Để thúc đẩy nông nghiệp nước ta phát triển Nghị quyết Trung ương 5 khoá IX của Đảng đã nêu ra những chủ trương có tính định hướng như sau:
- Phát triển sản xuất và chế biến các loại nông sản hàng hoá xuất khẩu có lợi thế của từng vùng, với quy mô hợp lý; tập trung nâng cao chất lượng, hiệu quả và khả năng cạnh tranh của các sản phẩm này (như lúa gạo, cà phê, hạt điều…).
- Đối với những mặt hàng còn đang phải nhập khẩu nhưng trong nước có điều kiện sản xuất có hiệu quả (như ngô, bông, đậu tương…) cần phát triển sản xuất hợp lý ở các vùng để từng bước thay thế nhập khẩu.
- Đối với cây lương thực: Xây dựng các vùng sản xuất tập trung lúa gạo.
- Đối với các loại cây công nghiệp, rau quả: hình thành các vùng sản xuất tập trung các loại cây công nghiệp, rau, hoa quả; ứng dụng công nghệ sinh học trong chọn, tạo và nhân giống, kết hợp với nhập khẩu giống và công nghệ để sản xuất giống cây trồng có năng suất, chất lượng cao; thực hiện cơ giới hoá trong các khâu sản xuất, thu hoạch, bảo quản, trước hết là các khâu nặng nhọc, độc hại, thời vụ khẩn trương; phát triển các cơ sở công nghiệp chế biến gắn với vùng nguyên liệu [7, tr.97-98].
Tiếp đến tại Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ X, Đảng ta tiếp tục nhấn mạnh:
Chuyển dịch mạnh cơ cấu nông nghiệp và kinh tế nông thôn theo hướng tạo ra giá trị gia tăng ngày càng cao, gắn với công nghiệp chế biến và thị trường; thực hiện cơ khí hoá, điện khí hoá, thuỷ lợi hoá, đưa nhanh tiến bộ khoa học kỹ thuật và công nghệ sinh học vào sản xuất, nâng cao năng suất, chất lượng và sức cạnh tranh, phù hợp đặc điểm từng vùng, từng địa phương. Tăng nhanh tỷ trọng giá trị sản phẩm và lao động các ngành công nghiệp và dịch vụ; giảm dần tỷ trọng sản phẩm và lao động nông nghiệp. Sớm khắc phục tình trạng manh mún về đất canh tác của các hộ nông dân, khuyến khích việc dồn điền đổi thửa, cho thuê, góp vốn cổ phần bằng đất [8, tr. 89].
Trên cơ sở định hướng chung của nước ta về phát triển kinh tế nông nghiệp hàng hoá, Phú Yên đã đề ra phương hướng phát triển ngành trồng trọt trong những năm đến là:
- Chuyển đổi cơ cấu nông nghiệp theo hướng phát huy lợi thế của từng vùng gắn với thị trường, phù hợp với hệ sinh thái địa hình khác nhau, phòng tránh thiên tai, tạo ra nhiều sản phẩm đáp ứng nhu cầu tiêu dùng trong nước và xuất khẩu, bằng cách hình thành các vùng chuyên canh tập trung có năng suất cao, chất lượng tốt gắn với công nghệ sau thu hoạch và công nghiệp chế biến. Giảm dần tỷ trọng giá trị sản xuất trong lĩnh vực trồng trọt, tăng tỷ trọng giá trị chăn nuôi và dịch vụ trong nông nghiệp - nông thôn.
- Đẩy mạnh thâm canh cây lúa nước bằng các biện pháp tăng diện tích tưới, áp dụng tiến bộ khoa học công nghệ vào sản xuất, đưa các giống lúa có năng suất và chất lượng cao vào sản xuất trên tất cả các vùng. Tập trung đầu tư thâm canh các vùng sản xuất chuyên canh, nhất là mía, sắn, dừa, điều… hình thành vành đai thực phẩm của thành phố Tuy Hoà và các khu công nghiệp [9, tr.159- 160].
- "Ứng dụng các thành tựu khoa học - công nghệ tiên tiến nhằm đáp ứng yêu cầu về an ninh lương thực đồng thời thâm canh phát triển cây công nghiệp chủ lực để ổn định vùng nguyên liệu cho công nghiệp chế biến, sản xuất rau màu theo hướng an toàn thực phẩm" [9, tr. 210].