Hệ thống phân phối của công ty đã được tổ chức một cách khoa học từ tổng công ty xuống các 3 chi nhánh vùng và xuống tới từng tỉnh. Ở các tinh, hoặc là công ty đã có chi nhánh, công ty con phụ trách phân phối xuống từng huyện, xã, hoặc nếu tỉnh đó chưa thành lập chi nhánh thì công ty có các đối tác là công ty dược địa phương, công ty dược tỉnh với mạng lưới phân phối sẵn có phân phối hàng của công ty. Đến hết 2012, công ty có 41 chi nhánh và đại lý trực thuộc đảm nhận phân phối tại địa phương, nâng cao tính chuyên nghiệp trong hoạt động phân phối. Cùng với đó, số lượng khách hàng mở rộng với hơn 20000 khách hàng trên toàn quốc giúp đưa sản phẩm của Traphaco đến với người tiêu dùng nhiều hơn nữa.
Điều hành kênh phân phối
Các hoạt động trên kênh phân phối như đã trình bày đều được thực hiện theo quy trình và sự phân công đến từng phòng ban, nhân viên. Trong quá trình thực hiện, các nhân viên thường xuyên có sự giám sát, hỗ trợ từ quản lý cấp trên, các cuộc họp được tổ chức định kì để trao đổi và đốc thúc công việc, giải quyết khó khăn trên địa bàn. Vì thế mục tiêu đề ra luôn được đảm bảo thực hiện góp phần vào tăng trưởng chung của công ty luôn đạt hoặc vượt chỉ tiêu. Các dòng chảy trên kênh phân phối như dòng thông tin, dòng xúc tiến, dòng đặt hàng và phân phối vật chất, dòng thanh toán được quản lý khoa học, hiệu quả, linh hoạt và đã ứng dụng công nghệ thông tin vào quản lý.
Các chính sách khuyến khích thành viên kênh
Công ty đã đặt ra nhiều hình thức khuyến khích, hỗ trợ thành viên kênh tiêu thụ sản phẩm. Các chính sách chăm sóc khách hàng được tổ chức thường xuyên, với nhiều chương trình lớn tạo điều kiện xây dựng mối quan hệ thân thiết với khách hàng, cũng như gia tăng uy tín của Traphaco với đối tác.