Trong các năm từ năm 2006 đến 2008, sự phối hợp giữa Cục thuế với các cơ quan chức năng trong tỉnh mới dừng lại ở việc trao đổi các thông tin định danh, còn thiếu nhiều nội dung, biện pháp phối hợp cụ thể. Để công tác thanh tra thuế TNDN trên địa bàn tỉnh đạt hiệu quả, Cục thuế cần chủ động tham mưu cho Uỷ ban nhân dân tỉnh ban hành các Quy chế phối hợp giữa Cục thuế với cơ quan hữu quan trong hoạt động thanh tra, chống thất thu NSNN. Cụ thể là:
- Quy chế phối hợp giữa Cục thuế với cơ quan Công an xây dựng Đề án phối hợp chống hành vi thành lập DN với mục đích mua bán hóa đơn bất hợp pháp để gian lận và chiếm đoạt tiền hoàn thuế GTGT, tiếp tay cho một số DN hợp thức hóa chi phí khống làm giảm TNCT dẫn đến trốn thuế TNDN.
- Quy chế phối hợp giữa Cục thuế và Sở Kế hoạch - Đầu tư trong việc cung cấp thông tin về đăng ký KD, thẩm định vốn, năng lực tài chính, kiểm tra việc thành lập DN và hoạt động của DN sau khi được cấp giấy đăng ký KD để kịp thời phát hiện, xử lý đối với các đối tượng có dấu hiệu vi phạm, bỏ trốn khỏi địa chỉ KD, chiếm đoạt tiền thuế của Nhà nước.
Ban Quản lý các dự án đầu tư và xây dựng cung cấp thông tin về các Dự án đầu tư - xây dựng đặc biệt là các Dự án quy mô lớn, thời gian thi công dài nhiều nhà thầu thi công, được tài trợ nhiều nguồn vốn thực hiện để cơ quan thuế cùng với cơ sở dữ liệu của mình, phân tích xác định đúng DN cần thanh tra.
thông tin liên quan đến các Văn phòng đại diện, Công ty con, Chi nhánh nước ngoài tại tỉnh để làm cơ sở cho cơ quan Thuế quản lý và thu thuế.
Chi cục Quản lý thị trường tăng cường phối hợp với cơ quan Thuế trong việc cung cấp thông tin, kiểm tra phát hiện và xử lý các trường hợp gian lận thương mại, vi phạm chế độ đăng ký KD, KD các lĩnh vực ngoài giấy phép.
- Quy chế phối hợp giữa Cục Thuế với các Ngân hàng, các tổ chức tín dụng đóng trên địa bàn tỉnh về yêu cầu cung cấp các thông tin của các DN có liên quan đến việc thực hiện nghĩa vụ thuế. Thực hiện trích, chuyển tiền từ tài khoản của NNT vào NSNN theo Quyết định cưỡng chế của cơ quan Thuế.