Do điều kiện kinh phí có hạn và tỷ lệ lạm phát những năm gần đây tương đối cao nên công tác lập dự toán thường nhỏ hơn và chưa sát với thực tế thường xảy ra chênh lệch lớn.
Việc phân bổ dự toán còn mang tính tương đối chưa sát thực cụ thể với các nội dung hoạt động cần thiết vì thế trong quá trình thực hiện dự toán vẫn nảy sinh những nội dung công việc phát sinh ngoài dự toán phải điều chỉnh bổ sung.
Khả năng đáp ứng của NSNN còn hạn chế, dẫn đến có nhiều khoản chi không đáp ứng được định mức chưa bù đắp được trượt giá.
Quản lý Nguồn thu vẫn còn một số bất cập:
Việc tổ chức thu viện phí, bảo hiểm y tế cấp đôi lúc chưa kịp thời, chưa nộp Kho bạc Nhà nước ghi thu ghi chi đúng thời hạn.
Chưa theo dõi chi tiết được từng Nguồn thu vì thế trong quá trình quản lý còn gặp nhiều khó khăn.
Do việc phân bổ kinh phí từ NSNN cho các bệnh viện vẫn còn mang tính bình quân, trên cơ sở khả năng NSNN và có tính đến nguồn thu sự nghiệp của từng đơn vị nhưng chưa gắn kết giữa việc giao kinh phí và nhiệm vụ; đồng thời gây nên sự trông chờ, ỷ lại vào NSNN.
Kinh phí ngân sách nhà nước cấp cho các bệnh viện luôn trong tình trạng bị động do chưa có sự phối hợp nhịp nhàng giữa Sở Nội vụ và Sở Tài chính. Dự toán NSNN năm nay được Sở Tài chính căn cứ vào số biên chế kế hoạch mà Sở Nội vụ giao năm trước. Số biên chế tăng thêm trong năm được Sở Nội vụ giao sau khi UBND tỉnh đã giao dự toán cho các bệnh viện, dẫn đến tình trạng số biên chế tăng thêm chưa được bố trí kinh phí kịp thời mà thường để đến cuối năm Sở Tài chính cân nguồn rồi mới bố trí kinh phí dẫn đến tình trạng các bệnh viện bị động trong việc trả lương cho số biên chế tăng thêm trong năm.
Thực hiện cơ chế tự chủ và xã hội hóa y tế, các bệnh viện công lập trên địa bàn cùng với các bệnh viện trên cả nước tăng cường đầu tư cơ sở vật chất, trang thiết bị, mở rộng dịch vụ “khám chữa bệnh theo yêu cầu” để tăng thu, dẫn đến
nguy cơ chạy theo lợi nhuận và “thương mại hóa hệ thống y tế”, đặc biệt là trong bối cảnh các cơ chế và giải pháp giám sát, kiểm tra còn yếu. Lạm dụng dịch vụ là một trong những vấn đề rất quan trọng cần được tìm hiểu và có hướng giải quyết.
Đầu tư trang thiết bị kỹ thuật cao không tương xứng với năng lực, trình độ chuyên môn, nhu cầu khám chữa bệnh: Có bệnh viện đầu tư trang thiết bị chạy theo kỹ thuật cao, những thiết bị tạo nguồn thu, nhanh thu hồi vốn, nhưng không chuẩn bị đào tạo cán bộ nên trình độ cán bộ không theo kịp trang thiết bị kỹ thuật, giảm hiệu quả đầu tư và có thể gây tăng chi phí cho người bệnh.
Công tác chấp hành dự toán không sát với dự toán được cấp có thẩm quyền duyệt:
Theo phương thức cấp phát theo dự toán được giao thì dự toán là căn cứ pháp lý cao nhất quyết định kinh phí chi tiêu trong cả năm, các bệnh viện căn cứ vào dự toán được cấp có thẩm quyền giao, chế độ tiêu chuẩn, định mức và tiến độ thực hiện nhiệm vụ, trực tiếp rút kinh phí tại kho bạc. Tuy nhiên do trình độ lập dự toán của đơn vị còn hạn chế chưa dự kiến hết các nhiệm vụ chi phải thực hiện trong năm vì thế trong quá trình thực hiện chưa đúng với dự toán được duyệt.
Chế độ công khai tài chính một số bệnh viện thực hiện chua đầy đủ nội dung, hình thức công khai.
Tình hình thất thoát lãnh phí trong chi tiêu ngân sách nói chung, chi thường xuyên nói riêng vẫn còn xảy ra.
Chất lượng báo cáo quyết toán chi thường xuyên chưa cao:
Năng lực quản lý tài chính còn hạn chế, công tác kế toán đôi lúc còn buông lỏng.
