Bước sang thế kỉ XXI, Đài Loan đã chấm dứt lệnh cấm kéo dài nửa thế kỉ qua đối với các mối quan hệ kinh tế trực tiếp với Đại lục. Động thái này đã
thể hiện nỗ lực nhằm làm tan băng quan hệ hai bờ và khôi phục nền kinh tế đang ảm đạm của hòn đảo này. Chính sách của Hội đồng các Vấn đề Đại lục (MAC) đã nhất trí nguyên tắc về việc nới lỏng hạn chế đối với hoạt động đầu tư vào Đại lục. MAC có tuyên bố rằng chính sách “từ từ” sẽ được thay thế bằng chính sách “mở cửa, tích cực và quyết liệt”. Phản ứng của người dân Đài Loan trong vấn đề này theo chiều hướng tích cực vì nhiều người dân nhận thấy Đài Loan sẽ được lợi từ việc “trao cành ô liu” cho Trung Quốc.
Năm 2000, Đài Loan đã thực hiện bãi bỏ khoản đầu tư tối đa là 50 triệu USD đối với mỗi dự án [24;1], tăng mức giới hạn đầu tư đối với các công ty niêm yết trên thị trường chứng khoán trong nước và cho phép tiến hành gia dịch trực tiếp các vấn đề tài chính. Việc tự do hóa cũng sẽ bao gồm việc mở rộng đầu tư vào Trung Quốc với hàng trăm các danh mục... Những chính sách của Đài Loan đã làm thay đổi lớn quan hệ đầu tư giữa hai bờ. Tính tới tháng 9 năm 2001, tổng số đầu tư được phép vào Trung Quốc lên tới hơn 24.000 dự án trị giá 9,2 tỉ USD và có hơn 20.000 khoản đầu tư đã được thực hiện [22;3].
Tuy nhiên, quan hệ đầu tư của hai bờ Eo biển đang có những chuyến biến tích cực thì tháng 12-2001, Đài Loan đã đột ngột hạn chế đầu tư nông nghiệp vào Trung quốc bằng cách tăng hàng trăm mặt hàng vào danh sách cấm nhằm bảo vệ ngành công nghiệp địa phương của hòn đảo này. Hội đồng nông nghiệp Đài Loan đã liệt 436 mặt hàng nông nghiệp vào danh sách cấm đầu tư [1;25]. Đài Loan lo ngại việc Trung Quốc gia nhập Tổ chức Thương mại thế giới (WTO) sẽ có nghĩa các nông sản giá thấp của Đại lục sẽ gây áp lực cạnh tranh đối với các đối tác của Đài Loan. Đồng thời Đài Loan cũng không muốn phụ thuộc vào đối thủ chính trị của mình vào kinh tế.
Năm 2005, nhân tố hòa hoãn trong quan hệ hai bờ có xu hướng tăng lên tạo điều kiện thuận lợi cho các nhà đầu tư Đài Loan tiếp tục hoạt động đầu tư vào Trung quốc Đại Lục. Trong năm này Đài Loan đã đầu tư vào Trung Quốc 3.138 công trình, tổng giá trị hợp đồng là 7,7 tỷ USD[42;2]. Tuy nhiên, chính
điều này đã làm cho chính phủ có xu hướng độc lập ở Đài Loan lo ngại và đưa ra quy định mới nhằm thắt chặt hơn nữa sự tao đổi kinh tế với Đại lục. Các quy định mới này yêu cầu các công ty có kế hoạch đầu tư vào Đài Loan sẽ phải trải qua quá trình xem xét chặt chẽ hơn của chính phủ. Nếu vượt quá số tiền cho phép sẽ không được chính phủ đồng ý. Chính sách này nhằm tăng thêm quyền lực của chính phủ để quản lý chặt chẽ hơn việc trao đổi kinh tế tư nhân với Trung Quốc. Chính sách kinh tế mậu dịch của hai bờ mang tính hạn chế của chính quyền Đài Loan đã làm cho đầu tư của thương nhân Đài Loan vào Trung Quốc tiếp tục giảm. Trong 10 tháng đầu năm 2006, Trung Quốc đã phê chuẩn tổng cộng 2.932 hạng mục đầu tư của các doanh nghiệp Đài Loan, giảm 6,65 so với cùng kì năm 2005, lượng vốn đầu tư được thực hiện của Đài Loan là 1,7tỷ USD (giảm 1,2%) [28;1]. So với năm 2004 và năm 2005, hạng mục đầu tư của Đài Loan vào Trung quốc trong năm 2006 lần lượt giảm 7,7% và 31% [28;1]. Mặc dù vậy các công ty Đài Loan hiện đã đầu tư trên 100 tỷ USD vào Trung Quốc trở thành một trong những nhóm đầu tư lớn nhất vào Đại Loan.
