Có rất nhiều mô hình nhân tố, nhưng hai mô hình nhân tố thông dụng nhất là phân tích nhân tố thông thường và phân tích nhân tố thành phần. Để hiểu sự khác nhau giữa hai phương pháp này cần xem xét đến bản chất của phương sai. Toàn bộ phương sai bao gồm ba phần là phương sai chung, phương sai riêng và phương sai do sai lầm. Phương sai chung là phương sai mà tất cả các biến đều có. Phương sai riêng là phương sai chỉ gắn liền với một biến nào đó. Phương sai do sai lầm là phương sai xảy ra do các điểm không phù hợp trong việc thu thập dữ liệu, lập thang đo, lấy mẫu. Phân tích nhân tố thành phần quan tâm đến toàn bộ phương sai trong khi phân tích nhân tố thông thường chỉ quan tâm đến phương sai chung.
Lựa chọn phương pháp nào để áp dụng do hai yếu tố là mục đích của nhà phân tích và mức độ hiểu biết của nhà phân tích đối với phương sai của các biến. Khi mục đích của nhà nghiên cứu là tóm tắt các biến thành một nhóm ít nhất các nhân tố phục vụ cho mục đích dự đoán và nhà nghiên cứu biết trước rằng phương sai riêng và phương sai do sai lầm chiếm một phần không đáng kể trong tổng phương sai thì có thể áp dụng phân tích nhân tố thành phần. Ngược lại, khi mục đích của nhà nghiên cứu không biết rõ phương sai riêng và phương sai do sai lầm chiếm tỷ trọng bao nhiêu trong tổng phương sai, do đó nhà nghiên cứu muốn loại bỏ hai loại phương sai này thì có thể áp dụng phân tích nhân tố thông thường.