Quy trình quản lý thuế TNDN hiện nay vẫn còn chưa hợp lý dẫn đến nhiều chức năng còn chồng chéo; một số chức năng lại chưa có bộ phận chuyên trách đảm nhiệm như: chức năng cưỡng chế thuế, chức năng pháp chế... từ đó dẫn đến chưa bao quát hết toàn bộ công việc. Dẫn đến hoạt động thanh tra thuế TNDN chưa được đồng bộ và chuyên môn hóa, do vậy hiệu quả không cao.
Công tác ứng dụng công nghệ tin học trong quản lý thuế còn ở mức thấp, mới chỉ tập trung chủ yếu vào việc đăng ký mã số thuế, xử lý tờ khai và chứng từ nộp thuế,
quản lý ấn chỉ. Đại bộ phận công việc trong quy trình quản lý thuế vẫn là thủ công, năng suất thấp dẫn đến hạn chế quỹ thời gian dành cho thanh tra thuế TNDN của cơ quan Thuế.
Việc tuyên truyền, hướng dẫn chính sách thuế chưa thường xuyên, liên tục. Hình thức còn đơn điệu, nội dung mới chỉ bó hẹp ở thông tin về đăng ký, kê khai nộp thuế, thuế suất, chưa thực sự phát huy vai trò hỗ trợ DN từ khâu lập sổ sách kế toán đến tính toán thuế TNDN phải nộp, giúp lành mạnh quan hệ tài chính của DN, vì vậy chưa nâng cao tính tuân thủ, tự kê khai và tự chịu trách nhiệm pháp luật của NNT.
Chế độ đãi ngộ cho công chức trong ngành Thuế hiện nay chưa thực sự động viên để cán bộ thuế yên tâm làm việc; việc khen thưởng vẫn còn mang tính hình thức, không xây dựng tiêu chí xét thi đua theo nhiệm vụ và kết quả đạt được của từng cá nhân, bộ phận, từng vị trí. Dẫn đến tư tưởng bình quân chủ nghĩa; chưa thực sự động viên cán bộ có năng lực, có phẩm chất, tâm huyết với ngành Thuế, phát huy hết năng lực sở trường trong công tác kiểm soát thuế.
Một bộ phận cán bộ quản lý thuế trình độ hiểu biết và thực thi về Luật thuế TNDN, hạch toán kế toán, phân tích tài chính DN còn hạn chế. Kỹ năng tác nghiệp, phương pháp đọc và hiểu, vận dụng văn bản pháp luật của một số cán bộ thanh tra còn yếu và thiếu tính chuyên nghiệp; cách thức xử lý còn thiên về chủ nghĩa kinh nghiệm, nặng về suy đoán; tra cứu văn bản đưa vào áp dụng không đúng. Dẫn đến khi xác lập hồ sơ, báo cáo phần hành được giao thiếu căn cứ, không đủ sức thuyết phục ảnh hưởng đến tiến độ và chất lượng của các cuộc thanh tra thuế TNDN.
Tóm lại, Công tác thanh tra thuế TNDN tại Quảng Trị trong 3 năm từ 2011 đến 2013 đã đạt được một số kết quả khả quan, góp phần tăng thu cho NSNN và tạo điều kiện nâng cao ý thức trách nhiệm của NNT trong việc thực hiện pháp luật thuế, góp phần phát huy vai trò quản lý nhà nước về lĩnh vực thuế nói chung, về thuế TNDN nói riêng. Tuy nhiên, bên cạnh những kết quả đạt được, hoạt động thanh tra thuế TNDN còn bộc lộ không ít hạn chế và bất cập.
Đó là: Việc xử lý kết quả kiểm tra thường lấy số thuế truy thu, mức xử phạt sau thanh tra làm thước đo hiệu quả; quá trình phân tích, đánh giá kết quả thanh tra để đề xuất bổ sung, hoàn thiện chính sách chưa được chú trọng; các kiến nghị đưa ra còn
chung chung, thiếu tính khả thi. Một số nội dung trong các văn bản dưới Luật thuế TNDN thiếu nhất quán, trong khi các công văn hướng dẫn, trả lời của Tổng cục thuế chưa được kịp thời nên việc áp dụng gặp nhiều vướng mắc. Các quy định về chế độ miễn giảm, ưu đãi thuế, xác định doanh thu, chi phí hợp lý, hợp lệ được tính giảm trừ khi xác định TNCT, vẫn còn bất cập. Sự phối hợp giữa các cơ quan chức năng với cơ quan thuế còn thiếu đồng bộ.
Những vấn đề trên cần được nghiên cứu, đánh giá một cách toàn diện để xây dựng các nhóm giải pháp và kiến nghị nhằm nâng cao hiệu quả công tác thanh tra thuế TNDN trên địa bàn tỉnh Quảng Trị .
CHƯƠNG4: MÔ HÌNHNGHIÊN CỨU
Nhằm mục tiêu xác định các yếu tố ảnh hưởng đến công tác thanh tra thuế, từ đó giúp nâng cao hiệu quả công tác thanh tra thuế TNDN trên địa bàn tỉnh Quảng Trị; tác giả tiến hành khảo sát các cán bộ đang công tác trực tiếp tại bộ phận thanh tra thuế và các doanh nghiệp, khảo sát này giúp tác giả có một “bức tranh tổng thể” về hoàn thiện công tác thanh tra thuế thu nhập doanh nghiệp trong tỉnh Quảng Trị.