Có thể nói, trong lĩnh vực kinh tế phải thừa nhận rằng cả hai bờ đều có thiên chí cải thiện và cùng nhau phát triển. Sau khi lên nắm chính quyền ở Đài Loan những chánh sách của Trần Thủy Biển đã làm cho tình hình chính trị hai bờ trở nên căng thăng, ảnh hưởng không nhỏ đến hợp đồng thương mại, hàng hóa Trung Quốc bị cấm nhập khẩu vào Đài Loan. Nhưng tất cả đã
thay đổi từ năm 2002, Đài Loan đã mở cửa cho hàng hóa Trung Quốc, ngay lập tức, hàng hóa Trung quốc đã có một phần đáng kể tại vùng lãnh thổ này. Chỉ trong 10 tháng đầu năm 2002, kim ngạch nhập khẩu từ Trung quốc vào Đài Loan đã đạt 6,4 tỷ USD, tăng 23% so với cùng kì năm 2001[22;3]. Tuy nhiên, thặng dư thương mại mà Đài Loan đạt được còn lớn hơn nhiều. Trong cùng thời gian trên xuất khẩu của Đài Loan vào Trung Quốc đạt 21,6 tỷ USD[22;3].
Đầu thế kỉ XXI, kim ngạch buôn bán đạt đến trên 20 tỉ USD, nhưng hầu như quan hệ trao đổi thường tiến hành gián tiếp qua Hồng Kông hoặc Ma Cao. Mặc dù có những phát triển trong quan hệ thương mại song thương mại giữa Đài Loan và Đại lục vẫn còn những trở ngại. Lý giải điều này là xuất phát từ những rào cản phi thuế quan của Trung Quốc đối với các mặt hàng của Đài Loan. Một trở ngại nữa là giao thông, hàng hóa nhập sang Trung Quốc phải chuyển vòng vèo qua Hông Công trong khi đó nếu chuyển trực tiếp thì thời gian chỉ tính bằng giờ. Bên cạnh đó, khoảng 2.000 loại hàng hóa Trung Quốc vẫn bị Đài Loan cấm nhập khẩu và danh mục này được xem xét 6 tháng 1 lần. Nhận thức được tính lâu dài và phức tạp trong vấn đề Đài Loan, Trung Quốc tăng cường giao lưu toàn diện giữa hai bờ để đi đến thống nhất.
Năm 2004, mặc dù các nhà cầm quyền Đài Loan đã hạn chế 2.300 loại hàng hóa của Đại lục nhưng kim ngạch xuất khẩu của Trung Quốc sang Đài Loan vẫn đạt 13,55 tỷ USD [42;1]. Đại lục đã trở thành thị trường xuất khẩu lớn nhất và là địa điểm xuất siêu mậu dịch lớn nhất của Đài Loan. Tính đến cuối năm 2005, số doanh nghiệp vỗn Đài Loan ở Trung Quốc Đại lục đã vượt qua 50.000, kim ngạch thương mại trực tiếp và gián tiếp giữa hai bờ đạt gần 500 tỷ USD[42;1], Trung Quốc Đại lục đã trở thành thị trường lớn nhất và ngưỡng xuất siêu lớn nhất của Đài Loan. Năm 2005, kim ngạch thương mại giữa hai bờ đạt tới 93,4 tỷ USD[41;23] Hoa quả của Đài Loan đã có mặt trên
thị trường Đại lục, giao dịch thuê bao máy bay trong dịp tết cũng được mở rộng.
Trải qua hơn 20 năm phát triển, quan hệ hơp tác và giao lưu kinh tế giữa hai bờ đã có nền tảng và quy mô tương đối. Tuy nhiên, năm 2006 phía Đài Loan đã thu hẹp chính sách hai bờ, từ chỗ “mở cửa tích cực, quản lý hữu hiệu” chuyển thành “quản lý tích cực, mở cửa hữu hiệu” hạn chế giao lưu thương mại giữa hai bờ. Tuy vậy, bất kể phía Đài Loan cản trở như thế nào, Đại lục vẫn tiếp tục mở rộng thương mại, đẩy mạnh giao lưu hợp tác kinh tế, tạo điều kiện thuận lợi cho các nhà đầu tư Đài Loan đầu tư vào Đại lục. Bên cạnh đó, Đại lục tiếp tục mở rộng lưu thông trực tiếp giữa hai bờ về bưu điện, hàng không và thương mại (tam thông) thắt chặt hơn quan hệ kinh tế cùng có lợi, tăng cường tính chất lệ thuộc về kinh tế giữa hai bờ. Trao đổi buôn bán song phương giữa hai bờ ngày càng tăng mạnh, khiến mức độ phụ thuộc lẫn nhau về mậu dịch tiếp tục gia tăng. Kim ngạch mậu dịch giữa hai bờ trong 10 tháng đầu năm 2006 đạt 88,03 tỷ USD, tăng 20,4% so với cùng kì năm 2005[43;2], trong đó xuất khẩu và nhập khẩu của Trung Quốc đạt lần lượt 16,96 tỷ USD (tăng 21,7%) và 71 tỷ USD (tăng 18,9%)[43;2]. Việc mức tăng trao đổi mậu dịch hồi phục trở lại sau một thời kì giảm sút cho thấy tính bổ trợ về sản phẩm giữa hai bờ là rất mạnh và quan hệ mậu dịch giữa hai bên ngày càng mật thiết.
