Bên cạnh những kết quả đạt được nêu trên, huy động vốn BIDV còn nhiều hạn chế phải khắc phục để có thể giảm tối đa chi phí huy động vốn nhằm tối đa hóa lợi nhuận trong kinh doanh.
- Sản phẩm huy động vốn của BIDV còn chưa thật sự đa dạng chưa đáp ứng đầy đủ nhu cầu của khách hàng. BIDV vẫn còn thiếu nhiều sản phẩm cạnh tranh mà các ngân hàng cùng đẳng cấp như Vietcombank, Vietinbank đã có như tiền gửi tiết kiệm tự động,... Các hình thức bán chéo sản phẩm tuy đã áp dụng nhưng chưa thực sự thu hút sự quan tâm của khách hàng.
- Hoạt động kinh doanh còn chịu sự điều hành khống chế của nhà nước chỉ thực hiện các sản phẩm quy định trong văn bản, cơ chế lãi suất chưa đảm bảo lãi suất thực dương cho người gửi tiền, lãi suất rập khuôn theo hội sở chính, chưa cập nhật kịp thời theo thị trường, dẫn đến tình trạng khách hàng rút vốn chuyển qua các ngân hàng hàng khác có lãi suất huy động hấp dẫn hơn.
- Thủ tục gửi tiền, lĩnh tiền khá phức tạp làm kéo dài thời gian giao dịch cũng như tạo tâm lý chưa thoải mái, e ngại cho khách hàng. Một số chi nhánh còn có thái độ cục bộ với khách hàng của chi nhánh khác cùng hệ thống và tình trạng tranh giành khách hàng giữa các chi nhánh của BIDV.
- Tại các thành phố lớn như Hà Nội và TP.HCM mặt bằng một số chi nhánh, phòng giao dịch, quỹ tiết kiệm còn nhỏ bé và chật chội, gây bất tiện cho khách hàng khi đến giao dịch (không có chỗ để xe, không bố trí được máy ATM…). Hình thức bên ngoài của địa điểm giao dịch ATM còn thiếu hấp dẫn.
- Chất lượng các dịch vụ hỗ trợ cho huy động vốn còn nhiều hạn chế:
Dịch vụ thanh toán qua internet hay bị lỗi khi truy cập, truy vấn thông tin cũng như thanh toán còn chậm, đôi khi phải đăng nhập nhiều lần mới thành công được một giao dịch, phí đăng ký tham gia dịch vụ còn cao. Việc thanh toán thẻ Visa qua internet hay bị từ chối, trang web chấp nhận thanh toán bằng thẻ BIDV không nhiều, không đa dạng. Hệ thống BSMS chưa hoàn thiện (báo chậm, nghẽn mạch, không báo tin nhắn cho khách hàng, 1 giao dịch báo nhiều lần...). Ngoài ra, sản phẩm tiền gửi
thanh toán chưa thiết kế cho từng nhóm khách hàng khác nhau. Chưa tạo ra các hình thức bán chéo sản phẩm để tạo giá trị gia tăng cho sản phẩm nhằm thu hút nhiều khách hàng.
Hoạt động phát hành thẻ hầu như chạy theo về số lượng mà không quan tâm đến chất lượng. Địa điểm đặt ATM của BIDV chưa nhiều. Giao dịch qua thẻ còn bị lỗi: tình trạng máy trong quá trình nâng cấp, máy nuốt thẻ, giao dịch không thành công nhưng tài khoản vẫn bị trừ tiền, rút tiền không đủ tiêu chuẩn lưu thông, xử lý quá trình tra soát khiếu nại rất chậm. Phí phát hành thẻ cao, phí thanh toán qua thẻ visa còn cao so với các ngân hàng khác, phí thường niên cao, quá trình phát hành thẻ chậm. Thời gian qua đã có rất nhiều khách hàng khoá thẻ, đóng tài khoản chỉ vì bị trừ phí thường niên.Nhiều khách hàng không sử dụng dịch vụ internet banking vì phí tham gia quá cao, thêm vào đó còn e ngại tính bảo mật của dịch vụ.
Dịch vụ ngân hàng hiện đại: Tính năng của các dịch vụ SMS, Home banking, Internet Banking mới chỉ ở mức độ thông tin cho khách hàng, chưa thể hiện được chức năng của kênh phân phối hiện đại như giúp khách hàng chủ động thanh toán mua vé tàu...
- Hoạt động marketing tuy đã cải thiệntuy nhiên chưa thật sự chuyên nghiệp và hiệu quả, kênh phân phối hầu hết là truyền thống.
- Cơ sở hạ tầng công nghệ thông tin còn hạn chế: hệ thống công nghệ thông tin kết nối giữa các chi nhánh chưa thực sự thông suốt, vẫn xảy ra tình trạng trục trặc kỹ thuật dẫn tới tạm ngưng giao dịch gây phiền hà cho khách hàng. Đặc biệt là vào các thời điểm cao điểm như cuối tháng, các ngày trước ngày lễ, Tết…điều này không những làm khách hàng không hài lòng mà còn có thể gây rủi ro tác nghiệp cho ngân hàng.