Các qui định của pháp luật hình sự là những căn cứ pháp lý quan trọng nhất của Nhà nước pháp quyền để đấu tranh chống tội phạm và xử lý nghiêm minh những người phạm tội, để góp phần tăng cường pháp chế và củng cố
trật tự pháp luật, để bảo vệ các quyền và tự do của công dân, cũng như các lợi ích của xã hội và của Nhà nước. Việc Nhà nước ta ban hành Bộ luật hình sự năm 1985 ra đời đã đáp ứng về cơ bản những yêu cầu, mục đích đặt ra trong thời kỳ đó. Tuy nhiên, các quan hệ xã hội trước thời kỳ đổi mới ở nước ta là sản phẩm của hạ tầng cơ sở sinh ra từ nền kinh tế quan liêu – hành chính và bao cấp, bảo thủ và trì trệ, nên khi chuyển sang cơ chế kinh tế thị trường thì nó chưa đáp ứng được các nhu cầu của thực tiễn xã hội nói chung và thực tiễn pháp lý nói riêng.
Các qui định của Bộ luật hình sự năm 1985 đã cho thấy một số các nhược điểm nhất định khá rõ rệt – chưa chính xác về mặt khoa học hoặc chưa phù hợp với thực tiễn, chưa nhất quán về mặt logic pháp lý hoặc chưa chặt chẽ kỹ thuật lập pháp.
Chính bởi các lý do trên, nên việc tiến hành đổi mới pháp luật hình sự - sửa đổi Bộ luật hình sự năm 1985 cho phù hợp với các quan hệ xã hội mới sẽ hình thành là hoàn toàn hợp lý. Bộ luật hình sự mới cần phải thể hiện chính xác về mặt khoa học, phù hợp với thực tiễn, nhất quán về logic, chặt chẽ về mặt kỹ thuật lập pháp. Việc ban hành Bộ luật hình sự mới cũng cần dựa trên những những thành tựu mới nhất của lý luận luật hình sự hiện đại, cũng như các nguyên tắc và các qui phạm được thừa nhận chung của pháp luật quốc tế để đổi mới các quy định của pháp luật hình sự quốc gia. Pháp điển hóa lần thứ hai luật hình sự nước ta cũng nhằm mục đích nâng cao uy tín của nước ta, cũng như cho sự hợp tác hữu hiệu của nước ta với các nước thành viên khác của Hiệp hội cảnh sát Đông Nam Á và tổ chức cảnh sát hình sự quốc tế trong việc đấu tranh chống tội phạm vì hòa bình và an ninh nhân loại trong khu vực và trên toàn thế giới.
Bộ luật hình sự năm 1999 đã được Quốc hội nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam khóa X, kỳ họp thứ 6 thông qua ngày 21 tháng 12 năm 1999 và có hiệu lực từ ngày 01 tháng 7 năm 2000.
So với lần pháp điển hóa luật hình sự lần thứ nhất – Bộ luật hình sự năm 1985, thì Bộ luật hình sự năm 1999 cũng dựa trên các qui định của Bộ luật hình sự cũ, nhưng bên cạnh các qui định được giữ nguyên thì cũng có rất nhiều các qui định được sửa đổi, các qui định được bổ sung mới hoàn toàn. Các qui định được sửa đổi, bổ sung trên phạm vi rộng, sửa đổi, bổ sung mới các qui định luật hình sự không chỉ nằm trong Phần Chung của Bộ luật hình sự mà còn các trong các qui định của Phần Riêng của Bộ luật hình sự.
Riêng đối với các qui định về chế định hiệu lực của Bộ luật hình sự trong Bộ luật hình sự năm 1999, về cơ bản vẫn giữ nguyên như các qui định tại các điều trong Bộ luật hình năm 1985 nhưng có một số điểm sửa đổi bổ sung về mặt kỹ thuật lập pháp, thuật ngữ pháp lý cho phù hợp đó là:
Thứ nhất, thuật ngữ được sử dụng tại Chương II – “Phạm vi áp dụng của Bộ luật hình sự” trong Bộ luật hình sự năm 1985 được thay đổi cho chính xác, thống nhất với nội dung của nó “Hiệu lực của Bộ luật hình sự”- qui định tại Chương II trong Bộ luật hình sự năm 1999. Như vậy, từ khi Bộ luật hình sự năm 1999 được thông qua thì thuật ngữ “Hiệu lực Bộ luật hình sự” mới chính thức được ghi nhận trong Bộ luật hình sự nước ta.
