Các nhân tố từ các cơ quan quản lý Nhà nước:
Việc thay đổi chính sách pháp luật của Nhà nước: Luật thuế TNDN hiện nay đã mở rộng phạm vi khuyến khích để cạnh tranh và thu hút đầu tư. Chính điều này sẽ làm cho chính sách thuế TNDN trở nên phức tạp, không trung lập do có nhiều trường hợp miễn giảm. Một luật thuế có nhiều điều khoản khuyến khích sẽ tạo ra nhiều kẽ hở và là mảnh đất màu mỡ cho các hoạt động trốn thuế. Hơn nữa ở việc sửa đổi, bổ sung, điều chỉnh Luật thuế TNDN nếu thiếu các hình thức tuyên truyền, phổ biến kịp thời thì sẽ dẫn đến việc nắm bắt và thích nghi những nội dung mới của NNT và công chức đều gặp khó khăn, đây cũng là một trở lực trong quá trình thanh tra thuế TNDN. Ngoài ra,
việc ban hành các văn bản có cùng đối tượng áp dụng nhưng khác về tính chất hoặc chồng chéo, hiểu theo nhiều cách của các cơ quan quản lý nhà nước cũng ảnh hưởng đến việc thanh tra thuế TNDN.
Vấn đề thanh toán qua ngân hàng: Luật thuế TNDN chỉ quy định bắt buộc việc thanh toán qua ngân hàng đối với hoạt động xuất, nhập khẩu hàng hóa; Luật thuế Giá trị gia tăng (GTGT) sửa đổi chỉ quy định bắt buộc việc thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hoá, dịch vụ có giá trị từ 20 triệu trở lên; mọi tiêu dùng khác đều chưa quy định bắt buộc. Đây chính là kẽ hở để các DN gian lận thương mại, mua bán khống hóa đơn nhằm hợp thức hóa chi phí không có thực để làm giảm TNCT dẫn đến giảm số thuế TNDN phải nộp.
Các nhân tố từ phía CQT:
Việc bố trí bộ máy quản lý thuế tại CQT chưa hợp lý, việc phân công nhiệm vụ của các bộ phận theo quy trình chưa đồng bộ dẫn đến nhiều chức năng còn chồng chéo; một số chức năng lại chưa có bộ phận chuyên trách đảm nhiệm (như chức năng cưỡng chế thuế, pháp chế) cũng gây ảnh hưởng đến quá trình thanh tra thuế TNDN.
Về nhân tố con người: công chức thuế hạn chế về trình độ chuyên môn, chưa thực hiện đúng nội dung, yêu cầu của các quy trình, chưa thực hiện đúng chức trách được giao sẽ gây hậu quả thất thu thuế TNDN.
Về tổ chức mạng thông tin nội bộ: thực hiện tốt việc nối mạng nội bộ ngành Thuế trong cả nước tạo điều kiện cho CQT thực hiện các chương trình quản lý thuế đạt hiệu quả cũng như việc thu thập mọi thông tin về NNT được đầy đủ và kịp thời, giúp cho công tác chống gian lận về thuế TNDN đạt được hiệu quả. Tuy nhiên, trang thiết bị phục vụ cho việc quản lý thu thuế còn hạn chế, mạng thông tin nội bộ tốc độ truy cập chưa cao cũng là nhân tố ảnh hưởng đến việc thanh tra thuế TNDN.
Các nhân tố từ phía Doanh nghiệp:
Ý thức chấp hành chính sách pháp luật thuế nói chung, Luật thuế TNDN nói riêng ở một bộ phận không nhỏ các chủ DN còn hạn chế, trình trạng lợi dụng chủ trương ưu đãi, lợi dụng kẽ hở của chính sách để trốn thuế, lách luật vẫn tồn tại.
chủ yếu ở loại hình DN ngoài quốc doanh, thường có bộ máy kế toán được tổ chức và hạch toán theo ý đồ chủ quan của chủ DN, thường có ý thức trốn thuế TNDN bằng cách bỏ ngoài sổ sách các khoản doanh thu và thu nhập tính thuế TNDN, hạch toán các khoản chi phí không phục vụ SX-KD vào chi phí khi xác định TNCT để làm giảm số thuế TNDN phải nộp nên đã gây khó khăn cho việc thanh tra thuế TNDN của CQT.
Về việc sử dụng hóa đơn, chứng từ: do người tiêu dùng chưa có thói quen yêu cầu cung cấp hóa đơn khi mua hàng hóa, dịch vụ dẫn đến nhiều NNT cố tình không kê khai hoặc kê khai doanh số thấp hơn thực tế làm giảm TNCT nhằm trốn thuế TNDN.
Tóm lại, thanh tra thuế TNDN là một yêu cầu tất yếu của quản lý nhà nước về thuế TNDN. Muốn nâng cao hiệu quả, hiệu lực của hoạt động thanh tra thuế TNDN, CQT các cấp cần phải: tuân thủ quy trình quản lý thuế TNDN, quy trình thanh tra; nghiên cứu đánh giá một cách toàn diện các nhân tố ảnh hưởng đến hoạt động thanh tra, từ đó chọn lọc xác định đối tượng thanh tra có trọng tâm, trọng điểm; xây dựng hệ thống các phương pháp nghiệp vụ thanh tra khoa học và phù hợp; các biện pháp phối hợp đồng bộ với các cơ quan hải quan; lựa chọn cán bộ thanh tra hội đủ năng lực, bản lĩnh, xứng tầm với yêu cầu của công tác thanh tra thuế TNDN.