Hải quan Việt Nam hoạt động dựa trên nền tảng của các văn bản luật và các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan, đặc biệt là Luật Hải quan, Luật quản lý thuế.
Luật Hải quan được Quốc hội thông qua ngày 29/6/2001, có hiệu lực từ ngày 01/1/2002 và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Hải quan ngày 14/6/2005, có hiệu lực thi hành từ 01/01/2006. Từ khi có hiệu lực thi hành đến nay,
Luật Hải quan đã tạo cơ sở pháp lý cho việc hiện đại hóa hoạt động quản lý hải quan, từng bước chuyển dần từ phương thức quản lý thủ công sang phương thức quản lý hiện đại dựa trên ứng dụng công nghệ thông tin và thủ tục hải quan điện tử; đảm bảo cho cơ quan Hải quan thu đúng, thu đủ các sắc thuế đối với hàng hóa XK, NK và thu khác cho ngân sách quốc gia; tổ chức, thực thi có hiệu quả các hoạt động phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa, tiền tệ qua biên giới; bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của cá nhân, doanh nghiệp, tổ chức kinh tế tham gia vào hoạt động XNK hàng hóa, XNC, QC PTVT.
Luật Quản lý Thuế được Quốc hội thông qua ngày 29/11/2006, có hiệu lực từ tháng 7/2007. Từ khi có hiệu lực thi hành đến nay, Luật quản lý thuế đã làm thay đổi cơ bản công tác quản lý thuế khi góp phần cải cách thủ tục hành chính, tăng cường hiệu lực quản lý hành chính thuế, tạo điều kiện cho doanh nghiệp chủ động hơn. Luật quản lý thuế đi vào thực tiễn đã phát huy được 3 mặt tích cực. Một là thống nhất được các quy định về quản lý thuế và các thủ tục về thuế , tạo ra một hệ thống pháp luật quản lý thuế đồng bộ, thống nhất nâng cao tính minh bạch, rõ ràng, dễ thực hiện. Hai là, tạo hành lang pháp lý mới phương thức quản lý từ cơ chế chuyên quản - người nộp thuế thụ động trong thực hiện nghĩa vụ thuế sang cơ chế nộp thuế chủ động xác định đúng số thuế phải nộp và thực hiện nộp thuế đúng hạn. Ba là quy định rõ trách nhiệm và quyền hạn của các tổ chức cá nhận nộp thuế, cơ quan thuế và các tổ chức cá nhân khác trong việc thực hiện pháp luật về thuế, tạo điều kiện và môi trường thuận lợi cho người nộp thuế thực hiện tốt nghĩa vụ thuế với Ngân sách nhà nước.
Tuy nhiên, trước xu thế phát triển mạnh mẽ về kinh tế - xã hội, Việt Nam là thành viên của nhiều liên minh thuế quan và là mắt xích quan trọng của chuỗi cung ứng thương mại quốc tế, tham dự ngày càng sâu rộng vào nền kinh tế thế giới, Luật Hải quan và Luật quản lý thuế đã bộc lộ một số bất cập, hạn chế, cần được bổ sung, hoàn thiện để phù hợp với điều kiện, xu thế phát triển của đất nước.
Theo chương trình làm việc của Quốc hội, Luật quản lý thuế sửa đổi, bổ sung sẽ được lấy ý kiến thông qua trong năm 2012, Luật hải quan sửa đổi,
bổ sung sẽ được lấy ý kiến thông qua trong năm 2013.