Ngày ra đời của quân đội nước Cộng hịa Indonesia được coi là ngày 5-10- 1945, khi Tổng thống Sukarno ra sắc lệnh thành lập Quân đội An ninh Nhân dân (Tentara Keamanan Rakjat - TKR). Nền tảng của nĩ là những đơn vị của Lực lượng Tình nguyện Bảo vệ Tổ quốc (Sukarela Pembela Tanah Air - PETA) đã được quân chiếm đĩng Nhật thành lập, các tiểu đồn lao dịch bán quân sự (Heiho), những chi đội nhân dân tự vệ (Laskar) và những phân đội Hồi giáo (Hizbullah). Ít lâu sau Quân đội An ninh Nhân dân chuyển thành Quân đội Quốc gia Indonesia (Tentara Nasional Indonesia - TRI) cho đến ngày nay.
Trong những năm đầu quân đội Indonesia được trang bị tồi, khơng được huấn luyện đầy đủ và thiếu kinh nghiệm chiến đấu. Thốt thai từ quân đội của chếđộ thực dân cũ, quân đội bị chỉ huy bởi các sĩ quan trong quân đội Hồng gia Ấn Độ thuộc Hà Lan cũ (KNIL) hoặc những người đã tốt nghiệp các trường quân sự của Nhật. Chỗ yếu rõ rệt nhất của TRI là bộ máy chỉ huy của nĩ. Các sĩ quan cấp dưới khơng sẵn sàng phục tùng cấp trên và hợp tác với các chỉ huy đồng cấp. Họ xử sự như "các quân phiệt". Đây là nguồn gốc của chế độ "gia trưởng" (bapakism), theo đĩ các sĩ quan chỉ huy địa phương tự coi mình là bapak (cha) trong quan hệ với cấp dưới và đến lượt mình, cấp dưới chỉ phục tùng cấp trên trực tiếp. Bapakapism đã khiến các chỉ huy địa phương ít nhiều độc lập trong quan hệ với cấp trên. Cạnh đĩ, cịn tồn tại
khơng ít tổ chức bán quân sự khơng phục tùng TRI, như Pemuda Sosialis Indonesia (Pesindo). Các sĩ quan PETA khơng tin cậy các sĩ quan của KNIL, dù họ được đào tạo chính quy. Giữa hai giới này đã diễn ra một cuộc cạnh tranh quyết liệt giành chức tư lệnh TRI. Kết quả là Sudirman, cựu tư lệnh các tiểu đồn PETA đĩng ở Banjumas, được bầu làm tư lệnh ngày 12-11-1945, dù xét về trình độ chuyên nghiệp và thâm niên, ơng này kém xa Urip Sumohardjo, cựu sĩ quan KNIL.
Nổi tiếng là người phân phối một cách cơng bằng các vũ khí tịch thu được của quân đội chiếm đĩng Nhật, Sudirman cịn được biết đến với chủ trương rằng quân đội phải đĩng một vai trị chính trị nhất định trong sự nghiệp bảo vệ nền độc lập của đất nước và quyền lợi dân tộc.
Những điểm yếu kể trên đã hạn chế nhiều vai trị của quân đội trong sự nghiệp đấu tranh chống cuộc chiến tranh xâm lược của thực dân Hà Lan. Tuy nhiên, nhờ lịng dũng cảm và tinh thần yêu nước cao độ của các binh sĩ và được nhân dân ủng hộ hết lịng, quân đội đã lập được nhiều thành tích vẻ vang trong cuộc kháng chiến chống chiến tranh xâm lược của Hà Lan và qua đĩ đã khẳng định được một chỗđứng nhất định trong bộ máy cơng quyền của Nhà nước Indonesia độc lập.
Năm 1947, giữa lúc cuộc kháng chiến chống thực dân Hà Lan cịn đang diễn ra, trong hàng ngũ quân đội đã bùng ra một cuộc tranh luận chung quanh phương hướng xây dựng quân đội thành một quân đội nhà nghề, hay một quân đội nhân dân. Được sự ủng hộ của Thủ tướng Mohammed Hatta, kế hoạch xây dựng Quân đội Quốc gia Indonesia thành một quân đội nhà nghề cĩ kỷ luật cao, hoặc huấn luyện kỹ, rành rẽ trong việc nắm vững khoa học quân sự và nghệ thuật quân sự do các đại tá Abdul Haris Nasution và T.B. Simatupang, vốn là những sĩ quan chuyên nghiệp được người Hà Lan đào tạo, đề xuất đã thắng thế. Theo kế hoạch này, quân số sẽ được giảm từ 40 vạn xuống cịn 15 vạn được huấn luyện tốt, trang bị hiện đại, cĩ sức cơ động cao và chiến đấu cĩ hiệu quả. Bộ Tham mưu do Nasution lãnh đạo đã cho giải trừ những đơn vị mà sĩ quan của chúng xét ra là những phần tử cĩ xu hướng tả khuynh, khơng ăn cánh với phe Nasution. Cần chú ý một điều là thắng lợi của Nasution diễn ra đồng thời với những nỗ lực của các đảng phái tư sản nhằm loại khỏi chính phủ những thành viên cộng sản trong khoảng thời gian thương thuyết Hiệp ước Renville (17-1-1948). Những nỗ lực này đã kết thúc bằng việc thay nội các của chính phủ Sjarifuddin bằng chính phủ Hatta (29-1-1948). Âm mưu trên của lực lượng tư sản dân tộc đã gặp phải sự chống cự quyết liệt từ các lực lượng cánh tả, nhất là từ phía đảng Cộng sản. Nhiều sĩ quan cộng sản đã bị bắt cĩc và giết hại. Những hoạt động khiêu khích của chính phủ Hatta và Tham mưu trưởng Nasution đã làm bùng lên những cuộc đụng độ vũ trang giữa các lực lượng trung thành với chính phủ và sư đồn 4 Senopati đang đĩng tại Solo (Surakarta) trên đảo Java - một trong những cơ sở quyền lực của Mặt trận Dân chủ Nhân dân và đảng Cộng sản Indonesia. Khi sư đồn này bị đánh bại, ban lãnh đạo Pesindo đã quyết định ra mặt chống chính phủ và đêm 28-9 đã dựa vào các đơn vị trung thành với mình chiếm thành phố Madiun. Dù hồn tồn bất ngờ, một số nhà lãnh đạo đảng Cộng sản do Musso cầm đầu, đã liên minh với những người khởi nghĩa. Cuộc khởi nghĩa đã bị chính phủ Hatta dùng các đơn vị thuộc sư đồn Siliwangi trấn áp thẳng tay.