Trong lĩnh vực hợp tác nông nghiệp, hai bờ tiếp tục hợp tác theo hướng tập trung hoá, quy phạm hóa và ngành nghề hóa. Các địa phương của Trung Quốc như Phúc Kiến, Sơn Đông, Quảng Tây, Quảng Đông đều lần lượt xây dựng “Khu hình mẫu về hợp tác nông nghiệp giữa hai bờ”. Để thúc đẩy hợp tác nông nghiệp giữa hai bờ, Đảng Cộng sản Trung Quốc và Quốc Dân Đảng ở Đài Loan đã tổ chức Diễn đàn hợp tác nông nghiệp hai bờ với quy mô lớn ở Hải Nam và Phúc Kiến, trong đó phía Trung quốc đã đưa ra nhiều chính sách như “Hoàn thiện khu mẫu về hợp tác nông nghiệp giữa hai bờ và Khu sáng
tạo nông nghiệp Đài Loan”, “ Ủng hộ mở rộng hợp tác nông nghiệp và kĩ thuật giữa hai bờ”, “Bảo vệ quyền sở hữu trí tuệ sản phẩm nông nghiệp của Đài Loan”.
Trong năm tiếp theo mặc những bất đồng về chính trị, kim ngạch thương mại hai chiều giữa vùng lãnh thổ Đài Loan và Trung Quốc đại lục trong năm 2007 vẫn tăng 16,1% lên mức cao tỉ lục 102,3 tỷ USD[54;2] nhờ các hoạt động trao đổi song phương được tăng cường. Năm 2007, Trung Quốc Đại lục vẫn là đối tác thương mại lớn nhất của Đài Loan, với việc chiếm 21,9% tổng kim ngạch ngoại thương của vùng lãnh thổ này[54;2]. Bên cạnh đó Trung Quốc cũng là thị trường lớn của Đài Loan, chiếm lần lượt 30,1% và 12,85 [54;2] tổng kim ngạch xuất khẩu và nhập khẩu của hòn đảo này, tăng 28,3% và 12,2% so với năm 2006[54;2].
Cuối năm 2008, tình hình kinh tế thế giới liên tục gặp khó khăn, khủng hoảng tài chính thế giới tiếp tục lan rộng, kinh tế tài chính Đài Loan và cả Trung Quốc đều gặp những khó khăn và thức thách. Trước tình hình đó, lãnh đạo hai bờ đã đưa ra những quyết sách nhằm thúc đẩy hơn nữa sự gắn bó quan hệ kinh tế hai bờ, trở thành chỗ dựa cho nền kinh tế của nhau. Đó cũng chính là nguyên nhân để “tam thông” (thông hàng, thông bưu và thông thương) giữa hai nền kinh tế được thực hiện. Bảy năm đầu của thập niên đầu thế kỉ XXI, dù trong hoàn cảnh đối đầu chính trị căng thẳng song kinh tế thương mại hai bờ vẫn có xu hướng hợp tác và phát triển.
