Thực tiễn công tác quản lý tài sản của Nhà nước đã được cụ thể hóa tại Nghị định số 14/1998/NĐ-CP ngày 06/3/1998 của Chính phủ trên cơ sở phạm vi, nguyên tắc quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước trong khu vực hành chính sự nghiệp. Trong đó có các bệnh viện công lập, từ đó Nhà nước đã xây dựng tiêu chuẩn, định mức: nhà làm việc, phương tiện đi lại và điện thoại trong các Cơ quan nhà nước; Bộ Tài chính đã có văn bản hướng dẫn thực hiện trong việc quản lý, sử dụng các tài sản là nhà làm việc, ô tô con và chế độ điều chuyển, thanh lý tài sản không có nhu cầu sử dụng hoặc không còn sử dụng được, vì vậy tài sản được xác lập quyền sở hữu Nhà nước.
Sau khi Nghị định 43 ra đời, để tiếp tục triển khai Nghị định 43 của Chính phủ, Nhà nước đã ban hành Quyết định số 202/2006/QĐ-TTg ngày 31/8/2006 của Thủ tướng Chính phủ về quy chế quản lý tài sản nhà nước tại đơn vị sự nghiệp công lập, thông tư hướng dẫn số 112/2006/TT-BTC ngày 27/12/2006 của Bộ Tài chính, nhằm tạo quyền tự chủ và chủ động trong việc quản lý và sử dụng tài sản, tạo điều kiện để các đơn vị sự nghiệp huy động các nguồn lực hiện có để đầu tư trang bị, đổi mới tài sản, đồng thời sử dụng có hiệu quả tài sản nhà nước trong các đơn vị sự nghiệp công lập. Nghị định số 137/2006/NĐ-CP ngày 14/11/2006 của Thủ tướng Chính phủ quy định việc phân cấp quản lý nhà nước đối với tài sản nhà nước tại cơ quan hành chính, đơn vị sự nghiệp công lập, tài sản được xác lập quyền sở hữu của Nhà nước, thông tư hướng dẫn số 35/2007/TT-BTC ngày 10/4/2007 của Bộ Tài chính nhằm tạo điều kiện cho đơn vị sự nghiệp chủ động sử dụng, quản lý tài sản phục vụ có hiệu quả các hoạt động sự nghiệp của đơn vị. Từ khi có các văn bản này công tác quản lý tài sản
của các bệnh viện công lập trên địa bàn tỉnh đã phần nào đi vào kỷ cương, tài sản được quản lý khoa học hơn, hạn chế dần việc sử dụng tài sản không đúng mục đích, lãng phí, thất thoát.
Hiện tại các khoản kinh phí của đơn vị sự nghiệp khi chi mua sắm tài sản (Hữu hình và vô hình) mới thực hiện hạch toán tăng giá trị tài sản, tăng vốn. các khoản chi thực hiện các chương trình dự án, đề tài nhưng không mua tài sản thì chỉ quyết toán chi hoạt động, trong khi đó nếu xét theo phương diện kinh tế thị trường thì thực tế có rất nhiều khoản chi đã góp phần tăng thêm giá trị, vốn của đơn vị sự nghiệp. Cụ thể như: giá trị thương hiệu của đơn vị, giá trị của các công nghệ mà đơn vị đang sở hữu (kết quả từ thực hiện các đề tài, đề án nghiên cứu, ứng dụng triển khai khoa học công nghệ) giá trị quyền sử dụng đất được nhà nước giao sử dụng lau dài…
Do không đánh giá, xác định giá trị, không thực hiện hạch toán tăng giá trị tài sản , vốn của đơn vị sự nghiệp nên nhìn chung các giá trị này chưa được quản lý chặt trẽ, sử dụng chưa mang lại hiệu quả cao, chưa phản ánh đầy đủ chi phí của hoạt động sự nghiệp.
Theo quy định tại Quyết định số 351-TC/QĐ/CĐKT ngày 22/5/1997 của Bộ Tài Chính ban hành chế đoọ quản lý, sử dụng và tính hao mòn tài sản cố định trong các đơn vị hành chính sự nghiệp: tất cả các đơn vị sự nghiệp chỉ thực hiện theo dõi và tính hao mòn tài sản, không thực hiện việc hạch toán chi phí khấu hao tài sản, trang thiết bị vào giá thành sản phẩm của các hoạt động sự nghiệp thuộc nhiệm vụ nhà nước giao, đặt hàng.
