Với vị trí vai trò quan trọng của công tác hòa giải ở cơ sở trong thời gian qua và tình hình thực tiễn công tác hòa giải, ngày 25 tháng 12 năm 1998, Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã thông qua Pháp lệnh về tổ chức và hoạt động hòa giải ở cơ sở, có hiệu lực thi hành từ ngày 08 tháng 01 năm 1999. Ngày 18 tháng 10 năm 1999, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 160/1999/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều của Pháp lệnh về tổ chức và hoạt động hòa giải ở cơ sở. Đây là hai văn bản pháp luật có hiệu lực pháp lý cao quy định đầy đủ và đồng bộ về tổ chức và hoạt động hòa giải ở cơ sở như hình thức, nguyên tắc, phạm vi hòa giải, vai trò của Ủy ban Mặt trận tổ quốc Việt Nam, các tổ chức thành viên của Mặt trận; các tổ chức xã hội khác, tổ chức kinh tế, cơ quan nhà nước, đơn vị lực lượng vũ trang nhân dân và công dân trong công tác hòa giải; quản lý nhà nước về công tác hòa giải; các quy định về cơ cấu Tổ hòa giải cũng như tiêu chuẩn, thủ tục bầu, miễn nhiệm tổ trưởng, tổ viên tổ hòa giải; hoạt động hòa giải; khen thưởng và xử lý vi phạm.
Sự ra đời của hai văn bản quy phạm pháp luật này thể hiện tính kế thừa, tính liên tục của truyền thống hòa giải ở nước ta, tạo cơ sở pháp lý cho việc tiếp tục củng cố tổ chức, xây dựng đội ngũ tổ viên tổ hòa giải và tăng cường vai trò, trách nhiệm của các tổ chức chính trị xã hội, tổ chức xã hội khác, cơ quan nhà nước, đơn vị lực lượng vũ trang và công dân đối với công tác hòa giải ở cơ sở.
Tiếp tục thực hiện Pháp lệnh tổ chức và hoạt động hòa giải ở cơ sở và Nghị định số 160/1999/NĐ-CP ngày 18 tháng 10 năm 1999 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Pháp lệnh này, Nhà nước ta cũng ban hành các văn bản pháp luật có liên quan đến hòa giải ở cơ sở như Luật Mặt trận tổ quốc Việt Nam ngày 12 tháng 6 năm 1999 quy định vai trò của Mặt trận tổ quốc Việt Nam trong tuyên truyền, vận động nhân dân thực hiện quyền làm
chủ, thi hành chính sách pháp luật, tham gia hoạt động hòa giải ở cơ sở theo quy định của pháp luật về hòa giải; Nghị định số 62/2003/NĐ-CP ngày 06 tháng 6 năm 2003 về chức năng nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức của Bộ Tư pháp thay thế Nghị định 38/CP ngày 04 tháng 6 năm 1993 của Chính phủ về chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức của Bộ Tư pháp, Nghị định số 79/2003/NĐ-CP về ban hành Quy chế thực hiện dân chủ ở xã, Luật đất đai năm 2003 cũng đã có quy định về hòa giải tranh chấp đất đai ở cấp xã (Điều 135). Tiếp đó là sự ra đời của Thông tư Liên tịch số 04/2005/TTLT-TP-NV ngày 05 tháng 5 năm 2005 của Bộ Tư pháp và Bộ Nội vụ hướng dẫn về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức các cơ quan chuyên môn giúp UBND quản lý nhà nước về công tác tư pháp ở địa phương.
Để thực hiện việc tổ chức thực hiện Pháp lệnh Hòa giải ở cơ sở, Bộ Tư pháp đã tổ chức triển khai tuyên truyền dưới nhiều hình thức khác nhau trong đó tổ chức Hội thi Hòa giải viên giỏi toàn quốc lần thứ nhất năm 2000 và Hội thi hòa giải viên giỏi toàn quốc lần thứ 2 năm 2005. Thông qua các hội thi dưới hình thức sân khấu hóa như thế này góp phần tích cực trong công tác tuyên truyền, vận động để hòa giải ở cơ sở thực sự đi vào cuộc sống và phát huy vị trí vai trò đích thực của nó trong cuộc sống. Mặt khác, Hội thi còn là hình thức để đánh giá công tác hòa giải trong thời gian qua, rút kinh nghiệm những mặt tồn tại, khó khăn trong công tác hòa giải đồng thời phát huy mặt tích cực, những cách làm hay trong công tác này ở các địa phương và đẩy mạnh công tác hòa giải trong thời gian tới. Ngoài ra, Bộ tư pháp còn ban hành một số văn bản hướng dẫn nghiệp vụ hòa giải cho cán bộ tư pháp hộ tịch, tổ viên tổ hòa giải trong cả nước.
Thực hiện Pháp lệnh hòa giải ở cơ sở và Nghị định số 160/1999/NĐ-CP, hệ thống cơ quan quản lý nhà nước từ Trung ương đến địa phương được thành lập và hoạt động trên phạm vi cả nước, cụ thể:
- Chính phủ: Thống nhất quản lý nhà nước về công tác hòa giải trong phạm vi cả nước. Bộ Tư pháp chịu trách nhiệm trước Chính phủ thực hiện quản lý nhà nước về công tác hòa giải ở cơ sở; chỉ đạo và hướng dẫn Ủy ban nhân dân các cấp thực hiện quản lý nhà nước về công tác hòa giải ở địa phương.
- Bộ Tư pháp có trách nhiệm Dự thảo văn bản quy phạm pháp luật về tổ chức và hoạt động hòa giải trình Chính phủ ban hành hoặc ban hành theo thẩm quyền; hướng dẫn về tổ chức và hoạt động hòa giải trong phạm vi cả nước; tổ chức bồi dưỡng và hướng dẫn các Sở Tư pháp tổ chức bồi dưỡng về đường lối, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước, nâng cao nghiệp vụ hòa giải cho người làm công tác hòa giải; sơ kết, tổng kết công tác hòa giải của tổ hòa giải trong phạm vi cả nước.
- Ủy ban nhân dân các cấp thực hiện quản lý nhà nước về công tác hòa giải theo sự chỉ đạo và hướng dẫn của Bộ Tư pháp.
Ở Trung ương, trên cơ sở pháp luật hòa giải ở cơ sở, Bộ Tư pháp có nhiệm vụ hướng dẫn, kiểm tra về tổ chức và hoạt động hoà giải ở cơ sở (Khoản 16, Điều 2, Nghị định số 93/2008/NĐ-CP ngày 22/8/2008 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Tư pháp- thay thế Nghị định số 62/2003/NĐ-CP của Chính phủ ngày 06/6/2003 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Tư pháp). Ở địa phương, các cơ quan Tư pháp (Sở Tư pháp thuộc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, Phòng Tư pháp thuộc Ủy ban nhân dân cấp huyện và công chức tư pháp – hộ tịch của Ủy ban nhân dân cấp xã) được giao nhiệm vụ hướng dẫn, kiểm tra công tác hoà giải ở cơ sở theo quy định của pháp luật (Điểm 17, Điều 2, Thông tư liên tịch số 01/2009/TTLT-BTP-BNV ngày 28/4/2009 của Bộ Tư pháp và Bộ Nội vụ - thay thế Thông tư liên tịch số 04/2005/TTLT-TP- NV ngày 05/5/2005 của Bộ Tư pháp và Bộ Nội vụ).