Tổ chức chấp hành dự toán chi NSNN là khâu thứ hai trong chu trình quản lý chi NSNN. Sau khi dự toán chi NSNN đã được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt và năm ngân sách bắt đầu thì quá trình chi ngân sách được triển khai.
Chấp hành chi ngân sách được thể hiện trên một số nộidụng sau: - Cấp phát ngân sách
Nội dung chính của quá trình chấp hành NSNN là việc bố trí kinh phí kịp thời đáp ứng cho nhu cầu chi của các đơn vị sử dụng ngân sách theo dự toán đã được duyệt. Các cơ quan được pháp luật quy định có trách nhiệm kiểm soát các khoản chi NSNN theo đúng dự toán và đúng chế độ. Thực chất của việc chấp hành NSNN là tổ chức cấp phát NSNN sao cho tiết kiệm và đạt hiệu quả cao.
Việc cấp phát NSNN được thực hiện thông qua một số phương thức sau: Một là, cấp phát bằng hạn mức kinh phí: Hạn mức kinh phí là giới hạn ngân sách mà đơn vị sử dụng ngân sách được chi trong một thời gian nhất định theo mục lục ngân sách, được cơ quan tài chính phân bổ hoặc cơ quan chủ quản cấp trên phân bổ theo uỷ quyền của cơ quan tài chính trên cơ sở tổng dự toán chi NSNN đã được phê duyệt.
Hai là, cấp phát bằng lệnh chi tiền: Lệnh chi tiền là chứng từ mệnh lệnh do cơ quan tài chính lập yêu cầu cơ quan quản lý ngân sách xuất quỹ để chi trực tiếp cho đối tượng thụ hưởng.
Ba là, cấp phát theo hình thức ghi thu ghi chi: Đây là việc cơ quan tài chính thực hiện ra lệnh thu một khoản thu phát sinh tại một đơn vị hoặc dự án công trình vào ngân sách, đồng thời ra lệnh chi một số tiền đúng bằng số vừa thu cho đơn vị hoặc dự án, công trình đó.
Bốn là, cấp phát theo dự toán: Là phương thức cấp phát ngân sách trong đó đơn vị sử dụng ngân sách được hoàn toàn chủ động thực hiện chi tiêu trong phạm vi dự toán đã thông báo đầu năm.
Năm là, cấp phát theo hình thức khoán chi: Hình thức này được áp dụng cho những cơ quan hành chính. Nhà nước giao cho nguồn kinh phí ổn định trong một thời kỳ để chủ động sử dụng một cách tiết kiệm, hiệu quả trên cơ sở hoàn thành các chức năng nhiệm vụ được giao. Phần kinh phí tiết kiệm có thể sử dụng vào mục đích theo quy định mang tính chất định hướng và hướng dẫn về phương thức phân chia theo quy chế tại đơn vị đảm bảo công khai dân chủ.