(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu tình hình dịch bệnh và sự lưu hành virus cúm A (H5N1, H5N6, H7N9) trên gà, vịt tại tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2012 2015 và đề xuất giải pháp kiểm soát dịch bệnh

(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu tình hình dịch bệnh và sự lưu hành virus cúm A (H5N1, H5N6, H7N9) trên gà, vịt tại tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2012 2015 và đề xuất giải pháp kiểm soát dịch bệnh(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu tình hình dịch bệnh và sự lưu hành virus cúm A (H5N1, H5N6, H7N9) trên gà, vịt tại tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2012 2015 và đề xuất giải pháp kiểm soát dịch bệnh(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu tình hình dịch bệnh và sự lưu hành virus cúm A (H5N1, H5N6, H7N9) trên gà, vịt tại tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2012 2015 và đề xuất giải pháp kiểm soát dịch bệnh(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu tình hình dịch bệnh và sự lưu hành virus cúm A (H5N1, H5N6, H7N9) trên gà, vịt tại tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2012 2015 và đề xuất giải pháp kiểm soát dịch bệnh(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu tình hình dịch bệnh và sự lưu hành virus cúm A (H5N1, H5N6, H7N9) trên gà, vịt tại tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2012 2015 và đề xuất giải pháp kiểm soát dịch bệnh(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu tình hình dịch bệnh và sự lưu hành virus cúm A (H5N1, H5N6, H7N9) trên gà, vịt tại tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2012 2015 và đề xuất giải pháp kiểm soát dịch bệnh(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu tình hình dịch bệnh và sự lưu hành virus cúm A (H5N1, H5N6, H7N9) trên gà, vịt tại tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2012 2015 và đề xuất giải pháp kiểm soát dịch bệnh(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu tình hình dịch bệnh và sự lưu hành virus cúm A (H5N1, H5N6, H7N9) trên gà, vịt tại tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2012 2015 và đề xuất giải pháp kiểm soát dịch bệnh(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu tình hình dịch bệnh và sự lưu hành virus cúm A (H5N1, H5N6, H7N9) trên gà, vịt tại tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2012 2015 và đề xuất giải pháp kiểm soát dịch bệnh(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu tình hình dịch bệnh và sự lưu hành virus cúm A (H5N1, H5N6, H7N9) trên gà, vịt tại tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2012 2015 và đề xuất giải pháp kiểm soát dịch bệnh(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu tình hình dịch bệnh và sự lưu hành virus cúm A (H5N1, H5N6, H7N9) trên gà, vịt tại tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2012 2015 và đề xuất giải pháp kiểm soát dịch bệnh(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu tình hình dịch bệnh và sự lưu hành virus cúm A (H5N1, H5N6, H7N9) trên gà, vịt tại tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2012 2015 và đề xuất giải pháp kiểm soát dịch bệnh(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu tình hình dịch