Thứ hai, sửa đổi một số thuật ngữ qui định trong các điều 5, điều 6 và điều 7 như: thay thuật ngữ “Hiệp định quốc tế” bằng thuật ngữ “Điều ước quốc tế”; “tục lệ quốc tế” bằng thuật ngữ “tập quán quốc tế” cho phù hợp với các qui định của pháp luật quốc tế; qui định chính xác việc áp dụng điều luật đối với một hành vi phạm tội là điều luật đang có hiệu lực thi hành “tại thời
điểm mà hành vi phạm tội được thực hiện” ( qui định tại khoản 1 điều 7 Bộ luật hình sự năm 1985 là “khihành vi ấy được thực hiện”).
Thứ ba, thêm một số quy định mới như: việc áp dụng các quy định của Bộ luật hình sự nước ta khi nước ta tham gia các Điều ước quốc tế; quy định chi tiết thêm các quy định về việc áp dụng Bộ luật hình sự theo thời gian có lợi cho người phạm tội liên quan đến việc áp dụng một tình tiết tăng nặng mới, một tình tiết giảm nhẹ mới, hạn chế phạm vi áp dụng án treo, miễn trách nhiệm hình sự, miễn hình phạt, giảm hình phạt, xóa án tích, các qui định khác có lợi và không có lợi cho người phạm tội khi người phạm tội thực hiện hành vi phạm tội trước khi điều luật có hiệu lực thi hành.
Thứ tư, không quy định cụm từ “ trừ trường hợp luật quy định khác”
tại khoản 2 điều 7 (quy định này được sử dụng trong Bộ luật hình sự năm 1985) trong Bộ luật hình sự năm 1999. Việc không quy định cụm từ này là có căn cứ xác đáng về mặt khoa học và phù hợp với thực tiễn lập pháp hình sự của nước ta. Quy định mới này đã loại bỏ sự bất hợp lý của các từ đó, đồng thời nhằm góp phần thể hiện rõ các nguyên tắc pháp chế và nhân đạo của Bộ luật hình sự trong giai đoạn xây dựng Nhà nước pháp quyền Việt Nam.
Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Bộ luật hình sự năm 1999 được Quốc hội nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam khóa XII, kỳ họp thứ 5 ngày 19 tháng 6 năm 2009 có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 01 năm 2010 chỉ tập chung sửa đổi, bổ sung một số điều qui định trong Phần Riêng – Phần các tội phạm, còn các qui định trong Phần Chung của Bộ luật hình sự vẫn được giữ nguyên như các qui định trong Bộ luật hình sự năm 1999.
Tuy nhiên, Nghị quyết số 33/2009/NQ-QH được Quốc hội thông qua ngày 19 tháng 6 năm 2009 về việc thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Bộ luật hình sự có sự thiếu sót, bất hợp lý liên quan đến việc áp dụng áp
dụng Bộ luật hình sự về chế định án treo đó là: tại điểm đ khoản 2 điều 1 của Nghị quyết qui định “trong trường hợp qui định tại các điểm b, c và d khoản này, nếu vụ án đang được điều tra, truy tố, xét xử thì phải đình; trường hợp người bị kết án đang chấp hành hình phạt hoặc đang được tạm đình chỉ thi hành án, thì họ được miễn chấp hành phần hình phạt còn lại; trường hợp người bị kết án chưa chấp hành hình phạt hoặc đang được hoãn thi hành án, thì họ được miễn chấp hành toàn bộ hình phạt”. Như vậy, do sự chuyển biến của tình hình xã hội (một hành vi trước đây bị coi là nguy hiểm cho xã hội nay đã không còn nguy hiểm nữa), thì tùy từng trường hợp cụ thể, người đang phải chịu án tù giam có thể được miễn chấp hành hình phạt. Tuy nhiên, đối với những người đang áp dụng án treo thì đương nhiên vẫn phải chịu sự giám sát của địa phương cho đến hết thời gian thử thách. Như vậy, họ vẫn bị hạn chế quyền công dân trong thời gian thử thách, nếu phạm tội mới trong thời gian thử thách họ có nguy cơ bị “chồng án” theo nguyên tắc tổng hợp hình phạt. Điều này có thể sảy ra vì trong nội dung Nghị quyết 33 đề cập ở trên không có điều luật nào qui định đến đối tượng áp dụng án treo. Việc bất hợp lý, thiếu sót nêu trên, vô hình chung làm cho một người có hành vi ít nguy hiểm cho xã hội hơn lại bị áp dụng biện pháp nghiêm khắc hơn so với người có hành vi nguy hiểm cho xã hội hơn.