Kinh phí kiểm soát ô nhiễm môi trường biển chủ yếu được lấy từ nguồn kinh phí ngân sách nhà nước. Tuy nhiên, cần khai thác hợp lý nguồn kinh phí này và khai thác các nguồn vốn đầu tư khác thông qua các chương trình, dự án hợp tác quốc tế song phương và đa phương, các nguồn vốn từ doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân trong nước và nước ngoài.
81
Kiểm soát ô nhiễm môi trường biển cần được lồng ghép chặt chẽ vào các hoạt động phát triển kinh tế xã hội. Song song với các hoạt động tăng cường năng lực kỹ thuật và thể chế, phải xây dựng một cơ chế tạo nguồn tài chính ổn định, để không chỉ duy trì chính hoạt động kiểm soát ô nhiễm mà còn để nó có thể hỗ trợ đắc lực việc giải quyết các vấn đề môi trường biển trên thực tế.
Cần đầu tư vào các tiện ích, dịch vụ và công nghệ môi trường, mà nếu chỉ dựa vào đầu tư của nhà nước là chưa đủ và thiếu tính bền vững. Do vậy phải tìm kiếm đầu tư vào môi trường từ khối tư nhân, doanh nghiệp và cộng đồng, tăng cường sự cộng tác giữa khối nhà nước và khối tư nhân trong đầu tư môi trường và cần được triển khai ở tất cả các cấp.
Để triển khai hiệu quả công tác kiểm soát ô nhiễm môi trường biển, cần chú trọng phát triển nguồn nhân lực ở mọi ngành, mọi cấp, nhằm có được đội ngũ cán bộ quản lý biển có khả năng giải quyết những vấn đề phức tạp liên quan đến kiểm soát ô nhiễm môi trường biển. Các hoạt động đào tạo phải được tăng cường, đặc biệt lưu ý đến các lĩnh vực kiểm kê nguồn ô nhiễm, thanh tra môi trường, quản lý chất thải, quản lý tổng hợp, quy hoạch môi trường...