Bên cạnh những mặt đƣợc trong chính sách dân tộc của nhà Nguyễn, chúng ta còn nhận thấy những yếu tố mang tích chất tiêu cƣc còn tồn tại. Do chính sách tô thuế lao dịch của nhà nƣớc, nhất là nạn quan lại cƣờng hào tham nhũng, cũng gây nên sự bất bình trong quần chúng nhân dân; các tù trƣởng, thổ ty, lang đạo trƣớc những cải đổi về hành chính, chế độ cai trị xâm hại đến uy thế, lợi ích của bản thân họ, nhân sự bất bình của quần chúng nhân dân, kêu gọi khởi nghĩa. Những cuộc nổi dậy khá sôi nổi đều nổ ra vào thập kỷ 30 thế kỷ XIX trong thời Minh Mạng là thời kỳ thịnh trị nhất của nhà Nguyễn. Cuộc nổi dậy của một số lang đạo họ Quách ở Thạch Bi, họ Đinh ở Lạc Thổ... thuộc Hoà Bình nổ ra vào năm 1832 và năm 1836, họ đã liên kết với các lang đạo ở miền tây Thanh Hoá... làm cho cuộc đấu tranh lan toả ra nhiều vùng, đến tận Quỳ Châu (Nghệ An), kéo dài cuộc khởi nghĩa đến năm 1838. Bất bình với chính sách dân tộc của nhà Nguyễn, từ 1829 Nông Văn Vân đã có ý định kêu gọi nhân dân địa phƣơng khởi nghĩa, nhƣng đến năm 1833 cuộc khởi nghĩa mới bùng nổ. Nông Văn Vân vốn là một thổ tù ngƣời Tày từng giữ chức tri châu Bảo Lạc. Ông cùng một số tù trƣởng nổi dậy khởi nghĩa, tự xƣng tiết chế thƣợng tƣớng quân. Cuộc khởi nghĩa lan ra khắp các tỉnh Việt Bắc, nghĩa quân đã đánh chiếm các tỉnh thành Tuyên Quang, Cao Bằng, Lạng Sơn, Thái Nguyên và bắt nhiều quan tỉnh thích vào mặt mấy chữ “quan tỉnh hay ăn hối lộ” rồi đuổi về. Thực tế trên, cho thấy chính sách dân tộc của vƣơng triều Nguyễn không phù hợp với những truyền thống lịch sử, tình hình kinh tế - xã hội của các vùng dân tộc, các tù trƣởng thiểu số mặc dầu nhận quan chức của triều đình, nhƣng vẫn mang tính tự trị cao. Việc sắp xếp lại bộ máy cai trị và hệ thống chính quyền cơ sở, đặc biệt là thực hiện chế độ “lƣu
quan” đã vi phạm nghiêm trọng đến tập quán cai trị cổ truyền, tác động mạnh mẽ đến uy thế chính trị của các thổ tù dân tộc ở địa phƣơng khi thế lực thổ tù còn có ảnh hƣởng mạnh mẽ trong dân gian, đã làm tăng thêm mâu thuẫn giữa một số tù trƣởng và triều đình. Trong khi đó chính sách kinh tế - tài chính với việc lập sổ điền bạ, sổ đinh để làm cơ sở đánh thuế, bắt làm nghĩa vụ lao dịch, binh dịch đã làm tăng thêm gánh nặng bị bóc lột của nhân dân các tộc miền núi và nó khác hẳn với hình thức nộp cống phú mà các vƣơng triều trƣớc kia áp dụng đối với miền núi. Mâu thuẫn tăng lên cùng với việc tiến hành khai thác mỏ, lâm thổ sản đƣợc đẩy mạnh không phải xuất phát từ lợi ích của nhân dân các dân tộc.
Bên cạnh đó, lại không thấy nhà Nguyễn đề ra đƣợc chính sách gì hay biện pháp gì để cải thiện và nâng cao đời sống kinh tế cho nhân dân các tộc, cuộc sống của đồng bào các tộc khổ vẫn hoàn nghèo khổ. Mâu thuẫn và nổi dậy khởi nghĩa chống lại nhà Nguyễn của nhân dân các dân tộc là sự tổng hoà của những mối quan hệ đó. Phong trào nông dân khởi nghĩa và phong trào nổi dậy của nhân dân các dân tộc thiểu số đã làm cho triều Nguyễn tự cô lập, tự phá huỷ những chỗ dựa cơ bản, từng tạo nên sức mạnh cho các vƣơng triều phong kiến trƣớc kia.