Sau khi Mã Anh Cửu lên cầm quyền ở Đài Loan, nhân tố mang tính hạn chế phát triển quan hệ mậu dịch hai bờ dần được loại bỏ. Đây là tín hiệu tốt, có lợi cho việc nâng cao quan hệ mậu dịch hai bờ lên tầm cao mới. Từ đây, vốn và nhân tài giữa hai bờ cũng lưu thông nhanh đã thúc đẩy mở cửa ngân hàng, du lịch và giáo dục. Mã Anh Cửu đã đề xuất mở cửa thực hiện chuyển đồng nhân dân tệ, mở cửa với mức độ thích hợp cho cho nguồn vốn của Đại lục tiến vào thị trường cổ phiếu của Đài Loan, tiến vào thị trường bất
động sản của Đài Loan và mở cửa cho khách du lịch Đại lục vào Đài Loan. Tuy nhiên, quan hệ kinh tế thương mại trong thời kì này vẫn bị kiềm chế do sự đối lập về chính trị nên vẫn chưa kí kết được hiệp định chính thức nào về kinh tế tính đến năm 2008, và tính đến thời điểm đó vẫn chưa có kênh trao đổi kinh tế thương mại trực tiếp và thuận lợi. Điều này không phù hợp với quy mô và tốc độ phát triển nhanh về kinh tế mậu dịch giữa hai bờ.
Trước yêu cầu nói trên, Mã Anh Cửu đã dựa vào lý luận về thị trường chung giữa hai bờ của Tiêu Vạn Tường để thay đổi tình hình và tìm ra phương hướng cho việc phát triển kinh tế thương mại hai bờ. Mã Anh Cửu đã đề nghị Đài Loan và Đại lục xây dựng một số thỏa thuận mang tính chế độ trong quan hệ kinh tế mậu dịch. Những đề nghị về sự xích lại gần hơn với Trung Quốc, hòa nhập theo kiểu thị trường chung như Mã Anh Cửu đưa ra đã được các giới công nghiệp ủng hộ, nhưng các nhà dân chủ lại lo ngại các sản phẩm và người lao động Trung Quốc sẽ xâm nhập vào hòn đảo này. Tuy gặp một số trở ngại nhưng chưa bao giờ trao đổi kinh tế giữa Đài Loan và Trung quốc lại mạnh mẽ như thời gian này. Trung Quốc Đại lục là thị trường tiêu thu hàng đầu các sản phẩm của Đài Loan với 30% giá trị xuất khẩu của Đài Loan và hòn đảo này đã nhập 12,8% sản phẩm của Trung Quốc.
Sự gia tăng quan hệ thương mại giữa hai bờ đã đưa đến một hệ quả tất yếu: kinh tế Đài Loan ngày càng phụ thuộc vào Đại lục. Trong năm 2008, thặng dư thương mại của Đài Loan với Trung Quốc là 66,7 tỷ USD gần bằng 1/5 GDP của hòn đảo này [45;1] trong khi tổng thặng dư của hòn đảo này với các nền kinh tế khác chỉ đạt 14,8 tỷ USD [45;2]. Điều này có nghĩa Đài Loan sẽ thâm hụt thương mại nếu không có Trung Quốc. Những số liệu thương mại cho thấy kinh tế Đài Loan đang phục hồi nhanh hơn nhờ thị trường Trung Quốc Đại lục. Trong tháng 4 năm 2009, Trung Quốc đã tiêu thụ 31,3% lượng hàng hóa xuất khẩu của Đài Loan, mức cao kỉ lục trong 19 tháng, kể từ tháng 9 năm 2007. Tháng 4-2009, Hội nghị hiệp thương hai bờ lần ba đã thúc đẩy
mạnh mẽ hợp tác kinh tế hai bờ. Những nỗ lực của những nhà lãnh đạo hoạt động kinh tế hai bờ đã đạt được những thành quả tích cực. Trong tháng 7- 2009, Trung Quốc đã cử phái đoàn sang Đài Loan mua về hàng chục tỷ đôla hàng hóa. Tổng kim ngạch buôn bán hai chiều giữa hai bờ tăng cao.
Sự phát triển hợp tác kinh tế hai bờ đã đạt thành công lớn khi hai bờ kí với nhau Hiệp định khung hợp tác kinh tế (ECFA). Hiệp định đã mở rộng thị trường Đại lục cho hàng xuất khẩu Đài Loan, tạo ra thêm 260.000 việc làm cho người dân hải đảo[32;2]. Ngoài ra, 539 mặt hàng Đài Loan trong lĩnh vực hóa dầu và linh kiện máy móc tự động được xuất sang Trung Quốc sẽ được miễn thuế hoặc giảm thuế. Đổi lại, Đài Loan cũng tạo điều kiện thuận lợi về thuế đối với trên 267 mặt hàng của Đại lục (tương đương với 10,5% trị giá sản phẩm xuất sang hòn đảo này) [32;2].
Như vậy, không chỉ ở lĩnh vực đầu tư hai bờ đã nhận thấy lợi ích từ việc tăng cường hợp tác thương mại. Tổng kim ngạch buôn bán giữa hai bờ trong các năm đã minh chứng điều đó.