Bên cạnh những kết quả đã đạt được thì quá trình triển khai bảo hiểm nông nghiệp cũng đã từng gặp phải một số khó khăn vướng mắc. Như việc triển khai bảo hiểm nông nghiệp đối với cây lúa gặp rất nhiều khó khăn số hộ tham gia không nhiều, chủ yếu theo phong trào.
Bảo hiểm cây lúa là mô hình mới, nông dân chưa hiểu và công tác triển khai chậm so với thời gian canh tác nên khó vận động tham gia, đặc biệt là những hộ không thuộc diện nghèo và cận nghèo. Thực tế cho thấy, chỉ có những hộ nghèo và cận nghèo mới tham gia vì họ được miễn, giảm phí hoàn toàn, có nhiều hộ nghèo khi tham gia nhưng hộ vẫn không biết là được tham gia. Còn những hộ khá, giàu thì không muốn tham gia, chưa thu hút các chủ sản xuất quy mô lớn. Nhiều hộ nông dân phản ánh, nếu tham gia, họ sẽ không có lợi mà người lợi là ngành bảo hiểm.
Trên thực tế cho thấy, khi tham gia bảo hiểm tự nguyện với các công ty thì người dân chỉ có thể được bảo hiểm rủi ro về cây giống, nhưng không thể bảo hiểm được rủi ro về thời tiết. Đặc biệt, sản xuất nông nghiệp nước ta luôn đối mặt với rủi ro và thách thức về tình trạng biến đổi khí hậu, thiên tai, dịch bệnh.
Đối tượng bảo hiểm nông nghiệp còn hẹp, chưa mở rộng. Bên cạnh đó, phạm vi đối tượng, địa bàn bảo hiểm nông nghiệp là khá rộng, mặt khác do tính chất sản xuất nông nghiệp của Việt Nam là sản xuất nhỏ, manh mún.
Các đại lý bảo hiểm đã được tập huấn nhưng hoạt động còn yếu, chưa thông tin đầy đủ về trách nhiệm và quyền lợi của nông dân khi tham gia bảo hiểm trên cây lúa. Một số cán bộ ở cơ sở chưa nắm rõ về thí điểm bảo hiểm nông nghiệp nên còn lúng túng trong công tác tuyên truyền và vận động người dân tham gia. Mỗi địa phương mỗi khác trong khi đó cơ sở vật chất kỹ thuật, hệ thống công nghệ thông tin của địa phương và của các doanh nghiệp bảo hiểm còn hạn chế. Trong khi đó, lực lượng cán bộ còn mỏng, chưa có nhiều kinh nghiệm triển khai nghiệp vụ bảo hiểm mới chủ yếu tuyển mới và từ các bộ phận nghiệp vụ khác chuyển sang.
Tại các địa công tác tập huấn kỹ thuật cho người dân khi tham gia bảo hiểm cây lúa đểnâng cao năng suất vẫn chưa được chú trọng, đa nhần có tập huấn cũng là tập huấn cho những hộ tham gia tự nguyện, những hộ nghèo và cận nghèo không được quan tâm nhiều. Điều này khiến cho năng suất của họ
không cao như những hộ tham gia tự nguyện. Khi xảy ra thiệt hại những hộ nghèo và cận nghèo dường như không được bồi thường, nhiều người nghĩ rằng bảo hiểm nông nghiệp chỉ mang lại lợi ích cho những hộ tự nguyện với diện tích canh tác lớn.
Theo đánh giá của Sở NN&PTNT tỉnh, Thường trực Ban chỉ đạo thí điểm nông nghiệp tỉnh, một sốđiều khoản trong quy tắc bảo hiểm cây lúa, các Thông tư hướng dẫn không phù hợp với điều kiện thực tế ởđịa phương như: năng suất bảo hiểm tính bình quân 3 năm rất thấp so với năng suất thực tế, chưa thu hút nông dân tham gia bảo hiểm cây lúa. Chẳng hạn, theo quy định mức độ thiệt hại được bảo hiểm do thiên tai dịch bệnh làm cho năng suất lúa của vùng thấp hơn 90% năng suất bình quân vụ sản xuất trong 3 năm gần nhất thì được bảo hiểm là còn thấp.
Bên cạnh đó, Bộ Tài chính cũng quy định, những trường hợp thiệt hại do dịch bệnh gây ra thì yếu tố quyết định để được nhận tiền bảo hiểm là phải được công bố dịch. Nhưng do quy định của Pháp lệnh về bảo vệ thực vật, cơ quan được phép công bố dịch là cấp tỉnh. Như vậy, việc công bố dịch sẽ mất nhiều thời gian. Trong khi dịch bệnh ở cây lúa diễn ra rất nhanh, đòi hỏi sự vào cuộc nhanh chóng của ngành chức năng. Có trường hợp, khi công bố dịch thì dịch bệnh đã hết, năng suất giảm thì người dân phải chịu còn công tác kiểm tra, đền bù thiệt hại cho dân lúc này là điều vô cùng khó khăn.
Khi có thiệt hại xảy ra, nông dân vẫn phải chờđến cuối vụ lúa, khi thống kê công bố năng suất mới được bồi thường… Ngoài ra còn nhiều tác nhân thiệt hại trên lúa, như mưa lớn bất thường, triều cường gây ngập úng; ốc bươu vàng, chuột hại chưa được Bộ NN&PTNT bổ sung vào đối tượng thiên tai, dịch bệnh thuộc phạm vi BHNN trên cây lúa. . Phí cao làm tăng giá thành sản phẩm, muốn được nhận tiền bảo hiểm phải là địa phương được công bố có dịch bệnh.
Một số cán bộ, đảng viên có đất canh tác tại các huyện thí điểm chưa thể hiện tinh thần nêu gương trong việc thực hiện, nên phần nào cũng làm giảm lòng tin đối với nông dân.