bệnh và sự lưu hành virus cúm A (H5N1, H5N6, H7N9) trên gà, vịt tại tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2012 2015 và đề xuất giải pháp kiểm soát dịch bệnh(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu tình hình dịch bệnh và sự lưu hành virus cúm A (H5N1, H5N6, H7N9) trên gà, vịt tại tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2012 2015 và đề xuất giải pháp kiểm soát dịch bệnh(Luận văn thạc sĩ) Nghiên cứu tình hình dịch bệnh và sự lưu hành virus cúm A (H5N1, H5N6, H7N9) trên gà, vịt tại tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2012 2015 và đề xuất giải pháp kiểm soát dịch bệnh

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM NGUYỄN THỊ THU HÀ NGHIÊN CỨU TÌNH HÌNH DỊCH BỆNH VÀ SỰ LƯU HÀNH VIRUS CÚM A (H5N1, H5N6, H7N9) TRÊN GÀ, VỊT TẠI TỈNH LẠNG SƠN GIAI ĐOẠN 2012-2015 VÀ ĐỀ XUẤT GIẢI PHÁP KIỂM SOÁT DỊCH BỆNH LUẬN VĂN THẠC SĨ THÚ Y THÁI NGUYÊN - 2016 ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM NGUYỄN THỊ THU HÀ NGHIÊN CỨU TÌNH HÌNH DỊCH BỆNH VÀ SỰ LƯU HÀNH VIRUS CÚM A (H5N1, H5N6, H7N9) TRÊN GÀ, VỊT TẠI TỈNH LẠNG SƠN GIAI ĐOẠN 2012-2015 VÀ ĐỀ XUẤT GIẢI PHÁP KIỂM SOÁT DỊCH BỆNH Chuyên ngành: Thú y Mã số ngành: 60 64 01 01 LUẬN VĂN THẠC SĨ THÚ Y Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS ĐẶNG XUÂN BÌNH THÁI NGUYÊN - 2016 i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đề tài nghiên cứu cá nhân Các số liệu kết nghiên cứu luận văn trung thực chưa công bố công trình khác Tơi xin cam đoan thơng tin trích dẫn luận văn rõ nguồn gốc Thái Nguyên,10 tháng 10 năm 2016 Tác giả Nguyễn Thị Thu Hà ii LỜI CẢM ƠN Để hồn thành luận văn này, ngồi nỗ lực có gắng thân, tơi ln nhận quan tâm giúp đỡ thầy giáo, cô giáo bạn bè đồng nghiệp Nhân dịp này, trước tiên xin trân trọng cảm ơn giúp đỡ quý báu Trường Đại học Nông Lâm Thái Nguyên, Phịng Đào tạo, Khoa Chăn ni - Thú y tổ chức tạo điều kiện cho tham dự khóa học Cao học Thú y K22, đồng thời giúp đỡ tơi suốt q trình học tập hồn thành luận văn Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến thầy giáo hướng dẫn: PGS.TS Đặng Xuân Bình tận tình giúp đỡ, hướng dẫn tơi q trình thực hồn thành luận văn Tơi xin trân trọng cảm ơn Ban lãnh đạo, tập thể cán bộ, nhân viên Chi cục Thú y tỉnh Lạng Sơn, Trạm Thú y huyện, thành phố Lạng Sơn, Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương, Cơ quan Thú y vùng II bạn đồng nghiệp giúp đỡ suốt thời gian qua Tôi xin gửi lời cảm ơn tới người thân gia đình ln giúp đỡ, động viên tơi hồn thành luận văn Thái Nguyên, 10 tháng 10 năm 2016 Tác giả Nguyễn Thị Thu Hà iii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC KÝ HIỆU, CHỮ VIẾT TẮT vi DANH MỤC CÁC BẢNG vii DANH MỤC CÁC HÌNH ix MỞ ĐẦU 1 Tính cấp thiết đề tài Mục tiêu đề tài Ý nghĩa đề tài Chương 1: TỔNG QUAN NGHIÊN CỨU 1.1 Cơ sở khoa học đề tài 1.1.1 Đặc điểm sinh học virus cúm gia cầm 1.1.2 Đặc điểm dịch tễ bệnh cúm gia cầm 10 1.1.3 Triệu chứng lâm sàng, bệnh tích 11 1.1.4 Đáp ứng miễn dịch chống bệnh cúm gia cầm 14 1.1.5 Chẩn đoán bệnh cúm gia cầm 17 1.1.6 Các biện pháp phòng bệnh 18 1.2 Tình hình dịch cúm gia cầm giới 24 1.3 Tình hình dịch cúm gia cầm Việt Nam 27 1.3.1 Dịch cúm A/H5N1 27 1.3.2 Dịch cúm A/H5N6 30 1.3.3 Dịch cúm A/H7N9 31 1.3.4 Bệnh cúm người 31 