Năm 2008, Trung Quốc tiếp tục là điểm đến được các doanh nghiệp Đài Loan ưu chuộng. Các công ty địa phương đã chuyển vào Trung Quốc số tiền ước tính 150 tỷ USD và hiện có khoảng 1 triệu người Đài Loan (4,3% dân số) đang sống và làm việc tại Trung Quốc [47;2]. Những con số về những khoản đầu tư giữa hai bờ tiếp tục tăng cao đã chứng minh về mối quan hệ đầu tư giữa hai bờ càng được phát triển.
Ngày 20-12-2008, Diễn đàn Kinh tế, Thương mại và Văn hóa giữa hai bờ eo biển Đài Loan lần thứ tư đã khai mạc. Diễn đàn đã thúc đẩy sự giao lưu hợp tác giữa hai bờ eo biển Đài Loan. Sự tham gia của 400 đại biểu đến từ hai bờ eo biển đã cho thấy xu hướng hợp tác kinh tế giữa hai bờ đang tăng cao. Các đại biêu hai bên đã chủ trương mở rộng khuyến khích đầu tư hai chiều và giao lưu kinh tế trong tình hình mới. Đồng thời, hai bờ đã nhất trí trong việc
đẩy nhanh tốc độ bình thường hóa quan hệ giữa hai bờ eo biển và mở rộng các lĩnh vực hợp tác về công nghiệp và tăng cường hợp tác trong khu vực tài chính. Những thỏa thuận của hai bờ đã đem lại những kết quả nhất định đối với quan hệ đầu tư giữa hai bờ eo biển. Tính đến tháng 10 năm 2008 Đại lục đã phê chuẩn hơn 77.000 dự án của các nhà đầu tư Đài Loan [19;1].
Đặc biệt, cuối năm 2010, Hiệp định khung về thương mại giữa hai bờ eo biển Đài Loan được kí kết, đánh dấu cột mốc quan trọng trong quan hệ giữa hai bờ Eo biển Đài Loan. ECFA được ký kết nhằm tạo ra một cơ chế mang tính hệ thống để đẩy mạnh hợp tác kinh tế giữa hai bờ eo biển Đài Loan. Sau khi kí kết ECFA, hai bên đã giảm dần và tiến tới xóa bỏ các rào cản thương mại và đầu tư, tạo ra môi trường thuận lợi ở cả hai bên; bảo hộ hoạt động đầu tư giữa hai bờ eo biển nhằm mở rộng lưu lượng trao đổi vốn hai chiều. Theo Hiệp định, hai bên sẽ thực hiện một chương trình, bao gồm các điều khoản ưu đãi về đối xử, cắt giảm thuế, trong vòng 6 tháng kể từ khi ECFA có hiệu lực. Có thể nói, Hiệp định ECFA đã mở ra con đường thuận lợi cho hai bờ hợp tác giao lưu và phát triển.
Như vậy, trong thập niên đầu thế kỉ XXI, quan hệ đầu tư giữa hai bờ đã có nhiều chuyển biến tích cực. Những chính sách mở cửa mà hai bờ áp dụng đã mang lại những hiệu quả đáng kể khi tổng số vốn đầu tư giữa hai bờ không ngừng tăng cao. Mặc dù vậy, chính sự bất đồng của quan hệ chính trị mà hai bờ vẫn còn giữ thái độ dè dặt khi đầu tư, vì thế hai bờ vẫn chưa phát huy tối đa khả năng đầu tư dành cho nhau.