Trong phát triển nông nghiệp theo hướng bền vững ở Hải Dương bên cạnh những kết quả đạt được còn tồn tại một số hạn chế sau:
Một là, diện tích đất nông nghiệp tỉnh Hải Dương vẫn còn manh mún, chia
nhỏ, không thích hợp cho sản xuất hàng hóa lớn tập trung.
Sản xuất nông nghiệp ở tỉnh Hải Dương bị phân tán chia cắt ở nhiều địa phương, nhiều địa điểm khác nhau, sản xuât mang tính chất chia nhỏ với quy mô diện tích đất nông nghiệp bình quân mỗi hộ nông dân thấp. Cơ cấu kinh tế của Tỉnh đang trong quá trình dịch chuyển từ Nông nghiệp sang Công nghiệp và Dịch vụ, do đó làm giảm quy mô, diện tích đất canh tác nông nghiệp, tạo ra sức cản và tâm lý chờ quy hoạch, giải tỏa làm nhỏ nên người dân không yên tâm đầu tư sản xuất, không muốn dồn điền đổi thửa, không muốn chuyển nhượng tập trung ruộng đất.
Chính quy mô hình sản xuất nhỏ, phân tán đã cản trở rất lớn trong việc sản xuất hàng hóa tập trung, đẩy mạnh việc áp dụng cơ giới hóa, ứng dụng thành tựu khoa học công nghệ, thâm canh vào sản xuất. Vì vậy, việc quy hoạch lại đất đai vào sản xuất và cả không gian vùng dân cư là rất cần thiết. Phát triển nông nghiệp theo hướng bền vững thì Tỉnh cần tập trung đất, diện tích đủ lớn thâm canh sản xuất một loại nông phẩm đáp ứng nhu cầu tiêu thị của thị trường.
Hai là, Việc ứng dụng các thành quả của khoa học và công nghệ vào quy
trình kỹ thuật sản xuất tiên tiến diễn ra chậm, hầu hết các khâu sản xuất nông nghiệp đều làm thủ công dẫn đến năng suất lao động nông nghiệp chưa cao.
Thực tế cho thấy, hệ thống máy móc được đưa vào sản xuất nông nghiệp của Tỉnh còn rất chậm, do diện tích đất sản xuất nông nghiệp bình quân hộ thấp, lại chưa làm tốt việc dồn điền đổi thửa. Các khâu trước, trong và sau thu hoạch chưa được đầu tư đồng bộ, công suất các loại máy chưa đáp ứng được yêu cầu của CNH, HĐH nông thôn. Hiện tại việc cơ giới hóa nông nghiệp chủ yếu là do nhu cầu của từng hộ nông dân, các thành phần kinh tế tự trang bị, thiếu sự quả lý và chỉ đạo thống nhất của các cấp chính quyền.
Các trung tâm cây con giống ở Hải Dương chưa thực sự đóng vai trò là nơi cung cấp nguồn giống tốt, chất lượng cao cho bà con. Công tác khuyến nông, chuyển giao kỹ thuật nông nghiệp diễn ra với quy mô nhỏ, mang tính hình thức, chưa đóng góp nhiều vào sự chuyển biến nhận thức của người dân về nâng cao trình độ sản xuất nông nghiệp. Việc đầu tư xây dựng cải tạo các trung tâm cây con, cây giống phục vụ nhu cầu sản xuất của người dân còn hạn chế. Dẫn tới năng suất lao động không cao. Công nghệ sinh học là yếu tố tạo ra sản phẩm sạch và bảo vệ môi trường góp phần phát triển nền nông nghiệp theo hướng bền vững song việc đưa vào sử dụng còn ít, các nông sản vẫn tiêu thụ dưới dạng sản phẩm thô là chủ yếu, chưa tạo ra sản phẩm có năng suất, chất lượng cao để cạnh tranh trên thị trường nhất là để xuất khẩu.
Các điều kiện cần thiết cho phát triển cơ giới hóa còn hạn chế như sự phát triển của hệ thống kết cấu hạ tầng phục vụ nông nghiệp của Tỉnh thiếu đồng bộ và thấp so với yêu cầu của nền nông nghiệp bền vững ở một vùng kinh tế đặc thù. Trước hết là hệ thống thủy lợi chưa đảm bảo chủ động trong việc cấp thoát nước sạch cho sản xuất; hệ thống giao thông nhất là giao thông nội đồng chưa đáp ứng yêu cầu, ruộng đất còn nhỏ lẻ, manh mún, nông dân thiếu vốn và tính hợp tác chưa cao.
Ba là, năng lực cạnh tranh của hàng nông sản còn thấp làm tổn hại cho cư
dân nông nghiệp.
Với một phương thức canh tác còn lạc hậu, hoạt động sản xuất manh mún đã làm gia tăng thêm chi phí để sản xuất ra một đơn vị sản phẩm nông nghiệp. Điều này làm cho sản phẩm nông nghiệp Hải Dương thường có chi phí cao hơn so với sản phẩm nông sản trong vùng, giá trị sản xuất trên một ha canh tác chưa cao, tuy đã có sự đa dạng hóa cây trồng, vật nuôi, nhưng sản lượng ít, chất lượng thấp, chủ yếu mới chỉ đáp ứng nhu cầu tiêu dùng nội Tỉnh.
Năng suất cây trồng vật nuôi và sức cạnh tranh nhìn chung còn thấp, năng lực chế biến có mặt còn yếu kém. Thực tế cho thấy, vải thiều là mặt hàng có thể mạng của tình Hải Dương nhưng việc tiêu thụ vải thiều sau nhiều năm được mùa mất giá, được giá thì mất mùa, đặc biệt sau khi Trung Quốc thắt chặt kiểm soát nhập khẩu nông sản vào nước này khiến lượng hàng xuất khẩu không ổn định, phụ thuộc giá cả nhập khẩu từ Trung Quốc do bị thương lái ép giá.
Nông dân phải tự tiêu thụ sản phẩm làm ra ở dạng nguyên liệu thô, nên giá trị gia tăng không cao. Một số nhà máy chế biến sản phẩm nông nghiệp còn thiếu nguyên liệu, chưa có chế chính sách phù hợp nên giải quyết thường không ổn định, khi được mùa sản phẩm nhiều thì giá cả thấp, bị ép giá làm mất tính ổn định cho nông dân. Mặt khác, chất lượng và độ an toàn vệ sinh của sản phẩm không cao, công nghệ sau khi thu hoạch lạc hậu nên năng lực cạnh tranh thấp.