Những năm qua, công tác thanh tra, kiểm tra đã được các cấp, các ngành của tỉnh Quảng Trị quan tâm, tăng cường đặc biệt là kiểm tra, thanh tra tài chính đối với các đơn vị dự toán, các cấp ngân sách trên địa bàn. Đây là một nội dung quan trọng nhằm nâng cao ý thức, trách nhiệm của thủ trưởng, cán bộ, công chức, viên chức, lao động trong cơ quan hành chính, đơn vị sự nghiệp; thông qua công tác này nhằm phát hiện, chấn chỉnh và ngăn ngừa kịp thời những sai phạm, tiêu cực trong quản lý, điều hành, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước.
Theo báo cáo của Sở Tài chính Quảng Trị, giai đoạn 2009-2013, thanh tra Sở Tài chính đã thực hiện được 53 cuộc thanh tra, kiểm tra tài chính trong kế hoạch và 6
cuộc thanh tra phối hợp với các lực lượng chức năng khác theo Quyết định của UBND tỉnh. Qua thanh tra, kiểm tra tài chính tại các đơn vị sử dụng ngân sách, các cấp ngân sách đã kịp thời hướng dẫn cho các đơn vị, địa phương thực hiện nghiêm túc công tác quản lý, sử dụng tiền và tài sản nhà nước. Đồng thời qua thanh tra đã kiến nghị xử lý tài chính 2.492 triệu đồng (trong đó: thu hồi nộp NSNN: 845 triệu đồng, giảm trừ dự toán năm sau: 607 triệu đồng,nộp thuế vào NSNN: 1.040 triệu đồng).
Ngoài việc thanh tra, kiểm tra do các lực lượng chức năng của ngành, cơ quan
kiểm tra theo hướng dẫn của cơ quan cấp trên. Tuy nhiên, công tác tự kiểm tra tại các đơn vị còn yếu, một số đơn vị tự kiểm tra không đầy đủ các nội dung như hướng dẫn, thậm chí một số đơn vị không thực hiện tự kiểm tra, còn xem nhẹ hình thức kiểm tra
này.
Trên thực tế công tác kiểm tra, thanh tra vẫn còn một số hạn chế nhất định, đó
là: mỗi năm chỉ thực hiện thanh tra, kiểm tra theo kế hoạch được duyệt tại một số đơn vị, sau hai đến ba năm mới thực hiện thanh tra, kiểm tra, kiểm toán lại tại các đơn vị
này. Do có một khoảng trống về thời gian kiểm tra khá dài nên đối với những đơn vị không được kiểm tra thường có tâm lý chủ quan, không chuẩn bị tốt công tác kế toán tại đơn vị. Bên cạnh đó, việc xử lý trách nhiệm của cá nhân, tổ chức vi phạm còn thiếu kiên quyết nên phần nào làm giảm đi hiệu lực, hiệu quả của công tác thanh tra, kiểm
tra.