Chỉ tiêu nợ xấu trên tổng dư nợ (hay hệ số rủi ro tín dụng) là thước đo thể hiện chất lượng tín dụng của ngân hàng. Hệ số này càng cao thì rủi ro của ngân hàng càng lớn. Và ngược lại, chỉ số này càng nhỏ thì ngân hàng hoạt động càng tốt. Lý tưởng nhất khi chỉ số này bằng 0, nhưng điều đó khó có khả
năng xảy ra khi mà hoạt động của ngân hàng luôn tiềm ẩn những nguy cơ sai hẹn đến từ đối tác, khách hàng. Trước Ủy ban Thường vụ Quốc Hội, Thống đốc NHNN Lê Văn Bình cho biết tỷ lệ nợ xấu ở mức ngưỡng an toàn là dưới 3% theo thông lệ quốc tế.
Một tín hiệu đáng mừng là trong các năm gần đây, hệ số rủi ro tín dụng của ngân hàng đang ở mức thấp và có xu hướng giảm nhẹ. Cá biệt, năm 2010, hệ số này khá cao, 3,9%. Vì theo như phân tích ở mục 4.2, thì nợ xấu trong năm 2010 phần lớn là do nợ tồn đọng từ những năm trước để lại. Tuy đã được ngân hàng tiến hành thu nợ sâu sát, nhưng vẫn để lại một khoản nợ xấu khá lớn, dẫn đến rủi ro về tín dụng còn cao. Đến năm 2011, hệ số này giảm đột ngột còn 0,78%. Đây là thành quả đáng ghi nhận của những nhân viên tín dụng nói riêng, và của toàn ngân hàng nói chung. Trong năm này, hầu hết nợ xấu đã được giải quyết, và ngân hàng Agribank Trần Đề là một trong số ít những ngân hàng có hệ số rủi ro tín dụng ở mức nhỏ hơn 1%. Đến năm 2012, hệ số này tăng nhẹ lên 1,11% do nợ xấu ngành thủy sản. Ngành thủy sản và một trong những ngành chủ lực của địa phương, nên dư nợ ngành này luôn chiếm tỷ trọng lớn và cũng là ngành luôn để lại nợ xấu nhiều nhất cho ngân hàng.
Riêng cuối tháng 6/2012, thì tỷ lệ giữa nợ xấu và tổng dư nợ chỉ có 0,41%. Vì những vụ lúa đông xuân và hè thu thường trúng mùa nên khả năng thu hồi vốn của ngân hàng cao, đến cuối năm là khoảng thời gian thu hồi nợ vay trong ngành thủy sản không được nên nợ xấu cũng tăng theo đó. Tính đến thời điểm cuối tháng 6/2013, thì hệ số rủi ro tín dụng là 0,73%, tăng so với 6/2012. Nợ xấu gia tăng mang theo nổi lo ngại của ngân hàng, vì đến cuối năm, hệ số rủi ro tín dụng càng cao hơn.
Tóm lại, qua những phân tích trên, có thể thấy ngân hàng đang kiểm soát rủi ro tín dụng khá tốt. Tuy nhiên, nếu theo tình hình năm 2013, hệ số này có khả năng tăng lên cao. Vì vậy, ngân hàng cần có những kế hoạch dài hạn để hạn chế nợ xấu ngay từ khâu xét duyệt hồ sơ. Vì một khi để xảy ra nợ xấu, thì để khắc phục nó cần rất nhiều thời gian, tiền bạc, cũng như ảnh hưởng đến lợi nhuận của ngân hàng vì phải trích lập một số tiền lớn dùng làm dự phòng cho rủi ro tín dụng.