Nếu mức tăng GDP bình quân hằng năm của Khánh Hòa giai đoạn 1991- 1995 là 6%; giai đoạn 1996-2000 là 8,2% thì đến giai đoạn 2001-2010 mức tăng trưởng là 10,8%. Cơ cấu kinh tế của Khánh Hòa đã có sự chuyển dịch theo hướng hiện đại. Tỷ trọng dịch vụ - du lịch, công nghiệp - xây dựng tăng; nông nghiệp giảm. Ðến hết năm 2009, tỷ trọng dịch vụ - du lịch chiếm 43,32% trong cơ cấu kinh tế; công nghiệp - xây dựng chiếm 41,71%; nông nghiệp 14,97% [27].
Trong quá trình phát triển, tỷ trọng dịch vụ - du lịch trong cơ cấu kinh tế tăng khá nhanh, với mức tăng trưởng giá trị sản xuất bình quân hằng năm khoảng 16,3%. Nhiều ngành dịch vụ, như hoạt động trung chuyển xăng, dầu, đã có đóng góp khá lớn vào GDP của Khánh Hòa. Năng lực về cơ sở vật chất, dịch vụ của ngành du lịch đang có bước phát triển mạnh cả về quy mô lẫn chất lượng. Công nghiệp tăng trưởng bình quân hằng năm ở mức 12,4%, bước đầu đã hình thành một số ngành kinh tế mũi nhọn như: Ðóng tàu, chế biến, xuất khẩu thủy sản... Trong cơ cấu cây trồng, vật nuôi, diện tích, số lượng cây, con có giá trị kinh tế cao đang được nâng lên. Ðiều đáng lưu ý là tỷ trọng nông nghiệp trong cơ cấu kinh tế tuy giảm nhưng chất lượng tăng trưởng liên tục tăng lên nhờ được chú trọng đầu tư nhiều mặt. Quá trình CNH, HÐH nông nghiệp và nông thôn đã có sự tăng tốc; tốc độ đô thị hóa nông thôn diễn ra nhanh hơn trước thông qua việc thực hiện các chương trình kinh tế - xã hội lớn của tỉnh như: Giao thông nông thôn; điện nông thôn; kiên cố hóa kênh mương...Cơ cấu lao động nông thôn, theo đó, cũng đang chuyển biến theo hướng giảm tỷ lệ lao động nông nghiệp, tăng tỷ lệ lao động dịch vụ, công nghiệp, lao động có trình độ kỹ thuật, lao động được đào tạo.
Dịch vụ - du lịch đang vươn lên dẫn đầu trong cơ cấu kinh tế của Khánh Hòa. Xét ra, một trong những yếu tố khá quan trọng làm tăng nhanh tỷ trọng ngành dịch vụ là hoạt động chuyển tiếp xăng, dầu trên vịnh Vân Phong. Chỉ tính riêng trong năm 2009, mức thu từ hoạt động chuyển tiếp xăng, dầu ở đây đạt hơn 1.800 tỷ đồng. Nguồn thu này không chỉ góp phần làm tăng GDP của tỉnh mà còn làm tăng nhanh tỷ trọng dịch vụ trong cơ cấu kinh tế địa phương. Tuy nhiên, qua đây, có thể thấy, nếu không tính sự đóng góp của nguồn thu từ chuyển tiếp xăng, dầu, tỷ trọng ngành dịch vụ trong tổng sản phẩm của tỉnh còn thấp. Cũng qua đây cho thấy, sự tăng trưởng của ngành dịch vụ ở Khánh Hòa còn lệ thuộc khá nặng vào nhiều yếu tố từ bên ngoài.
Tuy được xếp sau dịch vụ - du lịch, nhưng xét về mức thu nộp ngân sách, công nghiệp - xây dựng lại chiếm vị trí quan trọng. Tuy nhiên hiện nay, tốc độ phát triển, tỷ trọng công nghiệp trong GDP cũng như mức thu nộp ngân sách của ngành vẫn phải trông chờ vào một số ngành sản xuất truyền thống như thuốc lá, bia..., điều mà các nhà nghiên cứu kinh tế gọi là tăng trưởng dựa vào yếu tố bề rộng.