Để cụ thể hóa phân cấp quản lý nhà nước đối với tài sản nhà nước. UBND tỉnh Ninh Bình đã ban hành Quyết định số 32/2009/QĐ-UBND ngày 30/11/2009 về việc ban hành Quy định phân cấp quản lý tài sản nhà nước và tài sản được xác lập quyền sở hữu nhà nước thuộc phạm vị quản lý của tỉnh Ninh Bình. Theo đó đối với việc mua sắm tài sản không phải là trụ sở làm việc, xe ô tô từ nguồn Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp và từ nguồn vốn huy động theo chế độ quy
định để phục vụ cho các hoạt động sự nghiệp sản xuất kinh doanh, dịch vụ của đơn vị do Thủ trưởng đơn vị quyết định phù hợp với tiêu chuẩn, định mức, chế độ do cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định. Thủ trưởng các bệnh viện công lập trên địa bàn tỉnh Ninh Bình được quyết định sử dụng tài sản nhà nước vào hoạt động liên doanh liên kết đối với các tài sản có nguyên giá từ 500 triệu đồng trở xuống mà không phải là trụ sở làm việc, cơ sở hoạt động sự nghiệp, tài sản khác gắn liền với đất. Thủ trưởng các bệnh viện công lập nói riêng và các đơn vị sự nghiệp công lập khối tỉnh nói chung có quyền quyết định thanh lý đối với các tài sản nhà nước có nguyên giá theo sổ sách kế toán dưới 50 triệu đồng/tài sản. Các đơn vị sự nghiệp công lập được quyền quyết định cho thuê tài sản nhà nước tại đơn vị của mình đối mà không gắn liền với đất; không phải là xe ôtô, có nguyên giá dưới 500 triệu đồng/tài sản thuộc phạm vi quản lý. Như vậy khi văn bản chính sách mới ra đời đã quy định đầy đủ và chi tiết về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước tại các đơn vị sự nghiệp công lập trên địa bàn nói chung và các bệnh viện công lập trên địa bàn nói riêng từ khâu đầu tư xây dựng, mua sắm, thuê tài sản đến chế độ bảo dưỡng, sửa chữa tài sản và thu hồi, điều chuyển, bán, thanh lý tài sản; chế độ báo cáo, công khai, kiểm tra tài sản nhà nước, sắp xếp lại, xử lý tài sản nhà nước tại các đơn vị.
Về cơ sở vật chất: Các bệnh viện công lập trên địa bàn tỉnh Ninh Bình được quản lý, sử dụng vài chục hec ta đất, diện tích các công trình của bệnh viện, khu khám bệnh, khu điều trị.... Tuỳ thuộc vào quy mô của các bệnh viện mà nhà nước trang bị tài sản cho mỗi bệnh viện là khác nhau. Hiện nay bệnh viện Đa khoa tỉnh là đơn vị có tổng giá trị tài sản, trang thiết bị lớn nhất trong toàn tỉnh mới được nhà nước bàn giao cho bệnh viện sau khi được xây dựng từ nguồn vốn trái phiếu chính phủ.
Hàng năm ngân sách tỉnh đều bố trí riêng một khoản kinh phí khoảng vài tỷ đồng tùy theo ngân sách hàng năm để phục vụ việc mua sắm trang thiết bị y tế cho ngành y tế, trong đó có các bệnh viện công lập trên địa bàn tỉnh. Do đó
dần dần các bệnh viện công lập trên địa bàn tỉnh sẽ được trang bị trang thiết bị y tế hiện đại để phục vụ công tác khám chữa bệnh cho nhân dân trên địa bàn.
Hiện nay chỉ có bệnh viện Đa khoa tỉnh và bệnh viện Sản nhi là có hoạt động liên doanh liên kết với các cá nhân, tổ chức bên ngoài để đặt các máy phục vụ việc khám chữa bệnh của người dân như: Máy cộng hưởng từ, máy x-quang, máy xét nghiệm sinh hóa... Chính vì có đặt các tài sản liên doanh liên kết trong bệnh viện nên các đơn vị này phải thu phí dịch vụ để khấu hao tài sản và chi trả cho việc sửa chữa các loại máy móc này. Sau khi trừ đi các chi phí trực tiếp, các đơn vị này thực hiện nghĩa vụ với nhà nước, phần còn lại theo tỷ lệ phần trăm đã được quy định trong hợp đồng được tính vào nguồn thu của bệnh viện.