* Đội ngũ nhân lực
Thực trạng đội ngũ nhân lực y bác sỹ của bệnh viện GTVT Vinh nhìn chung còn hạn chế về chuyên môn và trình độ. Điều này ảnh hưởng trực tiếp tới chất lượng khám chữa bệnh của bệnh viện, ảnh hưởng trực tiếp tới nguồn thu của bệnh viện. Số lượng cán bộ sau đại học của bệnh viện, bác sỹ chuyên khoa I của bệnh viện còn thấp. Thực trạng chất lượng y bác sỹ đã đặt bệnh viện trước những khó khăn trong việc giải quyết các ca bệnh phức tạp đòi hỏi chuyên môn cao, gặp phải những sai sót trong công tác khám chữa bệnh, điều trị bệnh cho người dân, xử lý lúng túng trước những tình huống phức tạp gây mất thời gian, lãng phí tiền của của người dân và quan trọng hơn là mất lòng tin ở người dân. Mặc dù bệnh viện cũng đã tổ chức những lớp tập huấn cho cán bộ y bác sỹ, cử đi đào tạo nhưng chủ yếu là cử những người lớn tuổi đã có thâm niên mà không phải là đội ngũ y bác sỹ trẻ cần được trau dồi chuyên môn và phát triển hơn nữa. Đây là nguyên nhân dẫn tới việc hiện tượng người dân vượt tuyến, hoặc sang các bệnh viện khác điều trị.
Mặt khác, đội ngũ nhân viên phòng Tài chính kế toán của bệnh viện còn hạn chế về trình độ, họ chưa thật sự nhanh nhạy và nhạy bén với các con số và đáp ứng được nhu cầu của cơ chế mới.
* Quy mô và chất lượng khám chữa bệnh của bệnh viện
cầu khám chữa bệnh của người dân. Tổng số giường bệnh của bệnh viện mới đạt 147 giường bệnh năm 2014, trang thiết bị máy móc, cơ sở vật chất còn thiếu thốn. Nhiều máy móc đã lạc hậu, xuống cấp chủ yếu là được phân bổ, cấp phát từ trên đặt ra yêu cầu cần phải thay đổi, đầu tư. Vấn đề này đặt công tác quản lý tài chính bệnh viện trước một thách thức trong khi nguồn lực tài chính của bệnh viện thì có hạn.
* Văn hóa bệnh viện
Một trong những yếu tố quyết định uy tín của bệnh viện là văn hóa bệnh viện trong đó có văn hóa ứng xử của nhân viên bệnh viện với bệnh nhân và gia đình họ. Tại bệnh viện GTVT Vinh vẫn còn tồn tại một bộ phận nhân viên có thái độ không hay đối với bệnh nhân và người nhà bệnh nhân như tỏ vẻ khó chịu, hách dịch, thiếu nhiệt tình… làm ảnh hưởng xấu tới bệnh viện. Đây là một vấn đề trực tiếp tác động tiêu cực tới công tác quản lý tài chính bệnh viện.