Bên cạnh những kết quả đạt được rất đáng khích lệ, BIDV Cần Thơ vẫn còn những tồn tại khó khăn, hạn chế trong công tác cho vay đối với DNVVN như sau:
Thứ nhất, quy trình tín dụng của Chi nhánh tuy chặt chẽ nhưng nhìn chung vẫn còn khá phức tạp và phải trải qua nhiều giai đoạn, đồng thời cũng đòi hỏi sự phối hợp ăn ý giữa các phòng ban. Qúa trình giải ngân sẽ bị đình trệ, ảnh hưởng tiêu cực đến hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp nếu trong quy trình tín dụng có sự sơ suất của một phòng ban nào đó.
Thứ hai, dù được tọa lạc ở vị trí thuận lợi, tuy nhiên về cơ sở hạ tầng của Chi nhánh là chưa tương xứng với quy mô và vai trò của mình do Chi nhánh đã được xây dựng lâu nên có phần xuống cấp. Vấn đề nâng cấp hoặc xây dựng mới lại Chi nhánh cần được cân nhắc do việc tạo một chi nhánh hiện đại, khang trang hơn cũng là một cách gây dựng vững chắc thương hiệu BIDV tại Cần Thơ.
Thứ ba, tuy BIDV Cần thơ được thành lập tại TP Cần Thơ rất lâu nhưng vẫn còn một số bộ phận khách hàng cá nhân vẫn chưa biết nhiều đến BIDV. Việc đẩy mạnh hoạt động marketing, quảng bá thương mại thương hiệu BIDV Cần Thơ đến đối tượng khách hàng cá nhân cần được chú ý, vì đây là những người cung cấp nguồn vốn có chi phí vốn thấp nhất trong các nguồn vốn của ngân hàng. Việc huy động vốn dân cư tốt hơn sẽ làm giảm áp lực cho vay qua đó DNVVN được hưởng lợi và Chi nhánh cũng tăng lợi nhuận.