Thẩm quyền xột xử theo lónh thổ là sự phõn định thẩm quyền xột xử theo khụng gian hoặc thời gian của tội phạm xảy ra. Thẩm quyền xột xử của Tũa ỏn thường căn cứ vào nơi tội phạm được thực hiện hoặc nơi kết thỳc điều tra vụ ỏn. Khoản 1 Điều 171 BLTTHS năm 2003 quy định cụ thể như sau: "Tũa ỏn cú thẩm quyền xột xử vụ ỏn hỡnh sự là Tũa ỏn nơi tội phạm được thực hiện. Trong trường hợp tội phạm được thực hiện tại nhiều nơi khỏc nhau hoặc khụng xỏc định được nơi thực hiện tội phạm thỡ Tũa ỏn cú thẩm quyền xột xử là Tũa ỏn nơi kết thỳc việc điều tra" [28]. Việc quy định thẩm quyền xột xử thuộc về Tũa ỏn nơi tội phạm được thực hiện nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho cơ quan tiến hành tố tụng và người tham gia tố tụng. Hoạt động điều tra, thu thập chứng cứ, triệu tập người làm chứng trong vụ ỏn… của cỏc cơ quan tiến hành tố tụng sẽ cú nhiều thuận lợi hơn. Mặt khỏc, việc xử lý vụ ỏn tại nơi tội phạm thực hiện sẽ đảm bảo tốt hơn sự cú mặt của những người tham gia tố tụng trong quỏ trỡnh giải quyết vụ ỏn. Tuy nhiờn, trờn thực tế cú những trường hợp khụng thể xỏc định được nơi thực hiện tội phạm hoặc tội phạm được thực hiện ở nhiều nơi khỏc nhau. Trong cỏc trường hợp đú, thẩm quyền xột xử thuộc về Tũa ỏn nơi kết thỳc việc điều tra.
Trường hợp bị cỏo phạm tội ở nước ngoài bị đưa về nước xột xử thỡ thẩm quyền xột xử được quy định như sau: "Bị cỏo phạm tội ở nước ngoài nếu xột xử ở Việt Nam thỡ do TAND cấp tỉnh nơi cư trỳ cuối cựng của bị cỏo ở trong nước xột xử. Nếu khụng xỏc định được nơi cư trỳ cuối cựng ở trong nước của bị cỏo thỡ tựy trường hợp, Chỏnh ỏn TANDTC ra quyết định giao cho TAND thành phố Hà Nội hoặc TAND Thành phố Hồ Chớ Minh xột xử.
"Bị cỏo phạm tội ở nước ngoài, nếu thuộc thẩm quyền xột xử của Tũa ỏn quõn sự thỡ do Tũa ỏn quõn sự cấp quõn khu trở lờn xột xử theo quyết định của Chỏnh ỏn Tũa ỏn quõn sự trung ương" [28, khoản 2 Điều 171].
Như vậy, tội phạm xảy ra ở đõu thỡ Tũa ỏn nơi đú cú quyền xột xử người phạm tội, khụng kể là người phạm tội cư trỳ tại địa phương nào. Đối với cỏc tội phạm kộo dài hoặc tội phạm liờn tục, khi hành vi phạm tội được thực hiện trong những khoảng thời gian khỏc nhau và địa điểm khỏc nhau thỡ tội phạm được thực hiện được xỏc định là nơi kết thỳc hành vi phạm tội. Nếu khụng xỏc định được nơi tội phạm xảy ra, thỡ Tũa ỏn nơi kết thỳc điều tra cú thẩm quyền xột xử tội phạm đú.
Điều 172, BLTTHS năm 2003 đó quy định:
Những tội phạm xảy ra trờn tàu bay hoặc tàu biển của nước Cộng hũa xó hội chủ nghĩa Việt Nam đang hoạt động ngoài khụng phận hoặc lónh hải Việt Nam thuộc thẩm quyền xột xử của Tũa ỏn Việt Nam, nơi cú sõn bay hoặc bến cảng trở về đầu tiờn hoặc nơi tàu bay, tàu biển đú được đăng ký [28].
Đối với TAQS thỡ thẩm quyền xột xử theo lónh thổ quy định tại Điều 171 BLTTHS năm 2003 được hướng dẫn ỏp dụng theo Thụng tư liờn tịch số 01/2005/TTLT-TANDTC-VKSNDTC-BQP-BCA ngày 18/4/2005 của TANDTC, VKSNDTC, Bộ Quốc phũng, Bộ Cụng an, cụ thể như sau:
1. Vụ ỏn thuộc thẩm quyền xột xử của Tũa ỏn quõn sự cấp nào xảy ra trờn địa bàn cú Tũa ỏn quõn sự cấp đú thỡ do Tũa ỏn quõn sự cấp đú xột xử. Việc phõn định địa bàn trong Quõn đội để xỏc định thẩm quyền xột xử của Tũa ỏn quõn sự do Bộ Quốc phũng quy định cụ thể.
2. Trong trường hợp người phạm tội thuộc đơn vị của quõn chủng và tổ chức tương đương cú tổ chức Tũa ỏn quõn sự, thỡ vụ ỏn đú do Tũa ỏn quõn sự của quõn chủng hoặc tổ chức tương đương xột xử, khụng phụ thuộc vào nơi thực hiện tội phạm.
Trong trường hợp người phạm tội là những người theo quy định tại khoản 2 Điều 3 của Phỏp lệnh tổ chức Tũa ỏn quõn sự mà
tội phạm của họ gõy thiệt hại trực tiếp cho quõn chủng hoặc tổ chức tương đương, thỡ vụ ỏn cũng do Tũa ỏn quõn sự của quõn chủng hoặc tổ chức tương đương xột xử.
3. Trong trường hợp khụng xỏc định được nơi thực hiện tội phạm hoặc trong trường hợp cú nhiều Tũa ỏn quõn sự khỏc nhau cú thẩm quyền xột xử vụ ỏn do trong vụ ỏn cú nhiều người phạm tội thuộc nhiều đơn vị khỏc nhau hoặc do người phạm tội thực hiện tội phạm ở nhiều nơi, nếu Viện kiểm sỏt quõn sự truy tố bị can trước Tũa ỏn quõn sự nào, thỡ Tũa ỏn quõn sự đú xột xử vụ ỏn.
4. Trường hợp bị cỏo là quõn nhõn phạm tội ở nước ngoài nếu xột xử ở Việt Nam thỡ do Tũa ỏn quõn sự quõn khu, quõn chủng hoặc tương đương xột xử theo quyết định của Chỏnh ỏn Tũa ỏn quõn sự trung ương [41].