XÁC ĐỊNH KIỂU HÌNH và KIỂU GENE của các VI KHUẨN ĐƯỜNG RUỘT TIẾT ESBL PHÂN lập được tại BỆNH VIỆN bạc LIÊU

CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU

1.1. Tổng quan về vi khuẩn:
- 1.1.1. Vi khuẩn: [3]
- 1.1.2. Các vi khuẩn nghiên cứu thường gặp:
  - 1.1.2.1. Escherichia coli:[3]
  - 1.1.2.2. Klebsiella: [3]
1.2. Khái quát lịch sử và phân loại ESBL:
- 1.2.1. Vài nét về lịch sử phát hiện ESBL:
  - 1.2.1.1. Hệ thống phân loại theo Ambler: [34]
  - 1.2.1.2. Hệ thống phân loại theo Bush- Jacoby- medeiros:
- 1.2.2. Các phương pháp phát hiện về kiểu hình ESBL:
  - 1.2.2.1. Phương pháp đĩa đơn: [10]
  - 1.2.2.2. Phương pháp đĩa đôi: [10]
  - 1.2.2.3. Phương pháp đĩa kết hợp: [10]
  - 1.2.2.4. Phương pháp que E test: [10]
  - 1.2.2.5. Phương pháp tìm ESBL (Bằng máy tự động vitek2 compact):
- 1.2.3. Phương pháp sinh học phân tử phát hiện kiểu gene ESBL:
- 1.2.4. Tầm quan trọng của việc phát hiện ESBL:
- 1.2.5. Tình hình phân bố ESBL trên thế giới và Việt Nam:
  - 1.2.5.1. Tình hình nhiễm ESBL trên thế giới:
  - 1.2.5.2. Tình hình nhiễm ESBL ở Việt Nam:
  - 1.2.5.3. Tình hình kháng thuốc của vi khuẩn đường ruột:
  - 1.2.5.4. Phòng ngừa vi khuẩn sinh ESBL:

CHƯƠNG 2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

2.1. Đối tượng nghiên cứu:
- 2.1.1. Tiêu chuẩn chọn mẫu:
- 2.1.2. Tiêu chuẩn loại trừ:
2.2. Phương pháp nghiên cứu:
- 2.2.1. Thiết kế nghiên cứu:
- 2.2.2. Cỡ mẫu:
- 2.2.3. Số chủng vi khuẩn đường ruột dùng để thực hiện multiplex PCR:
2.3. Địa điểm thực hiện và thời gian nghiên cứu:
2.4. Biến số:
2.5. Một số kỹ thuật vi sinh lâm sàng:
- 2.5.1. Cách lấy bệnh phẩm máu:
- 2.5.2. Cách lấy bệnh phẩm nước tiểu:
- 2.5.3. Cách lấy bệnh phẩm đàm:
- 2.5.4. Cách lấy bệnh phẩm mủ (tổn thương phần mềm):
2.6. Vật liệu và phương pháp nghiên cứu:
- 2.6.1. Vật liệu:
  - 2.6.1.1. Hóa chất:
  - 2.6.1.2. Thiết bị:
  - 2.6.1.3. Vật tư tiêu hao:
- 2.6.2. Phương pháp thực hiện:
  - 2.6.2.1. Phương pháp cấy phân lập:
  - 2.6.2.2. Phương pháp định danh vi khuẩn bằng máy Vitek2compact:
  - 2.6.2.3. Xác định kiểu hình ESBL bằng máy tự động Vitek2 compact:
  - 2.6.2.4. Xác định kiểu gene qui định ESBL dương (TEM, SHV và CTX-M)
2.7. Phân tích và xử lý số liệu:
2.8. Đạo đức trong nghiên cứu:

CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

3.1. Kết quả về xác định kiểu hình sinh ESBL:
- 3.1.1. Sự phân bố các loại vi khuẩn phân lập được:
- 3.1.2. Tỉ lệ các loại vi khuẩn Gram âm đường ruột phân lập được theo từng loại bệnh phẩm:
- 3.1.3. Tỷ lệ vi khuẩn Gram âm đường ruột thường gặp sinh ESBL:
- 3.1.4. Tỷ lệ vi khuẩn Gram âm đường ruột thường gặp sinh ESBL trong các mẫu bệnh phẩm:
3.2. Kết quả khảo sát về kiểu gene qui định ESBL:
- 3.2.1. Kết quả thí nghiệm monoplex PCR:
- 3.2.2. Kết quả khảo sát nhiệt độ lai tối ưu của các mồi:
  - 3.2.2.1. Kết quả của mồi CTX-M-G-1 và CTX-M-G9:
  - 3.2.2.2. Kết quả của mồi TEM và 16S rRNA:
  - 3.2.2.3. Kết quả của mồi SHV:
- 3.2.3. Hiệu quả phản ứng multiplex PCR:
- 3.2.4. Tối ưu nồng độ mồi TEM:
- 3.2.5. Tối ưu mồi 16S rRNA:
- 3.2.6. Tối ưu nồng độ Mg2+:
- 3.2.7. Tối ưu nồng độ men DNA polymerase:
- 3.2.8. Đánh giá độ nhạy của phản ứng multiplex PCR:
- 3.2.9. Khảo sát độ đặc hiệu của các mồi:
3.3. Tỷ lệ gien mã hóa men ESBL:
3.4. Các kiểu tổ hợp gene mã hóa men ESBL:

CHƯƠNG 4. BÀN LUẬN

4.1. Về mặt kiểu hình sinh men ESBL:
- 4.1.1. Tỷ lệ vi khuẩn đường ruột phân lập được trong giai đoạn nghiên cứu:
- 4.1.2. Tỷ lệ vi khuẩn đường ruột sinh men ESBL:
- 4.1.3. Tỷ lệ vi khuẩn tiết ESBL theo các loại mẫu bệnh phẩm:
4.2. Về mặt kiểu gene ESBL dương tính:

CHƯƠNG 5. KẾT LUẬN