Các vấn đề chung:
Sự chưa thống nhất trong cơ cấu tổ chức (Cơ quan thuế chưa có quy định cụ thể về bộ máy tổ chức) dẫn đến tình trạng mỗi Chi cục có một kiểu bộ máy tổ chức, chồng chéo công việc trong công tác thu thuế, gây mất thời gian cho NNT trong trường hợp họ phải chuyển địa điểm nộp thuế, như vậy sẽ làm cho hoạt động thanh kiểm tra thuế chưa đạt được hiệu quả cao nhất. Vì vậy, cần tổ chức bộ máy thanh tra kiểm tra theo hệ thống từ Cục tới Chi cục thích hợp với việc xây dựng và triển khai các kế hoạch thanh tra, kiểm tra và lưu chuyển thông tin phục vụ điều hành và giám sát việc thực hiện các chương trình kiểm tra.
Hiện nay, công tác kiểm tra thuế được thực hiện qua 02 giai đoạn (tại cơ quan thuế và tại trụ sở người nộp thuế) với nhiều thủ tục và mất thời gian. Thực tế công tác thanh tra, kiểm tra cho thấy có những doanh nghiệp hoạt động với quy mô rất nhỏ, các chi nhánh hạch toán phụ thuộc, báo sổ, các đơn vị hoạt động vãng lai, hoặc chỉ những vấn đề nghi vấn trên hồ sơ thuế qua phân tích rủi ro thuế: như kê khai sai chỉ tiêu, xác định miễn giảm thuế không đúng quy định, số liệu trên báo cáo quyết toán thuế không khớp với số liệu trên báo cáo tài chính, hoặc kiểm tra việc sử dụng, ghi chép hóa đơn có đúng theo quy định thì chỉ cần thông báo những nội dung nghi vấn để doanh nghiệp giải trình hoặc điều chỉnh sai sót. Nếu người nộp thuế không giải trình, hoặc không điều chỉnh thì mời đến trụ sở cơ quan thuế để kiểm tra và xử lý vi phạm nếu có. Với lực lượng CBCC như hiện nay, nếu tiến hành thanh tra, kiểm tra dưới cả hai hình thức là tại trụ sở cơ quan thuế và tại doanh nghiệp là lãng phí và nhiều khi không cần thiết. Do đó, nhiều khi không nhất thiết phải thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp mà có thể tiến hành ngay tại trụ sở cơ quan thuế.
Nhà nước cần có chính sách, chế độ ưu đãi xứng đáng đối với công chức thuế nói chung và công chức thanh tra nói riêng. Ngoài mức lương cơ bản được quy định chung, cần có các khoản thưởng vật chất cụ thể, công khai gắn với hiệu quả hoạt động đảm bảo cho công chức thanh tra thuế yên tâm công tác, thu hút những người có năng
lực, trình độ, giúp công chức thanh tra thuế vượt qua những cám dỗ vật chất thường gặp trong công tác này.
Về mặt Doanh nghiệp:
Doanh nghiệp có hiểu biết, nắm vững về quy định thuế thực hiện tốt các quy định về thuế.
Doanh nghiệp thường xuyên cập nhật chính sách thuế thực hiện tốt các quy định về thuế.
Doanh nghiệp thực hiện tốt các quy định về thuế nếu được hướng dẫn cụ thể từ cán bộ quản lý thuế trực tiếp.
Doanh nghiệp có nhân viên chuyên trách công tác thuế sẽ thực hiện tốt hơn doanh nghiệp không có nhân viên chuyên trách.
Về mặt Chính sách:
Chính sách thuế TNDN của chúng ta đang mở rộng phạm vi khuyến khích để cạnh tranh và thu hút đầu tư. Chính điều này sẽ làm cho chính sách thuế trở nên phức tạp sẽ tạo ra nhiều kẻ hở và đó là mảnh đất màu mở cho những hoạt động trốn thuế. Những khuyến khích, ưu đãi về thuế TNDN đang thiếu đi những nền tảng hỗ trợ cần thiết nên hiệu lực của nó sẽ không cao.
Quy định về điều kiện được hưởng ưu đãi và các văn bản hướng dẫn còn phức tạp, các tiêu chí áp dụng còn rườm rà, thậm chí có thể hiểu theo nhiều cách khác nhau; Quy định về xác định doanh thu, lợi nhuận trong chính sách thuế TNDN và các chuẩn mực kế toán không đồng nhất đã tạo ra nhiều vướng mắc.
Do vậy chính sách thuế TNDN cần sửa đổi theo hướng: Thu hẹp điều kiện ưu đãi; đơn giản hoá các tiêu chí áp dụng khuyến khích đầu tư, chỉ nên khuyến khích đối với những địa bàn đặc biệt khó khăn, cần khảo sát, xem xét lại danh mục địa bàn khó khăn quy định từ năm 2003 mà hiện nay vẫn chưa thay đổi.
quy phạm pháp luật cần phải được sửa đổi nhất quán và phù hợp với các chuẩn mực kế toán liên quan như Chuẩn mực số 14: Doanh thu và thu nhập khác; Chuẩn mực số 17: Thuế thu nhập doanh nghiệp.
Việc đơn giản hóa các thủ tục hành chính thuế không chỉ thuần túy là đơn giản hóa các mẫu biểu kê khai hay các yêu cầu điều kiện kèm theo từng thủ tục mà còn liên quan rất nhiều đến các quy định về các chính sách thuế, cơ chế tài chính hay các quy trình nghiệp vụ của ngành thuế. Các thủ tục hành chính thuế có tính liên kết, phụ thuộc nhau rất cao (từ khâu đăng ký thuế đến khai thuế, nộp thuế, hoàn thuế, miễn giảm thuế…). Nên không thể thực hiện đơn giản hóa một cách riêng rẽ từng thủ tục mà phải có định hướng tổng thể cho thủ tục hành chính thuế nói chung và từng nhóm thủ tục nói riêng để đảm bảo đơn giản hóa các thủ tục hành chính cho NNT nhưng vẫn đủ thông tin cho quản lý thuế, tránh tình trạng cắt bỏ nhiều mà CQT lại không có số liệu quản lý, không có đủ tài liệu để phân tích.
Về mối quan hệ giữa Doanh nghiệp và cơ quan thuế:
Hai bên cần thấu hiểu công việc của nhau hơn nữa để cùng giúp đỡ hoàn thành công việc của mình. Tránh tình trạng quan liêu bao cấp làm mất thời gian, chi phí của công tác thanh tra.
Tạo được mối quan hệ tốt giữa Doanh nghiệp và cơ quan thuế làm cho việc hỗ trợ lần nhau để hoàn thành công tác thanh tra thuế TNDN tốt hơn, đồng thời sẽ giảm bớt các rủi ro mắc phải trong quá trình thực hiện công tác.
Quan hệ tốt giữa hai bên sẽ làm giảm đi áp lực cho các bên, dẫn tới hiệu quả công tác sẽ tốt hơn.