Thực trạng này xảy ra có nhiều nguyên nhân, trong đó có nguyên nhân từ những bất cập, theo quy định của LTNBTCNN năm 2009 thì việc bồi thường nhà nước chỉ phát sinh khi người có thiệt hại do cơ quan nhà nước làm sai có “đơn yêu cầu” bồi thường nhà nước gửi đến cơ quan nhà nước đã có việc làm sai đó; Sau đó là một loạt các điều kiện kèm theo để xem xét việc đơn yêu cầu có đủ điều kiện để tiếp nhận hay không như: đơn có gửi đúng cơ quan Nhà nước có trách nhiệm giải quyết hay không, đã có văn bản xác định hành vi trái pháp luật của cơ quan nhà nước có thẩm quyền chưa, đã có chứng cứ để xác định thiệt hại và mức thiệt hại yêu cầu bồi thường chưa.
Oan trong tố tụng hình sự xảy ra còn có nguyên nhân xuất phát từ việc chưa bảo đảm thực hiện tốt nguyên tắc độc lập của Tòa án và của các cơ quan và người tiến hành tố tụng khác.
Oan trong tố tụng hình sự xảy ra còn có nguyên nhân là do sự cố ý vi phạm pháp luật và pháp chế xã hội chủ nghĩa. Đây là một nguyên nhân xâu xa và gắn liền với những yếu tố tiêu cực khác trong cơ chế quản lý nhà nước về kinh tế, trong hệ thống
tổ chức Đảng và Nhà nước, các tổ chức chính trị xã hội. Hàng loạt tệ nạn và hiện tượng xã hội tiêu cực như: Bệnh quan liêu, cửa quyền, kết hợp với sự thiếu công khai, minh bạch, dân chủ và tham nhũng... dẫn đến các hiện tượng như chạy án, làm sai lệch hồ sơ vụ án để che giấu tội phạm hoặc đưa khai báo, thông tin sai lệch để boi nhọ, vu khống, đặt điều cho người khác gây ra sự oan.
Oan trong tố tụng hình sự xảy ra còn do một số nguyên nhân khác như: Do thiên hướng buộc tội trong phong cách và tư duy hoạt động của các cán bộ tiến hành tố tụng, thái độ, phong cách làm việc quan liêu của một số người tiến hành tố tụng; Do công tác kiểm sát khởi tố, điều tra, truy tố và xét xử còn chưa sâu, kỹ và đầy đủ, việc tổ chức rút kinh nghiệm đối với những trường hợp oan trước đó chưa được tiến hành thường xuyên, kịp thời; Tổ chức bộ máy tư pháp chưa hoàn thiện, chức năng trong tố tụng hình sự của các cơ quan, chủ thể chưa rõ ràng, chưa đầy đủ; Các cơ quan tiến hành tố tụng chưa bảo đảm quyền bào chữa của bị can, bị cáo.
Oan trong tố tụng hình sự xảy ra có nguyên nhân nữa là do năng lực chuyên môn, nghiệp vụ non kém, kiến thức pháp luật chưa sâu của một số người tiến hành tố tụng. Theo đó, trong quá trình điều tra, truy tố, xét xử, các chủ thể trong các cơ quan tiến hành tố tụng ở một số cơ quan tiến hành tố tụng ở một số cơ quan đã không nắm vững các kiến thức pháp lý, nhất là kiến thức về pháp luật hình sự, pháp luật tố tụng hình sự; Chuyên môn, nghiệp vụ còn non yếu nên nhiều trường hợp đã gặp sự lúng túng, phiến diện, một chiều từ đó dẫn đến đánh giá vụ án đã không đầy đủ. Đặc biệt, việc không nắm rõ các thủ tục, trình tự của hoạt động điều tra, truy tố, xét xử cũng là tiền đề dẫn đến những vi phạm trong quá trình giải quyết vụ án đó như: Không tổng hợp, đánh giá được chứng cứ, lời khai, phân tích đơn lẻ, phiến diện hay khi xét xử chỉ căn cứ vào kết luận điều tra của Cơ quan điều tra hoặc bản cáo trạng.
Việc Hội đồng xét xử chỉ cơ bản đánh giá tính xác thực của tài liệu, chứng cứ do cơ quan điều tra thu thập mà không chú trọng thu thập chứng cứ mới tại phiên tòa, cũng như vai trò của Luật sư trong quá trình tranh tụng là khá mờ nhạt, cũng là một trong những nguyên nhân dẫn đến oan sai trong tố tụng hình sự.
Theo người viết nguyên nhân quan trọng không kém quan trọng là hiện nay do chưa áp dụng trách nhiệm liên đới bồi thường trong tố tụng có nhiều nguyên nhân trong đó tiêu biểu như: Việc liên đới chịu trách nhiệm bồi thường sẽ tăng trách nhiệm của các cơ quan trong tiến hành tố tụng và làm cho khoản kinh phí bồi thường cho người bị oan sẽ tăng lên. Mặc khác, việc chưa áp dụng trách nhiệm liên đới là do các cán bộ cơ quan tiến hành tố tụng còn e ngại, áp lực công việc và khó khăn trong trách
nhiệm bồi hoàn lại cho cơ quan Nhà nước. Kế đến là trách nhiệm trong bồi thường Nhà nước chưa được quy định chặt chẽ, quan tâm đúng mức và chưa bắt kịp với điều kiện thực tế hiện nay; Nếu BLDS năm 2005 quy định về liên đới trách nhiệm bồi thường thì LTNBTCNN năm 2009 chưa quy định. Cuối cùng, do các cơ quan có thẩm quyền muốn giảm trách nhiệm thiệt hại quy định về mình, cùng với đó là các cơ quan có liên quan với nhau, nên hiện nay chưa quy định trách nhiệm liên đới là điều tất yếu.