Thẩm quyền xột xử theo đối tượng là sự phõn định thẩm quyền xột xử giữa TAND với TAQS căn cứ vào đối tượng phạm tội. Trong BLTTHS năm 2003 khụng quy định cụ thể đối tượng nào thuộc thẩm quyền xột xử của TAND và đối tượng nào thuộc thẩm quyền xột xử của TAQS. Tuy nhiờn, tại Phỏp lệnh tổ chức TAQS cú quy định cụ thể về thẩm quyền xột xử của TAQS. Do vậy, Phỏp lệnh tổ chức TAQS chớnh là căn cứ phỏp lý để phõn định thẩm quyền giữa TAND và TAQS.
Theo quy định tại Điều 1 của Phỏp lệnh tổ chức TAQS thỡ: "Cỏc Tũa ỏn quõn sự là những cơ quan xột xử của nước Cộng hũa xó hội chủ nghĩa Việt Nam thuộc hệ thống Tũa ỏn nhõn dõn được tổ chức trong Quõn đội" [47]. Tại Điều 3, Điều 4 và Điều 5 của Phỏp lệnh tổ chức TAQS quy định về thẩm quyền xột xử vụ ỏn hỡnh sự của TAQS như sau:
Cỏc TAQS cú thẩm quyền xột xử những vụ ỏn hỡnh sự đối với cỏc bị cỏo là quõn nhõn tại ngũ hoặc cụng chức quốc phũng. Điều 3, Phỏp lệnh tổ chức TAQS đó quy định cụ thể như sau:
1. Quõn nhõn tại ngũ, cụng chức, cụng nhõn quốc phũng, quõn nhõn dự bị trong thời gian tập trung huấn luyện hoặc kiểm tra tỡnh trạng sẵn sàng chiến đấu; dõn quõn, tự vệ phối thuộc với Quõn đội trong chiến đấu, phục vụ chiến đấu và những người được trưng tập làm nhiệm vụ quõn sự do cỏc đơn vị quõn đội trực tiếp quản lý;
2. Những người khụng thuộc cỏc đối tượng quy định tại khoản 1 Điều này mà phạm tội cú liờn quan đến bớ mật quõn sự hoặc gõy thiệt hại cho quõn đội [47].
Như vậy, quõn nhõn tại ngũ phạm tội trong quõn đội và ngoài xó hội đều thuộc thẩm quyền xột xử của TAQS. Theo Thụng tư liờn tịch số 01/2005/TTLT-TANDTC-VKSNDTC-BQP-BCA ngày 18/4/2005 của TANDTC, VKSNDTC, Bộ Quốc phũng, Bộ Cụng an hướng dẫn về thẩm quyền xột xử của TAQS thỡ bớ mật quõn sự được hiểu là bớ mật quõn đội, bớ mật về an ninh quốc phũng và được quy định trong cỏc văn bản do cỏc cơ quan nhà nước cú thẩm quyền ban hành. Cũn khỏi niệm "gõy thiệt hại cho quõn đội" tức là gõy thiệt hại đến tớnh mạng, sức khỏe, tự do, danh dự… của những người được quy định tại khoản 1 Điều 3 của Phỏp lệnh nờu trờn.
Theo quy định tại Điều 4 Phỏp lệnh tổ chức TAQS thỡ: Đối với những người khụng cũn phục vụ trong Quõn đội mà phỏt hiện hành vi phạm tội của họ đó được thực hiện trong thời gian phục vụ trong Quõn đội hoặc những người đang phục vụ trong Quõn đội mà phỏt hiện hành vi phạm tội của họ đó được thực hiện trước khi vào Quõn đội, thỡ TAQS xột xử những tội phạm cú liờn quan đến bớ mật quõn sự hoặc gõy thiệt hại cho Quõn đội; những tội phạm khỏc do TAND xột xử.
Điều 5 Phỏp lệnh tổ chức TAQS quy định thẩm quyền xột xử trong trường hợp đặc biệt:
Trong trường hợp vụ ỏn vừa cú bị cỏo hoặc tội phạm thuộc thẩm quyền xột xử của Tũa ỏn quõn sự, vừa cú bị cỏo hoặc tội phạm
thuộc thẩm quyền xột xử của Tũa ỏn nhõn dõn thỡ thẩm quyền xột xử được thực hiện như sau:
1. Trong trường hợp cú thể tỏch vụ ỏn thỡ Tũa ỏn quõn sự xột xử những bị cỏo và tội phạm theo quy định tại khoản 1 Điều 3 và Điều 4 của Phỏp lệnh này; những bị cỏo và tội phạm khỏc thuộc thẩm quyền xột xử của Tũa ỏn nhõn dõn.
2. Trong trường hợp khụng thể tỏch vụ ỏn thỡ Tũa ỏn quõn sự xột xử toàn bộ vụ ỏn [47].
Theo quy định tại khoản 2 Điều 29 của Phỏp lệnh tổ chức TAQS, thỡ "Tũa ỏn quõn sự khu vực cú thẩm quyền xột xử sơ thẩm những vụ ỏn hỡnh sự quy định tại khoản 1 Điều 170 của Bộ luật tố tụng hỡnh sự năm 2003 mà bị cỏo khi phạm tội hoặc khi bị khởi tố cú quõn hàm từ Trung tỏ trở xuống hoặc là người cú chức vụ từ Trung đoàn trưởng hoặc tương đương trở xuống" [47].
Cũng theo Phỏp lệnh tổ chức TAQS (tại khoản 1 Điều 26 và khoản 1 Điều 29), TAQS quõn khu và tương đương cú thẩm quyền xột xử sơ thẩm những vụ ỏn hỡnh sự sau đõy:
- Về cỏc tội phạm đặc biệt nghiờm trọng; - Về cỏc tội xõm phạm an ninh quốc gia;
- Về cỏc tội phỏ hoại hũa bỡnh, chống loài người và tội phạm chiến tranh; - Về cỏc tội quy định tại cỏc điều 93, 95, 96, 172, 216, 217, 218, 219, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 263, 293, 294, 295, 296, 322 và 323 của BLHS năm 1999;
- Về cỏc tội phạm mà bị cỏo khi phạm tội hoặc khi bị khởi tố cú quõn hàm từ Thượng tỏ trở lờn hoặc cú chức vụ từ Phú Sư đoàn trưởng, Phú Cục trưởng và tương đương trở lờn;
- Về cỏc tội phạm thuộc thẩm quyền xột xử của TAQS khu vực, nhưng TAQS quõn khu và tương đương lấy lờn để xột xử.
Như vậy, Phỏp lệnh tổ chức TAQS đó quy định rất rừ ràng, cụ thể về thẩm quyền xột xử của TAQS và sự phõn định thẩm quyền xột xử giữa TAND
và TAQS. Trường hợp nếu cú tranh chấp về thẩm quyền xột xử giữa TAND và TAQS thỡ Chỏnh ỏn TANDTC sẽ xem xột và đưa ra quyết định.