ở tỉnh Phòng thuế là cơ quan chuyên môn trực thuộc Vụ Thuế đặt tại các tỉnh thành phố, đồng thời chịu sự chỉ đạo song trùng với Vụ Thuế và Sở Tài chính cùng cấp để tổ chức công tác thu thuế và thu khác trên địa bàn.
Mô hình chung của cơ cấu tổ chức bộ máy các phòng thuế ở các tỉnh thành phố bao gồm:
- Tổ kế toán, thống kê, kế hoạch và tổng hợp. - Tổ thanh tra và xử lý tố tụng về thuế.
- Tổ quản lý thu thuế.
- Tổ tổ chức cán bộ và hành chính.
Theo mô hình trên, các bộ phận nghiệp vụ bố trí chủ yếu theo đối tượng nộp thuế. Cán bộ chuyên quản trực tiếp quản lý, theo dõi một số đối tượng nộp thuế và chịu trách nhiệm pháp lý về việc chấp hành chính sách thuế của đối tượng nộp thuế do vậy mô hình này đã bộc lộ rất nhiều hạn chế (đã trình bày rõ trong phần quy trình quản lý thu thuế).
Cũng như mô hình ở Trung ương, phòng thuế là một tổ chức trực thuộc vụ thuế đồng thời cũng trực thuộc sở tài chính cùng cấp. Vậy phòng thuế các tỉnh thành phố chịu sự chỉ đạo trực tiếp của vụ thuế đồng thời chịu sự chỉ đạo song trùng của Sở tài chính cùng cấp.
Mối quan hệ giữa phòng thuế với Sở Tài chính, KBNN là mối quan hệ tác động lẫn nhau, hỗ trợ tạo điều kiện cho nhau hoàn thành nhiệm vụ do Bộ Tài chính, UBND địa phương
giao cho. Việc ngành thuế có hoàn thành nhiệm vụ chính trị của mình hay không một phần phụ thuộc vào việc hỗ trợ đắc lực của Kho bạc cùng cấp. Thực tế trong thời gian qua, công cuộc cải cách hành chính thuế trong đó đặc biệt là vấn đề nộp thuế qua Kho bạc là một hướng đi đúng. Tuy vậy, mặc dù hệ thống KBNN đã được cải tiến nhiều nhưng chưa thực sự chuẩn bị đầy đủ cho công việc này, chính vì vậy đối tượng nộp thuế gặp nhiều khó khăn trong việc mang tiền trực tiếp đến Kho bạc để nộp thuế.
Trong chương trình cải cách thuế hiện nay, hệ thống thuế đã thay đổi, cơ chế quản lý thuế thay đổi và quy trình nghiệp vụ thu thuế cũng thay đổi. Do vậy mô hình quản lý theo dõi đối tượng nộp thuế qua sắc thuế không còn phù hợp nữa, việc áp dụng hệ thống máy vi tính vào quy trình quản lý thuế đòi hỏi việc bố trí cơ cấu bộ máy thuế ở cơ sở cũng thay đổi sao cho phù hợp đáp ứng yêu cầu quản lý mới.