Để thực hiện tốt các mục tiêu của việc tăng cường quản lý thuế, một trong những nội dung quan trọng nhất, quyết định đến tăng cường quản lý thuế đó là xây dựng một quy trình quản lý thuế mới, hiện đại, phù hợp với nội dung của tăng cường quản lý thuế. Đồng thời với việc xây dựng quy trình mới, ngành thuế sẽ phải tiến hành tăng cường quản lý toàn bộ quy trình của bộ máy chính sách thuế hiện tại từ cơ chế quản lý theo mô hình cán bộ chuyên quản, cơ quan thuế tính thuế sang mô hình quản lý thuế hiện đại, tự kê khai, tự tính, tự nộp thuế.
Đặc trưng của quy trình quản lý thuế mới hiện nay là đối tượng nộp thuế phải tự giác thực hiện nghĩa vụ thuế theo luật định. Tự kê khai, tự tính thuế và chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc thực hiện nghĩa vụ trên cơ sở kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh của mình. Cơ quan thuế thực hiện đúng chức năng hành thu thuế do Nhà nước quy định. Hạn chế đến mức tối đa quyền chủ quan của cơ quan thuế, hạn chế việc tiếp xúc giữa đối tượng nộp thuế và cán bộ thuế, đảm bảo thu đúng, thu đủ cho ngân sách Nhà nước, giảm hiện tượng trốn lậu thuế và tiêu cực trong lĩnh vực thuế xuống mức thấp nhất.
Kinh nghiệm áp dụng thí điểm cơ chế này ở Việt Nam cho thấy: mức thuế đã phù hợp với khả năng nộp thuế của người nộp thuế. điều đó khẳng định rằng: mức thuế phù hợp với khả năng của người nộp thuế.
Để đảm bảo thực hiện tốt quy trình thực hiện thu thuế như trên cần phải chú ý một số yêu cầu cơ bản sau:
* Đối với đối tượng nộp thuế:
- Phải thực hiện tốt chế độ sổ sách kế toán, hóa đơn chứng từ theo đúng quy định của Bộ Tài chính ban hành, đồng thời phải ghi mã số thuế trên mọi chứng từ sổ sách kế toán. Vì đây chính là những căn cứ và cơ sở đảm bảo việc tự kê khai, tự tính thuế của đối tượng nộp thuế. Đồng thời cũng là điều kiện để đối tượng nộp thuế có thể được khấu trừ đầu vào khi thực hiện luật thuế doanh thu.
- Phải nâng cao ý thức, nghĩa vụ trong việc chấp hành luật thuế, việc tự kê khai, tự tính thuế của đơn vị sẽ được gắn liền với những quy định về xử phạt trong những trường hợp không chấp hành đúng luật thuế.
- Hạn chế một cách tối đa cán bộ thuế tiếp xúc với các doanh nghiệp. Cán bộ thuế phải làm việc theo chức năng nhiệm vụ thành từng khâu quản lý, không có cán bộ thuế chuyên quản doanh nghiệp. Việc cán bộ thuế kiểm tra doanh nghiệp sẽ được thực hiện theo nguyên tắc kiểm tra tính chất, vụ việc theo nội dung trong quy trình.
- Tổ chức bộ máy ngành thuế cần phải được cải tiến theo mô hình phân công công việc theo chức năng và nhiệm vụ của từng bộ phận và cơ quan thuế pháp lý mỗi cấp.
- Công tác thanh tra, kiểm tra cần phải được tăng cường mạnh mẽ đồng thời phải áp dụng các hình thức phạt nặng điển hình có tính chất răn đe các đối tượng khai man trốn thuế.
- Phải thực hiện nhanh chóng việc trang thiết bị hiện đại hóa ngành thuế, đưa công nghệ tin học vào ứng dụng trong công tác quản lý thuế để đảm bảo cho việc quản lý một cách thống nhất và nhanh chóng phát hiện các hiện tượng nghi ngờ khai man, trốn thuế.
- Tăng cường công tác tuyên truyền hướng dẫn đối tượng nộp thuế về trách nhiệm và nghĩa vụ nộp thuế, đồng thời giải thích cụ thể chính sách thuế và các thủ tục nộp thuế giúp đối tượng nộp thuế thực hiện việc tự khai, tự tính thuế một cách chính xác.
- Đảm bảo sự kết nối thông tin giữa cơ quan thuế với KBNN và các ngành quản lý chức năng khác để theo dõi kịp thời tình hình thu nộp thuế của đối tượng nộp thuế.