VQG U Minh Thượng được thành lập theo quyết định của chính phủ Việt
Nam năm 1993 (Buckton etal.1999). Cùng năm này kế hoạch đầu tư đã được Bộ Lâm Nghiệp trước đây thẩm định và phê duyệt (cục Kiểm Lâm, 1998). Năm sau đó, Khu bảo tồn thiên nhiên U Minh Thượng và Hội đồng quản lý khu di tích Lịch sử đã được thành lập để giám sát về tổ chức khu vực và quản lý nguồn kinh phí của Chính Phủ thông qua chương trình 327 Quốc Gia (N.sage và M.Greve 2000).
Ngày 14/01/2002, quyết định số 11/2002/QĐ-TTg của Thủ Tướng Chính phủ về chuyển hạng khu BTTN U Minh Thượng thành VQG. Vườn quốc gia U Minh Thượng có diện tích 21.107 ha, trong đó vũng lõi chiếm 8.038 ha, vùng đệm chiếm 13.069 ha.Cũng theo quyết định này, VQG U Minh Thượng thuộc sự quản lý của UBND tỉnh Kiên Giang. Đây là loại rừng với hệ sinh thái rừng nhiệt đới ngập nước thuộc loại rất hiếm trên thế giới.
Theo bản kế hoạch đầu tư mới, Ban quản lý khu bảo tồn thiên nhiên U Minh Thượng và hộ đồng quản lý khu di tích lịch sử đã được cấu trúc lại thành Ban quản lý VQG theo quyết định số 49/QĐ-UB ngày 8/7/2002 của UBND tỉnh.
Hiện tại, BQL có 58 cán bộ và 8 trạm bảo vệ rừng, Bản quy hoạch đầu tư mới đã được xây dựng năm 2003 (Thái Thành Lượm Giám đốc vườn quốc gia U Minh Thượng, 2003).
U Minh Thượng có tên trong danh lục các khu rừng đặc dụng Việt Nam đến năm 2010 được xây dựng bởi Cục kiểm lâm và BNN & PTNT với diện tích 8053ha ( cục kiểm lâm,2003) danh lục này hiện vẫn chưa được chính phủ phê duyệt.
Năm 2007, VQGUMT được UNESCO công nhận là một khu vực quan trọng thuộc Khu Dự Trữ Sinh Quyển Kiên Giang.