Trong xu thế phát triển kinh tế xã hội những năm gần đây, dưới tác động của các yếu tố tự nhiên và hoạt động của con người, môi trường nước lưu vực sông Nhuệ - Đáy đã và đang bị ô nhiễm. Nhiều vấn đề môi trường cấp bách đã và đang diễn ra phức tạp ở quy mô địa phương và toàn lưu vực. Vấn dề môi trường lưu vực sông Nhuệ - Đáy đang là môi quan tâm hàng đầu của nhiều cấp, nhiều ngành và của các địa phương nằm trên lưu vực đặc biệt là môi trừng nước mặt.
Lưu vực sông Nhuệ - Đáy đang chịu tác động mạnh mẽ của các hoạt động KT-XH, nhất là các khu công nghiệp, sản xuất làng nghề, khu khai thác và chế biến, các tụ điểm dân cư…Sự ra đời của hàng loạt các khu công nghiệp thuộc tỉnh, thsành phố, các hoạt động tiểu thủ công nghiệp trong các làng nghề, các xí nghiệp kinh tế quốc phòng cùng các hoạt động khai thác, chế biến khoáng sản ….đã làm cho môi trường nói chung và môi trường nước nói riêng của lưu vực sông Nhuệ - Đáy biến đổi nhiều. Đặc biệt trong giai đoạn hiện nay, trước sự phát triển của nền kinh tế thị trường nên đã có nhiều áp lực xấu đến môi trường lưu vực sông.
Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 38 Tại Hà Nam với sự phát triển mạnh mẽ của nền kinh tế cũng đã gây một áp lực lớn lên lưu vực sông chảy qua địa bàn tỉnh. Theo số liệu thống kê LVS chảy qua địa bàn tỉnh Hà Nam chịu tác động của các nguồn thải chính như sau:
Nguồn thải sinh hoạt Nguồn thải nông nghiệp Nguồn thải công nghiệp Nguồn thải làng nghề Nguồn thải y tế