Cơ quan nhà nước có thẩm quyền, cơ quan tài chính và các cơ quan quản lý chuyên ngành cần ban hành đầy đủ, đồng bộ các chếđộ, tiêu chuẩn, định mức chi tiêu phù hợp với tình hình thực tế để làm cơ sở cho việc lập và quyết định dự toán NSNN của các đơn vị thụ hưởng được kịp thời, phù hợp và có căn cứ. Cần có quy chế quy định bắt buộc các cơ quan chủ quản cấp trên phải giao dự toán NSNN cho các đơn vị cấp dưới ngay từđầu năm.
Cần phân định rõ thẩm quyền, trách nhiệm của các đơn vị có liên quan trong việc quản lý, điều hành và sử dụng NSNN. Theo quy định của Luật NSNN (sửa đổi), cơ quan tài chính có trách nhiệm xây dựng dự toán, giám sát, kiểm tra việc chấp hành dự toán NSNN của các đơn vị thụ hưởng, chủđộng bố trí nguồn đáp ứng các nhu cầu chi của ngân sách; cơ quan quản lý cấp trên có trách nhiệm phân bổ, giao dự toán cho các đơn vị thụ hưởng kịp thời, chính xác; KBNN thực hiện kiểm tra, kiểm soát và thực hiện thanh toán kịp thời cho đơn vị, đảm bảo khoản đó có trong dự toán, đúng chế độ quy định; đơn vị thụ hưởng thực hiện chi tiêu NSNN theo đúng dự toán được phân bổ, đảm bảo tiết kiệm và có hiệu quả. Mối quan hệ giữa cơ quan tài chính, KBNN và cơ quan chủ quản cấp trên để tránh sự trùng lắp trong kiểm tra mục đích, tính chất, nội dung, đối tượng và các điều kiện chi tiêu đối với các khoản chi ngân sách. Do đó, nếu như nhiệm vụ kiểm soát chi đã giao cho KBNN thì không nên có thêm sự kiểm soát nữa của cơ quan tài chính ( sở tài chính).
Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Kinh tế Page 114 Cơ quan tài chính (sở Tài chính, các vụ thuộc Bộ tài chính) chỉ thực hiện sự kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm, hoặc kiểm tra theo chuyên đề. Do vậy, cần xoá bỏ sự trùng lắp trong một nội dung kiểm soát giữa cơ quan tài chính và KBNN.
Cần có chính sách ưu tiên, hỗ trợ cho những khu vực khó khăn của Nhà nước để khuyến khích những cán bộ có trình độ đào tạo cơ bản, phù hợp với công việc của ngành, yên tâm công tác trong hệ thống KBNN. Cán bộ có trình độ đào tạo cơ bản ban đầu khi tuyển dụng vào làm việc tại các đơn vị KBNN cần có quy định phù hợp từng giai đoạn.
Tiếp tục xây dựng, sửa đổi bổ sung, hoàn thiện các văn bản chếđộ về kiểm soát chi ngân sách theo hình thức chi theo dự toán từ KBNN. Ban hành những quy định cụ thể về quy trình, thủ tục chi ngân sách theo dự toán được duyệt đối với kinh phí uỷ quyền, chi cho các chương trình khoa học trọng điểm cấp nhà nước, chi ngân sách Tỉnh, Thành phố... nhằm vừa tạo điều kiện thuận lợi cho đơn vị sử dụng ngân sách vừa đảm bảo quản lý ngân sách chặt chẽ, hiệu quả. Hạn chế việc cho phép điều chỉnh dự toán và kết chuyển nguồn sang năm sau (trừ các trường hợp đặc biệt theo chế độ qui định) nhằm để nâng cao hơn nữa trách nhiệm của các đơn vị thụ hưởng ngân sách trong việc lập và đăng ký dự toán hàng năm. Hạn chế việc cho phép chuyển số dư tạm ứng qua nhiều năm và cương quyết xử lý thu hồi đối với các trường hợp tạm ứng dây dưa. Ngoài biện pháp cắt giảm dự toán tương ứng năm sau để khấu trừ, cấp thẩm quyền cần có các biện pháp xử lý hành chính hữu hiệu khác để buộc đơn vị hoàn trả lại cho ngân sách nhà nước khoản kinh phí đã tạm ứng không có hồ sơ thanh toán
Khoản 2 điều 58 Luật NSNN đã qui định “Thủ trưởng cơ quan KBNN có quyền từ chối thanh toán, chi trả các khoản chi không đủ điều kiện quy định tại khoản 2 điều 5 của Luật NSNN và phải chịu trách nhiệm về quyết định của mình”. Tuy nhiên cần phải có cơ chế thưởng thích hợp đối với khoản kinh phí tiết kiệm được cho NSNN thông qua kết quả kiểm soát từ chối thanh toán nhằm nâng cao hơn nữa tinh thần trách nhiệm của đơn vị kiểm soát chi thường xuyên.