Nền kinh tế Bến Tre chủ yếu là nông nghiệp, nhưng vai trò của công nghiệp, nhất là công nghiệp chế biến không kém phần quan trọng. Nó thúc đẩy làm tăng giá trị nông sản, cung cấp nhiều sản phẩm có chất lượng cho thị trường, là một trong những điều kiện cho hoạt động thương mại - dịch vụ.
Việc chuyển dịch cơ cấu kinh tế từ năm 1991 đến nay, ngành công nghiệp đóng góp đáng kể vào GDP của địa phương. Giá trị công nghiệp liên tục tăng, năm 1991 đạt 260.588 triệu đồng, năm 2000 lên đến 548.960 triệu đồng và năm 2003 là 1.036.070 triệu đồng. Đồng thời tỷ trọng công nghiệp trong GDP ngày một tăng, 11% (1991), tăng lên 14% (2000) và đến năm 2003 tăng lên 15%.
Song lĩnh vực công nghiệp của tỉnh đang đứng trước những khó khăn, những yêu cầu đặt ra cần phải có phương cách giải quyết, đó là:
+ Trình độ công nghệ của đa số doanh nghiệp công nghiệp trên địa bàn lạc hậu, lao động phổ thông, năng suất thấp. Trong những năm qua, đã có một số doanh nghiệp đầu tư sản xuất một số sản phẩm tiêu dùng nhưng chất lượng còn thấp, giá thành cao làm giảm sức cạnh tranh so với sản phẩm cùng loại được sản xuất tại các thành phố lớn.
Qua điều tra hơn 4.175 cơ sở sản xuất trong năm 2000 đang hoạt động trên địa bàn tỉnh Bến Tre thì chỉ có 20% cơ sở có nhà xưởng sản xuất xây dựng kiên cố; khoảng 37% công đoạn sản xuất được thực hiện bằng máy móc nhưng trong đó trên 80% thiết bị đã cũ hoặc mới trang bị nhưng là những thiết bị loại thải của thành phố Hồ Chí Minh.
+ Vấn đề ô nhiễm môi trường do sản xuất công nghiệp gây ra cũng đáng quan tâm. Tuy số lượng và mức độ sản xuất công nghiệp chưa nhiều, nhưng do công nghệ lạc hậu và sản xuất thủ công là chính nên các cơ sở sản xuất trên địa bàn trong những năm qua đã gây tác hại không nhỏ đến môi trường sinh thái, cụ thể như: nghề đốt than thiêu kết, sản xuất gạch nung đang gây ô nhiễm không khí do khói bụi thải ra; sản xuất bánh tráng, bánh phồng, sản xuất chỉ xơ dừa gây ô nhiễm nguồn nước, ảnh hưởng tới sức khỏe cộng đồng dân cư.
+ Hướng phát triển và bước đi của một số ngành công nghiệp chế biến quan trọng như: dừa, đường, thủy sản đang bị chững lại do gặp khó khăn về vốn đầu tư, phương hướng mở rộng thị trường.
Qua xuất khẩu cho thấy: sản phẩm công nghiệp của tỉnh thâm nhập vào thị trường các nước có sự tăng giảm bất thường, thiếu sự ổn định như: giá trị xuất khẩu vào thị trường Trung Quốc có sự tăng mạnh, năm 2001 là 15.397.000USD đến năm 2003 tăng lên 21.552.000USD; tương tự vào thị trường Nhật Bản là 1.284.000USD và 6.935.000USD. Bên cạnh, nhiều thị trường lại giảm, điển hình như thị trường Hàn Quốc năm 2001 là 2.337.000USD đến năm 2003 giảm còn 1.743.000USD; giá trị xuất khẩu của tỉnh vào Đài Loan cũng giảm mạnh từ 1.341.000USD (2001) xuống còn 579.000USD (2003).
Do đó, một trong những yếu tố đẩy mạnh công nghiệp chế biến của tỉnh là phải tìm kiếm ổn định và phát triển thị trường, nhất là thị trường xuất khẩu.
+ Đội ngũ kỹ thuật tay nghề cao và lực lượng công nhân lành nghề còn thiếu, mặc dù tỉnh đã có cơ chế khuyến khích thu hút lao động, tri thức sau khi đào tạo ở lại xây dựng quê hương nhưng hiệu quả chưa nhiều. Theo niên giám thống kê 2001 của tỉnh Bến Tre thì tỷ lệ lao động thông qua đào tạo khoảng 7,36% (2000) và đạt 11,6% (2001). Lao động trong toàn ngành công nghiệp của tỉnh đạt 35.418 người (2001); trong đó công nghiệp khai thác 6.053 người, công nghiệp chế biến nông - lâm - hải sản chiếm 20.727 người, công nghiệp dệt may, da giầy 4.176 người, công nghiệp sản xuất vật liệu xây dựng 848 người, công nghiệp cơ khí 1.993 người và công nghiệp hóa chất và sản phẩm hóa chất 868 người.
+ Kết cấu hạ tầng để phát triển công nghiệp nói riêng và kinh tế - xã hội của tỉnh nói chung thời gian qua đã được đẩy mạnh, nhưng vẫn chưa đáp ứng được nhu cầu cho phát triển công nghiệp.
Tóm lại, để đẩy mạnh phát triển công nghiệp của tỉnh cần phải giải quyết hàng loạt vấn đề đặt ra như: tìm kiếm, mở rộng thị trường; đầu tư đổi mới công nghệ, kết cấu hạ tầng, đào tạo cán bộ kỹ thuật, công nhân lành nghề, khắc phục ô nhiễm môi trường do sản xuất công nghiệp gây ra.