- Trong bối cảnh hội nhập kinh tế quốc tế hiện nay, sự cạnh tranh thuế trong quá trình thu hút vốn là một thử thách không nhỏ. Chính sách thuế của chúng ta đang mở rộng phạm vi khuyến khích đặc biệt là thuế TNDN để cạnh tranh và thu hút đầu tư. Chính điều này sẽ làm cho chính sách thuế trở nên phức tạp sẽ tạo ra nhiều kẻ hở và đó là mảnh đất màu mở cho những hoạt động trốn thuế. Hơn nữa, những khuyến khích về thuế TNDN mà thiếu đi những nền tảng hỗ trợ cần thiết thì hiệu lực của nó sẽ không cao.
còn nhiều điều kiện ưu đãi, mức và thời gian miễn, giảm thuế; còn lồng ghép nhiều chính sách xã hội.
- Môi trường pháp lý chưa đồng bộ và nhất quán: nội dung Luật thuế TNDN còn phức tạp, chưa đồng bộ cách hạch toán kế toán với các văn bản khác như Luật Kế toán, Chuẩn mực kế toán, đã gây khó khăn không nhỏ cho công tác thanh tra thuế TNDN của cơ quan Thuế.
- Các giải pháp quản lý kinh tế xã hội chưa được cải cách đồng bộ để hỗ trợ cho công tác quản lý thuế như: quản lý thanh toán không dùng tiền mặt, quản lý xuất nhập khẩu, quản lý cấp giấy chứng nhận đăng ký KD... đã làm hạn chế rất nhiều đến việc thanh tra thuế TNDN.
- Ở một số địa phương chính quyền chưa quan tâm đúng mức và chưa thực sự coi công tác quản lý thuế là nhiệm vụ của địa phương mình. Các cơ quan chức năng, các tổ chức, cá nhân có liên quan (như Địa chính, Kế hoạch-Đầu tư, Giao thông, Công an, Ngân hàng ...) thiếu sự phối hợp chặt chẽ, đồng bộ với cơ quan Thuế trong việc cung cấp thông tin và các biện pháp hỗ trợ để thu đầy đủ, kịp thời tiền thuế vào NSNN.
- Về ý thức chấp hành pháp luật thuế của NNT: Trong những năm gần đây, ý thức chấp hành pháp luật thuế của NNT đã được nâng cao, tuy nhiên vẫn có nhiều NNT coi việc trốn thuế sự tất yếu trong nền kinh tế thị trường. Các hành vi trốn thuế, lách thuế TNDN thông qua hạch toán kế toán xảy ra ngày càng phổ biến. Khoa học ngày càng phát triển thì các thủ đoạn trốn thuế ngày càng tinh vi hơn, gây khó khăn cho công tác quản lý và kiểm soát thuế.