tội. Trong trường hợp liên đới chịu trách
nhiệm, người viết thiết nghĩ cơ quan nào làm sai hay có liên quan và dẫn đến người đó bị oan thì phải chịu trách nhiệm bồi thường liên đới. Ví dụ: Giữa Cơ quan điều tra và Viện kiểm sát làm sai dẫn đến oan người vô tội và Tòa án đã kết án là người đó vô tội thì trong trường hợp này hai cơ quan này có trách nhiệm liên đới bồi thường).
Phân định trách nhiệm giữa các cơ quan tiến hành tố tụng:
Thứ nhất: Việc phân định trách nhiệm giữa các cơ quan tiến hành tố tụng sẽ gặp phải rất nhiều khó khăn nếu như không có cơ sở pháp lí cụ thể làm căn cứ để xác định, nhất là khi vụ án phức tạp đòi hỏi hoạt động nghiệp vụ của các cơ quan phải có sự phối hợp.
Thứ hai: Các quan điểm của Đảng về cải cách hành chính và cải cách tư pháp
cần được quán triệt thành những định hướng chỉ đạo việc xây dựng các văn bản quy phạm pháp luật điều chỉnh trực tiếp việc bồi thường thiệt hại cho các trường hợp oan sai do các cơ quan tố tụng gây ra, cụ thể là: Khẳng định trách nhiệm trước tiên và trên hết thuộc về Nhà nước trong việc giải quyết, khắc phục các hậu quả, bồi thường thiệt hại cho người bị oan do các cơ quan tố tụng gây ra đồng thời xác định rõ cơ sở phân định trách nhiệm giữa tập thể và cá nhân, trách nhiệm liên đới giữa các cơ quan tiến hành tố tụng đã gây oan sai.
Nâng cao năng lực chuyên môn, nghề nghiệp, kiến thức pháp luật, bản lĩnh chính trị và đạo đức của những cán bộ tư pháp, đặc biệt là những người tiến hành tố tụng. Mặt khác, xử lý nghiêm minh và kịp thời mọi hành vi lôi kéo, mua chuộc, gây ảnh hưởng phía đương sự, người bị xét xử đối với Thẩm phán, Hội thẩm, cần phải nghiêm trị những người thực hiện các hành vi tác động đó cũng như những cán bộ xét xử sai phạm “Cần đưa xu hướng dân chủ hóa vào hoạt động tố tụng hình sự, thể hiện trong các văn bản pháp luật tố tụng hình sự và thực tiễn thi hành”.
Bên cạnh đó tác giả còn một số kiến nghị nhằm nâng cao trách nhiệm liên đới bồi thường để phòng ngừa oan trong tố tụng hình sự:
Thứ nhất: Giáo dục phẩm chất đạo đức, nâng cao trách nhiệm, và trình độ,
năng lực pháp luật cho những người tiến hành tố tụng hình sự.
Thứ hai: Trách nhiệm của Tòa án trong việc giải quyết tranh chấp khi người
bị oan khởi kiện ra Tòa và Tòa án cần độc lập xét xử, đảm bảo công lý để bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của công dân.
Thứ ba: Tăng cường và tôn trọng vai trò của báo chí, công luận trong việc phát hiện những yếu tố tích cực như những vấn đề tiêu cực trong hoạt động tố tụng
hình sự. Mặc khác, cần xử lý nghiêm những cán bộ, công chức trong hoạt động của mình đã làm oan người vô tội. Bên cạnh đó cần quy định trách nhiệm liên đới bồi thường giữa các cơ quan với nhau và liên đới bồi thường các thành viên Hội đồng xét xử trong tố tụng hình sự, để khẳng định pháp luật Nhà nước luôn công bằng, không để lọt người vi phạm pháp luật, và tránh làm oan người vô tội dẫn đến bức xúc của dư luận.