Hiện nay, các chính sách về quản lý tài nguyên và bảo vệ môi trường biển của Việt Nam thường không nhất quán, thiếu tính hệ thống và thường bị thay đổi theo thời gian nên gây ra những tác động xấu như gây suy thoái, mất mát đa dạng sinh học, ô nhiễm môi trường. Việt Nam còn thiếu những công cụ chính sách nhằm ưu đãi, hỗ trợ các hoạt động bảo vệ môi trường, phát triển dịch vụ môi trường, thúc đẩy xã hội hóa công tác môi trường, do đó công tác quản lý và bảo vệ môi trường nói chung và môi trường biển nói riêng không thực sự hiệu quả. Có thể lấy ví dụ về các vụ vi phạm pháp luật môi trường xảy ra một phần nguyên nhân là do các công cụ kinh tế chưa phát huy hiệu quả. Việc áp dụng các công cụ kinh tế trong quản lý môi trường nói chung và trong kiểm soát ô nhiễm môi trường biển trong hoạt động hàng hải ở Việt Nam còn rất hạn chế. Có rất nhiều các loại công cụ kinh tế có thể áp dụng để kiểm soát ô nhiễm môi trường biển trong hoạt động hàng hải như các lệ phí ô nhiễm, lệ phí xả thải, phí sử dụng biển, quota ô nhiễm, kí quĩ đặt cọc để phục hồi môi trường…Chính các công cụ kinh tế có khả năng điều chỉnh ô nhiễm, tạo ra cơ chế điều tiết thị trường kiểm soát ô nhiễm, giảm bớt sự tham gia của các cơ quan nhà nước cũng như giảm bớt vi phạm pháp luật. Trong khi đó, ở Việt Nam, nhiều loại thuế, phí môi trường cần thiết chưa có, thu phí bảo vệ môi trường đối với việc xả nước thải và trong khai thác khoáng sản gặp nhiều khó khăn, vướng mắc cũng như còn rất thiếu các chính sách nhằm ưu đãi, hỗ trợ các hoạt động bảo vệ môi trường. Nếu các công cụ kinh tế trong quản lí môi trường nói chung và kiểm soát ô nhiễm môi trường biển nói riêng phát huy hiệu quả, tỉ lệ vi phạm pháp luật môi trường sẽ giảm đi đáng kể.
63
Hệ thống pháp luật về bảo vệ môi trường biển tuy đã có nhiều tiến bộ với hàng loạt các quy định về bảo vệ môi trường, song đến nay các văn bản vẫn còn tản mạn, chồng chéo tại các luật chuyên ngành khác nhau, không chi tiết, cụ thể dẫn đến khó tìm hiểu và áp dụng các quy định pháp luật đó do vậy cần thiết phải xây dựng một chế định pháp luật đồng bộ, tập hợp đầy đủ các quy định về bảo vệ môi trường biển.