Đóng góp vào sự phát triển của công nghiệp trong toàn tỉnh phải kể tới sự nỗ lực của từng ngành, từng lĩnh vực sản xuất công nghiệp cụ thể.
Trong những ngành công nghiệp mà tỉnh Phú Thọ có sản xuất, tỉnh tập trung ưu tiên phát triển 6 ngành lần lượt là:
Ưu tiên 1: Công nghiệp chế biến nông sản thực phẩm đồ uống Ưu tiên2: Công nghiệp sản xuất vật liệu xây dựng
Ưu tiên 3: Công nghiệp cơ khí, điện tử Ưu tiên 4: Công nghiệp dệt may, da giầy
Ưu tiên 5: Công nghiệp khai thác và chế biến khoáng sản Ưu tiên 6: Công nghiệp hóa chất, phân bón [34, tr.28]
Việc xác định các ngành công nghiệp trọng điểm có ý nghĩa vô cùng to lớn nhằm tập trung nguồn lực để phát triển những lĩnh vực mà tỉnh có ưu thế. Đây là tiền đề để tỉnh Phú Thọ có cơ sở xây dựng những khu sản xuất công nghiệp tập trung. Tuy nhiên, khi xác định các ngành công nghiệp nằm trong diện ưu tiên, không có nghĩa là đánh giá thấp những ngành công nghiệp còn lại nhất là những ngành có tiềm năng trong tương lai.
Thực hiện theo chính sách ưu tiên phát triển công nghiệp đó, trong nhiều năm cơ cấu sản xuất các ngành công nghiệp ít có sự biến đổi.
Phú Thọ là tỉnh có diện tích rừng khá lớn, đồng thời là vùng phù hợp phát triển đối với nhiều loại cây công nghiệp, cây lương thực như chè, sắn, ngô. Do vậy, công nghiệp chế biến nông lâm sản thực phẩm được ưu tiên hàng đầu là chính sách hoàn toàn đúng đắn. Chính sách đó đã và đang đem lại kết quả khá cao. Công nghiệp chế biến nông lâm sản thực phẩm đồ uống vẫn là ngành có tỷ trọng cao nhất trong các ngành sản xuất công nghiệp: năm
2000 chiếm 45,14% giá trị sản xuất công nghiệp, năm 2005 chiếm 44,18%, dự kiến năm 2010 ngành này đóng góp 44,78% giá trị sản xuất của toàn ngành công nghiệp. Phát triển nhanh nhất trong công nghiệp chế biến nông - lâm sản đồ uống phải kể tới công nghiệp giấy và công nghiệp chế biến chè. Phú Thọ là địa phương phát triển công nghiệp giấy khá sớm so với cả nước. Hiện tại, tỉnh có 3 cơ sở sản xuất giấy và bột giấy phân bố ở Hạ Hòa, Phù Ninh và Việt Trì trong đó nhà máy giấy Bãi Bằng là một trong 3 cơ sở sản xuất giấy lớn nhất Việt Nam với công nghệ sản xuất tương đối hiện đại. Phát triển cây chè và ngành công nghiệp chế biến chè là ưu thế có tính truyền thống của Phú Thọ. Do có chính sách phát triển hợp lý vì vậy sản lượng chè tăng lên khá nhanh: năm 2000 sản lượng chè được chế biến là 11931 tấn, năm 2005 là 35734 tấn tăng gấp 2,9 lần so với năm 2000, năm 2009 sản lượng chè chế biến là 47408 tấn gấp 4 lần sản lượng chè của năm 2000.
Công nghiệp dệt may - da giày là ngành có tốc độ phát triển nhanh nhất trong tất cả các ngành công nghiệp của tỉnh. Năm 2000, ngành này đóng góp 14,2%, năm 2005 tăng lên là 17,97%, dự kiến năm 2010 chiếm 19,19% giá trị sản xuất công nghiệp, đứng thứ hai chỉ sau ngành sản xuất nông lâm sản thực phẩm đồ uống.
Công nghiệp khai thác và sản xuất vật liệu xây dựng có thể coi là lợi thế của tỉnh Phú Thọ. Tỉnh có nhiều mỏ đá lớn phục vụ cho công nghiệp sản xuất xi măng, các mỏ caolin phục vụ công nghiệp sản xuất đồ gạch, sứ xây dựng, cát sỏi trên sông nhất là khu vực sông Lô có thể khai thác và phục vụ cho xây dựng. Những năm qua sản lượng xi măng tăng với tốc độ rất nhanh từ 85 ngàn tấn năm 2000 lên gấp 19,6 lần đạt 1668 ngàn tấn năm 2009; từ năm 2000 tới năm 2009 sản lượng gạch xây tăng 3,4 lần, gạch ceramic tăng 2,5 lần, các sản phẩm khác có tăng nhẹ. Với những kết quả đạt được đã thúc đẩy ngành khai thác và sản xuất vật liệu xây dựng tăng tỉ trọng đóng góp trong giá trị sản xuất công nghiệp từ 10,67% năm 2000 lên 11,15% năm 2005, dự kiến năm 2010 tăng lên thành 12,49%.
Những ngành còn lại tỷ trọng đóng góp vào giá trị sản xuất công nghiệp có xu hướng giảm hoặc không ổn định. Giảm tỷ trọng mạnh nhất phải kể tới ngành công nghiệp hóa chất: giai đoạn 2000 - 2005 ngành này đứng thứ hai trong các ngành công nghiệp thì tới giai đoạn 2005 - 2009 ngành có nguy cơ xuống vị trí thứ ba. Nguyên nhân của sự sụt giảm này là do tốc độ phát triển của ngành công nghiệp hóa chất và sản xuất phân bón có xu hướng chậm lại.
Những thành tựu trên đã chứng tỏ chính sách phát triển các ngành công nghiệp của Phú Thọ đã bước đầu đem lại kết quả tạo ra sự phát triển vượt bậc ở những khâu then chốt. Tuy nhiên, việc xây dựng cơ cấu ngành công nghiệp ở Phú Thọ vẫn còn những điểm chưa thực sự hợp lý như ở một số ngành tốc độ phát triển còn chưa tương xứng với tiềm năng hiện có, một số ngành đã không giữ được tốc độ tăng trưởng của mình và việc xây dựng những ngành công nghiệp mới còn chậm.