Sau cuộc khởi nghĩa vũ trang trên, tư tưởng chống Cộng đã ngự trị trong quân đội: chủ nghĩa chống Cộng đã trở thành biểu trưng cho lịng trung thành và cách hành xử của mỗi người lính nếu muốn ở lại trong hàng ngũ quân đội.
Nhưng quan hệ cộng tác trên giữa các chính khách phái hữu và quân đội khơng dẫn đến việc quân đội tự trở thành vật lệ thuộc vào chính phủ, vì một lẽ là khả năng của chính phủ lúc bấy giờ khơng thể đáp ứng đầy đủ những yêu cầu về các phương tiện vật chất và khí tài quân sự. Điều này buộc quân đội phải sống dựa vào
địa phương nơi họ đĩng quân. Một nhân tố khác khơng kém phần quan trọng cũng khiến cho quân đội trở thành một lực lượng độc lập đến mức nhiều khi trở thành đối lập với chính phủ dân sự là chủ trương đàm phán và nhiều lần nhượng bộ thực dân Hà Lan. Tư tưởng chống Cộng của giới sĩ quan cao cấp khơng hề làm cho họ trở nên xa lạ với cuộc đấu tranh giành độc lập dân tộc, hoặc đẩy họ về phía các lực lượng đế quốc. Nhận thức được rằng quân đội, với tư cách là một thiết chế quân sự, là một cơ chế cĩ tổ chức nhất và mạnh nhất, giới sĩ quan cao cấp mong muốn tiến hành những hành động quân sự quyết liệt, giáng trả và làm thất bại những mưu toan áp đặt trở lại ách thống trị của thực dân Hà Lan. Giới sĩ quan cao cấp muốn duy trì trong nhân dân hình ảnh của quân đội như là một lực lượng bảo tồn sự tồn vẹn về cơ chế và lãnh thổ của cộng đồng Indonesia chống lại những thế lực cơng phá từ bên ngồi và bên trong. Quan điểm này đã khiến giới sĩ quan cao cấp khơng đồng tình với đường lối nhượng bộ Hà Lan của chính phủ dân sự.
Năm 1949, Nasution cĩ nĩi: “Quân đội tự thành lập bằng chính sức mạnh của mình, tự vũ trang và trong suốt thời kỳ gay go nhất của cuộc đâú tranh giành độc lập, quân đội đã tự mình duy trì sức mạnh bằng cách tổ chức chính quyền và nền kinh tế
trong những khu vực riêng của mình”. “Chúng tơi tự bầu lấy tổng tư lệnh từ cơ sở lên và các vị chỉ huy của chúng ta là do được bầu mà ra”. “Thật vậy, quân đội chúng tơi ra đời trước các chính đảng. Thật vậy, các tiểu đồn, trung đồn và sư đồn của quân đội chúng tơi và Bộ Tham mưu đã cĩ mặt trước cả Bộ Quốc phịng. Thật vậy, chính các đơn vị quân đội đã đi tiên phong trong việc giành chính quyền, cả chính quyền dân sự và quân sự, trong thời gian đầu của cách mạng”. Cịn bộ quân sử xuất bản nhiều năm sau vụ Madiun cĩ ghi rõ ràng: “Quân đội Indonesia được thành lập từ dưới lên và hồn tồn khơng phải là một cơ chế của chính phủ”.
Tĩm lại, những năm 1945-49 là thời kỳ chứng kiến sự ra đời của quân đội Indonesia và sự chuyển biến của nĩ từ chỗ là người đĩng vai trị bảo vệ cộng đồng Indonesia đã trở thành lực lượng chống lại mọi loại quan hệ từ bên ngồi xâm nhập vào trong nước và làm biến chất xã hội này. Chính đây là một trong nhiều lý do khiến quân đội trở thành một lực lượng tồn tại tách rời với chính phủ dân sự và mơi trường nuơi dưỡng chủ nghĩa dân tộc hẹp hịi, chủ nghĩa chống Cộng và bài ngoại trong giai đoạn sau.