Quan hệ hai bờ bớt căng thắng có thể báo hiệu mở đầu một “kỷ nguyên mới” của ổn định và thịnh vượng, vẫn ẩn chứa những nhân tố nguy cơ. Những nỗ lực hiện đại hóa quân sự của Trung Quốc sẽ tiếp tục gây mất cân bằng nghiêm trọng về quân sự giữa hai bờ. Ngoài ra, tình hình chính trị nội bộ Đài Loan cũng sẽ thách thức tính ổn định lâu dài cho cách tiếp cận hiện nay của Chính quyền Mã Anh Cửu trong quan hệ với Đại lục.
Thứ nhất, sự cản trở đối với các lĩnh vực hợp tác khác của hai bờ đó là
giằng co, không có sự nhất quán trong việc giải quyết vấn đề thống nhất hay độc lập của Đài Loan. Trung Quốc vẫn khăng khăng Đài Loan là một lãnh thổ thuộc Trung quốc Đại lục, còn ở Đài Loan vẫn tồn tại xu hướng ly khai. Vẫn có những ý kiến trong nội bộ lãnh đạo Đài Loan không nhất trí với chính sách của lãnh đạo Đài Loan Trần Thủy Biển với Đại lục. Nếu như sự hợp tác có được tăng cường thì lãnh đạo Đài Loan vẫn chỉ xem đây là mối quan hệ hợp tác giữa hai quốc gia.
Thứ hai, trong quan hệ kinh tế hai bờ hiện nay vẫn còn tồn tại những
bất cập. Trước hết đó là đặc trưng hợp tác kinh tế không thay đổi: một chiều, gián tiếp và không cân đối. Điều này đã cản trở tới kết quả hợp tác giữa hai bờ Eo biển. Hai là vấn đề đa nhập siêu của Trung Quốc trong quan hệ thương mại với Đài Loan vẫn không thay đổi. Ba là cơ cấu đầu tư của các thương gia Đài Loan vào các nghành nghề chế tạo của Đại lục vẫn không thay đổi.
Thứ ba, xu hướng chạy đua vũ trang gây căng thẳng ở hai bờ trên tất cả
các phương diện quân sự từ bộ binh, hải quân không quân… Điều này đã luôn đặt hai bờ vào sự căng thẳng đối đầu và tiềm ẩn nguy cơ về một cuộc chiến tranh tàn khốc nếu hai bờ không thể kiềm chế hành động của mình. Nếu như một cuộc chiến tranh diễn ra sẽ là thiệt hại lớn cho cả hai bờ về vật chất lẫn tổn thương niềm tin của nhân dân Đài Loan vào Đại lục.
Thứ tư, sự can thiệp của các nước lớn vào vấn đề Đài Loan càng làm
cho vấn đề trở nên phức tạp và khó giải quyết. Đặc biệt là sự can thiệp của nhân tố Mỹ. Cả Trung Quốc và Đài Loan trong cách ứng xử đối với nhau đều phải tính đến nhân tố Mỹ. Lập trường của dù có sự điều chỉnh trong từng thời kì song cốt lõi vẫn là không chấp nhận nguyên tắc một Trung Quốc và luôn gây trở ngại cho quá trình giao thương hợp tác giữa hai bờ.
Những bất cập này vẫn còn tồn tại là bởi nhiều nguyên nhân. Thứ nhất, trong nội bộ Đài Loan vẫn tồn tại lực lượng ly khai chống đối mạnh mẽ việc mở rộng quan hệ với Đại lục. Mặt khác, Đài Loan lo ngại rằng tăng cường
hợp tác kinh tế vào Đại lục là “con dao hai lưỡi”. Trung Quốc là bạn hàng lớn nhất của Đài Loan trong khi Đài Loan chỉ chiếm tỷ trọng nhỏ trong hàng nhập khẩu của Trung Quốc. Vì vậy, Trung Quốc có thể sử dụng con bài kinh tế như một công cụ ngoại giao nếu xảy ra khủng hoảng quan hệ trong tương lai. Với việc hạn chế thương mại, đầu tư, lượng khách du lịch tới Đài Loan, hay hủy các chuyến bay giữa hai bờ, Trung Quốc có thề gây ảnh hưởng nghiêm trọng nền kinh tế Đài Loan. Chính bởi vậy Đài Loan còn dè dặt khi đầu tư vào Đại lục.
Sự can thiệp của các nhân tố bên ngoài cùng với đó là sự đối lập về lập trường chính trị đã tạo thành những rào cản khiến mối quan hệ nhiều khi lâm vào khủng hoảng, bế tắc. Và để khắc phục những tồn tại đó cần có sự nỗ lực từ phía lãnh đạo hai bờ và sự ủng hộ của cộng đồng quốc tế.