Chấp hành NSNN là khâu tiếp theo trong chu trình quản lý NSNN, bao gồm việc tổ chức thu NSNN và tổ chức chi.
Sau khi dự toán thu, chi NSNN được HĐND quyết định, các cơ quan, đơn vị, các địa phương trong tỉnh Quảng Trị đã khẩn trương tổ chức thực hiện khâu chấp
hành. Các cơ quan thu: Thuế, Hải quan, Tài chính, KBNN các địa phương triển khai tổ chức thu NSNN theo dự toán năm, theo quy định của các Luật Thuế và các văn bản hiện hành. Các đơn vị sử dụng ngân sách thực hiện việc phân bổ và giao dự toán thu, chi cho các đơn vị trực thuộc theo quy định của Nghị định 60/2003/NĐ-CP ngày
06/6/2003 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật NSNN, Thông tư 59/2003/TT-BTC ngày 23/6/2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Nghị định 60/2003/NĐ-CP và các Văn bản hướng dẫn điều hành ngân sách của Bộ Tài chính. Cơ quan Tài chính thực hiện việc thẩm tra dự toán, phương án phân bổ cho các đơn vị và tiến hành nhập dự toán vào hệ thống TABMIS (Hệ thống này được triển khai vận hành tại tỉnh Quảng Trịtừnăm 2010) để các đơn vị sử dụng ngân sách thực hiện việc thanh
Nhìn chung trong giai đoạn 2004-2013, về tổng thể, kết quả thực hiện thu, chi ngân sách của tỉnhQuảng Trị đều đảm bảo và hoàn thành dự toán được giao. Cùng với việc tăng cường quản lý nhà nước bằng pháp luật, hệ thống các văn bản quy phạm pháp luật điều chỉnh hoạt động quản lý tài chính ngày càng hoàn thiện. Việc chấp hành ngân sách ngày càng được luật hóa, tạo điều kiện cho các đơn vị, địa phương trên địa bàn tỉnh Quảng Trị chủ động hơn trong thực hiện nhiệm vụ dự toán, nhiệm vụ chính trị, chuyên môn được giao. Trong chấp hành chi, về cơ bản số vượt chi so với dự toán hầu hết do bổ sung từ NSTW để thực hiện các chế độ, chính sách, chính sách an sinh xã hội, trong đó chi thực hiện cải cách tiền lương khá lớn. Mặt khác, do điều kiện về nguồn kinh phí còn hạn hẹp, nên quá trình chấp hành dự toán chi của tỉnh còn gặp nhiều khó khăn, nhiều nhiệm vụ quan trọng, cấp bách do không cân đối được ngay trong dự toán đầu năm nên trong năm buộc phải sử dụng nguồn dự phòng để bổ sung dự toán cho các địa phương, đơn vị thực hiện, dẫn đến khi thực hiện quyết toán các lĩnh vực chi đều vượt dự toán được giao.
Bên cạnh đó, quản lý và điều hành ngân sách có phần bị động do phải chạy theo các mục tiêu kế hoạch phát triển kinh tế- xã hội, trong khi đó các mục tiêu này thường đặt ra cao và khá cứng nhắc so với khả năng đáp ứng của NSNN, tình hình thực tế của địa phương. HĐND các cấp quyết định NSĐP, nhưng trên thực tế chưa thực hiện tốt việc giám sát để thúc đẩy việc chấp hành ngân sách có hiệu quả.
Mặc khác, UBND các cấp trong khá nhiều trường hợp, đặc biệt là ở các địa phương nghèo thường bị động trong khâu chấp hành ngân sách, bởi ở đa số các địa phương này có nguồn thu được phân cấp không đủ để cân đối nhu cầu chi của địa phương, phải trông chờ vào trợ cấp của ngân sách cấp trên.