Một là, tốc độ tăng trưởng của nguồn vốn chưa thực sự ổn định. Tuy quy mô nguồn vốn có tăng lên hàng năm nhưng đi sâu vào cơ cấu thì có sự biến đổi. Nếu như năm 2006, nguồn vốn chủ yếu dựa vào vốn ngắn hạn thì từ năm 2007 trở đi, nguồn vốn trung hạn chiếm chủ yếu. Nguồn vốn ngắn hạn giảm đi rất nhanh, từ mức chiếm tới 59.97% trong tổng số vốn huy động, nay chỉ còn chiếm khoảng 25% trong tổng số nguồn vốn huy động. Thậm chí năm 2007, nguồn vốn ngắn hạn còn giảm đi so với năm 2008 là 129 tỷ đồng. năm 2008 con số này có được cải thiện song vẫn thấp hơn so với năm 2006 là 57 tỷ đồng. Còn nguồn vốn huy động trung hạn cũng tăng với tốc độ không đều, ngày càng có xu hướng giảm đi. Nếu năm 2007, tốc độ tăng trưởng lên tới 197,78% thì năm 2008 chỉ là 50.18%, năm 2009 giảm xuống còn 31.06%. Bên cạnh đó, nguồn vốn huy động bằng ngoại tệ chỉ chiếm tỷ trọng rất nhỏ và có xu hướng giảm dần qua các năm. Năm 2006, tỷ trọng vốn ngoại tệ là 5.39% thì đến năm 2009 chỉ chiếm 3.96% trong tổng số vốn huy động được.
Hai là, hình thức huy động của chi nhánh khá đa dạng phong phú, bao gồm cả những hình thức huy động truyền thống như tiền gửi tiết kiệm, tiền gửi thanh toán, ngoài còn có tiền gửi linh hoạt định kỳ và có thể rút gốc linh hoạt trước hạn từng phần, tiết kiệm dự thưởng, tiết kiệm lãi suất bậc thang… Song chi nhánh chưa tìm cách quảng bá tích cực, giới thiệu hiệu quả đến khách hàng nên khách hàng chỉ biết và giao dịch với một hoặc hai loại sản phẩm.
Ba là, dịch vụ ngân hàng điện tử chưa được triển khai rộng rãi, lượng khách hàng sử dụng còn ít. Các dịch vụ ngân hàng điện tử phát triển dưới mức tiềm năng. Mức độ thoả mãn nhu cầu xã hội nói chung và đặc biệt nhu cầu của dân cư về dịch vụ ngân hàng còn nhiều hạn chế do khả năng cung ứng dịch vụ ngân hàng của chi nhánh còn chưa vươn kịp với nhu cầu của xã hội. Riêng đối với dịch vụ E- Banking, là dịch vụ ngân hàng điện tử hoàn hảo nhất, nhưng đòi hỏi tính an toàn, bảo mật trong thanh toán cao nhất, bởi lẽ rủi ro trong hoạt động dịch vụ này là không nhỏ. Việc khai thác được điểm mạnh và lợi thế tuyệt đối của loại hình dịch vụ này hiện chi nhánh vẫn chưa làm được. Dịch vụ này mới chỉ dừng lại ở tính chất tư vấn tìm kiếm thông tin là chủ yếu.
Bốn là, việc nối mạng và liên kết với các ngân hàng khác trong việc thanh toán thẻ để mở rộng dịch vụ khách hàng và nghiên cứu để đưa ra những dịch vụ thẻ tín dụng của Ngân hàng Thương mại Cổ phần Sài Gòn Hà Nội chưa được tiến hành rộng rãi, số lượng ngân hàng khác liên kết với chi nhánh còn hạn chế…
Năm là, vị trí địa lý của chi nhánh xa trung tâm thành phố, đời sống người dân vẫn còn gặp nhiều khó khăn, do đó việc tiếp cận với các sản phẩm và dịch vụ của ngân hàng còn hạn chế, cũng như vậy việc huy động vốn nhàn rỗi từ dân cư trên địa bàn của chi nhánh gặp nhiều khó khăn.