Cấp huyện gọi là tổ thuế, là một cơ quan chuyên môn đặt tại các huyện, trực thuộc phòng Thuế các tỉnh đồng thời trực thuộc phòng Tài chính cấp huyện cùng cấp, có chức năng trực tiếp tổ chức công tác thu thuế và thu khác trên đảm bảo theo đúng luật pháp và sự hướng dẫn của cơ quan thuế cấp trên.
Mô hình chung của tổ chức bộ máy cơ quan thuế cấp huyện bao gồm:
- Bộ phận văn phòng: Bộ phận này có nhiệm vụ hướng dẫn, tuyên truyền luật và các văn bản về thuế cho các tầng lớp nhân dân và các đơn vị kinh doanh mà nằm trên địa bàn; xây dựng kế hoạch thu thuế trên địa bàn; quản lý và sử dụng quỹ ngân sách theo quy định của cấp trên.
- Bộ phận quản lý thu thuế: Bộ phận này có nhiệm vụ tổ chức cho các đơn vị kinh doanh trên địa bàn đăng ký thuế đầy đủ; tổ chức tính toán mức thuế phải nộp cho từng đối tượng nộp thuế, lập và phát hành thông báo thuế làm các nhiệm vụ kế toán thống kê về thuế, lập các báo cáo về tình hình thu thuế của cơ quan.
- Bộ phận kiểm tra thuế: Bộ phận này thực hiện nghiệp vụ kiểm tra xử lý đối với các đối tượng nộp thuế, cán bộ thuế trong tổ theo chương trình kế hoạch kiểm tra đã định sẵn hoặc theo đơn thư tố giác…
Về tổ chức bộ máy cơ quan thuế cấp huyện đã thực hiện tốt nhiệm vụ của mình trong việc quản lý thuế trên địa bàn nhưng trong thời gian qua còn một số tồn tại chủ yếu sau đây:
+ Việc tổ chức tư vấn thuế nhiều nơi hoạt động còn mang tính hình thức, số lượng cán bộ thuế còn ít chưa đáp ứng được yêu cầu của công việc.
+ Trình độ năng lực của cán bộ thuế chưa đáp ứng yêu cầu phần lớn cán bộ chưa được qua lớp đào tạo về chuyên môn. Tình hình tiêu cực ở một số cán bộ thuế vẫn còn.
Sơ đồ 2.5: Tổ chức hệ thống thu thuế Nhà nước
Quan hệ trực tiếp; Quan hệ gián tiếp