Trước kia các bệnh viện công lập trên địa bàn tỉnh Ninh Bình là đơn vị dự toán cấp 2, chịu sự quản lý trực tiếp từ Sở Y tế Ninh Bình. Trong các năm gần đấy các bệnh viện công lập đã chuyển thành đơn vị dự toán cấp 1. Kinh phí được UBND tỉnh giao trực tiếp cho các đơn vị và rút trực tiếp kinh phí tại KBNN. Ngoài chịu sử quản lý về mặt hành chính, các bệnh viện công lập chịu sự kiểm tra, kiểm soát chi của KBNN, cơ quan thuế, cơ quan kiểm toán, cơ quan tài chính.
Hàng năm Sở Y tế Ninh Bình phối hợp với Sở Tài chính xét duyệt quyết toán các đơn vị trực thuộc trong đó có các bệnh viện công lập 2 lần, gồm: 6 tháng đầu năm và 6 tháng cuối năm nhằm nắm bắt được các khoản thu, chi tại các bệnh viện, hướng dẫn đơn vị chấp hành tốt chính sách chế độ của nhà nước, kịp thời ngăn chặn những hành vi trái quy định của nhà nước
Bên cạnh việc kiểm tra, kiểm soát tài chính của các cơ quan chức năng thì công tác tự kiểm tra kiểm soát là rất cần thiết, các bệnh viện phải thường xuyên tự kiểm tra các khoản thu, chi tại đơn vị. Cơ sở để đơn vị tự kiểm tra là quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị. Quy chế chi tiêu nội bộ mà xây dựng tốt thì công tác tự kiểm tra sẽ có hiệu quả, mọi khoản thu, chi không đúng với quy chế chi tiêu nội bộ phải được chỉnh lý kịp thời. Ngoài ra công khai tài chính cũng là một biện pháp nhằm phát huy quyền làm chủ của cán bộ, công chức, viên chức trong đơn vị. Mọi người đểu có quyền biết hoạt động thu chi trong đơn vị của mình, có quyền kiểm tra, giám sát để đảm bảo mọi khoản thu, chi được công khai minh bạch.
Để công tác tự kiểm tra, kiểm toán nội bộ trong mỗi đơn vị ngày càng hoàn thiện hơn cần một số giải pháp sau:
+ Xây dựng kế hoạch kiểm tra tài chính nội bộ. Trong kế hoạch phải xây dựng hình thức kiểm tra, xác định rõ người chịu trách nhiệm khi kiểm tra ở từng khâu công việc, đối tượng nội dung, thời gian kiểm tra. Việc xây dựng kế hoạch kiểm tra phải được thực hiện ngay từ đầu năm.
+ Đi đôi với tăng cường công tác hạch toán kế toán, cần chú trọng thực hiện tốt công tác kiểm toán. Coi công tác kiểm toán là một việc không thể thiếu trong hoạt động tài chính hàng năm của các bệnh viện. Các bệnh viện này cần có cán bộ làm công tác kiểm toán nội bộ, nếu không cần thuê kiểm toán độc lập để kiểm toán báo cáo tài chính hàng năm. Thực hiện được như vậy công tác hạch toán kế toán, báo cáo tài chính của các bệnh viện công lập sẽ cung cấp thông tin cho các bộ phận quan tâm với độ chính xác, tin cậy cao, giúp công tác quản lý, điều hành trong bệnh viện đạt kết quả cao.