Hạch toán các khoản chi không theo tiêu chuẩn định mức, thủ tục quy định hiện hành, nhát là một số khoản mua sắm sửa chữa chưa tuân thủ các quy định về đấu thầu xây dựng và đấu thầu mua sắm tài sản nhà nước.
Công tác phân tích đánh giá số liệu quyết toán còn hạn chế chưa đưa ra được những bài học kinh nghiệm cho việc quản lý và quyết toán Ngân sách.
Về chính sách tiền lương và thu nhập tăng thêm: Ngân sách nhà nước giao tự chủ thấp, chưa đáp ứng được nhu cầu chi tối thiểu, số thu phí, lệ phí thấp, chưa bù đắp được chi phí trong khi phải sử dụng một phần nguồn thu và tiết kiệm chi 10% chi thường xuyên (đối với các khoản chi ngoài lương và các khoản có tính chất lương) để chi trả tiền lương tăng thêm theo lộ trình cải cách tiền lương của Chính phủ; giá điện, xăng dầu tăng và hàng hóa tăng dẫn đến các chi phí thường xuyên khác đều tăng cao. Ngoài ra các bệnh viện này còn phải chi trả tiền lương cho các đối tượng hợp đồng. Do vậy, khoản chênh lệch thu, chi thường xuyên để lập quỹ phát triển hoạt đống sự nghiệp, chi trả thu nhâp tăng thêm cũng bị giảm.
Theo quy định thì các bệnh viện sau khi chi trả chi phí thuốc, máu, dịch truyền, hóa chất vật tư thay thế, vật tư tiêu hao phần còn lại sử dụng tối thiểu 35% nguồn thu sự nghiệp để tao nguồn thực hiện cải cách tiền lương, nếu sử dụng không hết phải chuyển năm sau làm nguồn cải cách tiền lương là chưa hợp lý. Vì thực tế, mức thu viện phí, phí, lệ phí... vẫn chưa đảm bảo đủ các chi phí trực tiếp, các bệnh viện phải sử dụng một phần để thực hiện cải cách tiền lương, phần còn lại đã phải sử dụng để chi hoạt động chuyên môn. Nếu bắt buộc các đơn vị phải trích nguồn làm lương, chuyển nguồn sang năm sau thì không còn kinh phí để chi hoạt động của đơn vị, chi trả tiền lương tăng thêm và trích lập các quỹ theo quy định của Nghị định 43.
Kiểm tra giám sát và quyết toán thu chi NSNN còn hạn chế:
- Các bệnh viện công lập thực hiện công tác hạch toán thu, chi chưa kịp thời, đầy đủ vào sổ sách kế toán một số khoản thu, chi của đơn vị.
- Công tác báo cáo thống kê, báo cáo tài chính, quyết toán tài chính với cơ quan chủ quản ở nhiều nơi còn chưa kịp thời. Báo cáo quyết toán quý, quyết toán năm gửi Sở Y tế, Sở Tài chính chưa kịp thời.
- Công tác kế toán chỉ chủ yếu tập trung vào việc tuân thủ các quy định và luật lệ chứ chưa quan tâm đầy đủ đến tính kinh tế, hiệu suất và hiệu quả trong việc sử dụng các nguồn lực tài chính.
- Việc đánh giá rủi ro, công nợ trong các bệnh viện công lập chưa được quan tâm, vẫn phải dựa vào kiểm toán bên ngoài, vì các bệnh viện công lập chưa có chức năng kiểm toán nội bộ.
Những tồn tại trên xuất phát từ chỗ ở tại các đơn vị này công tác hạch toán kế toán chưa được coi trọng đúng mức. Việc lựa chọn hình thức kế toán, tổ chức bộ máy kế toán còn chưa phù hợp. Đội ngũ cán bộ làm công tác kế toán tuy đông nhưng năng lực trình độ còn hạn chế, số lượng cán bộ tài chính kế toán học đại học chính quy chuyên ngành tài chính kế toán chiếm tỷ lệ còn hạn chế.
Việc phân cấp và giao quyền tự chủ quản lý ngân sách đòi hỏi công tác hạch toán kế toán, báo cáo quyết toán trong các bệnh viện công lập đòi hỏi phải được củng cố tính trách nhiệm và công tác kiểm toán nội bộ tại các bệnh viện công lập về các khoản thu, chi tiêu; nhu cầu hoàn thành tự động hoá công tác báo cáo tài chính và kế toán, tăng cường năng lực của cán bộ quản lý tài chính cũng như lãnh đạo các bệnh viện công lập và kế toán trưởng.
Đi liền với công tác kế toán, hạch toán kế toán là một bộ phận cấu thành quan trọng của hệ công cụ quản lý kinh tế, ngày càng trở nên quan trọng và cần thiết cho các quyết định kinh tế.