Chương 2: ĐỐI TƯỢNG, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 36 2.1 Đối tượng, phạm vi, địa điểm, thời gian điều kiện nghiên cứu 36 2.1.1 Đối tượng nghiên cứu 36 2.1.2 Phạm vi nghiên cứu đề tài 36 2.1.3 Địa điểm, thời gian nghiên cứu 36 iv 2.2 Nội dung nghiên cứu 36 2.2.1 Nghiên cứu tình hình dịch cúm cúm A/H5N1, H5N6, H7N9 đàn gia cầm tỉnh Lạng Sơn từ năm 2012 - 2015 36 2.2.2 Giám sát lưu hành virus cúm A/H5N1, H5N6, H7N9 đàn gia cầm tỉnh Lạng Sơn qua năm, từ năm 2012 - 2015 36 2.2.3 Xây dựng đồ dịch tễ bệnh cúm gia cầm Lạng Sơn giai đoạn 2012 6/2016 36 2.2.4 Đề xuất biện pháp phòng chống bệnh cúm gia cầm địa bàn tỉnh Lạng Sơn 36 2.3 Vật liệu nghiên cứu 36 2.3.1 Mẫu bệnh phẩm 36 2.3.2 Tài liệu, số liệu 38 2.3.3 Máy móc - Dụng cụ - Hoá chất - Nguyên liệu 38 2.4 Phương pháp nghiên cứu 38 2.4.2 Phương pháp chẩn đốn phịng thí nghiệm 39 2.5 Phương pháp xử lý số liệu 40 Chương 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 41 3.1 Đặc điểm dịch tễ bệnh cúm gia cầm Lạng Sơn giai đoạn 2012 - 2015 41 3.1.1 Tình hình dịch cúm gia cầm Lạng Sơn giai đoạn 2012- 2015 41 3.1.2 Đặc điểm dịch cúm gia cầm Lạng Sơn theo mùa 43 3.1.3 Đặc điểm bệnh cúm gia cầm Lạng Sơn theo loài 44 3.1.4 Đặc điểm bệnh cúm gia cầm Lạng Sơn theo phương thức chăn nuôi 46 3.1.5 Đặc điểm bệnh cúm gia cầm Lạng Sơn theo quy mô đàn 48 3.2 Tình hình tiêu thụ gia cầm chợ, điểm thu gom gia cầm địa bàn tỉnh Lạng Sơn 49 3.3 Tình hình gia cầm sản phẩm gia cầm không rõ nguồn gốc nhập lậu vào tỉnh Lạng Sơn 50 3.4 Khảo sát lưu hành virus cúm A (H5N1, H5N6, H7N9) gà vịt chợ, điểm thu gom gia cầm Lạng Sơn 51 3.4.1 Xác định lưu hành virus cúm A/H5N1 đàn gà nhập lậu 51 v 3.4.2 Xác định lưu hành virus cúm A/H5N1 gà chợ phiên Lạng Sơn 54 3.4.3 Xác định lưu hành virus cúm type A/H5N1 đàn vịt chợ biên giới tỉnh Lạng Sơn 56 3.4.4 Tình hình nhiễm virus cúm A/H5N1 mẫu swab hầu họng, môi trường vịt chợ biên giới tỉnh Lạng Sơn 57 3.4.5 Tình hình nhiễm virus cúm A/H5N6 gà, vịt chợ biên giới Lạng Sơn năm 2014 - 2015 62 3.4.6 Giám sát lưu hành virus cúm A/H7N9 gà chợ Lạng Sơn 67 3.4.7 Giám sát lưu hành virus cúm A/H7N9 gà chợ Lạng Sơn năm 2015 72 3.5 Xây dựng đồ dịch tễ lưu hành vi rút cúm A/H5N1, H5N6, H7N9 địa bàn tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2012 - 6/2016 75 3.6 Đề xuất biện pháp kiểm soát dịch cúm gia cầm Lạng Sơn 78 3.6.1 Biện pháp quản lý 78 3.6.2 Biện pháp kỹ thuật 78 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 79 Kết luận 79 Đề nghị 80 TÀI LIỆU THAM KHẢO 81 PHỤ LỤC ẢNH MINH HỌA 90 vi DANH MỤC KÝ HIỆU, CHỮ VIẾT TẮT ARN Acid ribonucleic CT Chất thải Ct Cycle threshold cs Cộng ĐTG Điểm thu gom GMT Geometic Mean Titer HA Hemagglutinin HPAI High Pathogenicity Avian Influenza HH Hầu họng KT Kiểm tra NA Neuraminidase NU Nước uống NT Nước thải NN & PTNN Nông nghiệp phát triển nông thôn OIE Office International Epizooties P Phân tươi PBS Phosphate Buffered Saline RT - PCR Reverse Transcription - Polymerase Chain Reaction rtRT - PCR Real time Reverse Transcription - Polymerase Chain Reaction WHO World Health Organization XN Xét nghiệm vii DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 1.1: So sánh tình hình dịch cúm H5N1với kỳ năm 2013 28 Bảng 1.2: So sánh tình hình dịch cúm H5N1 với kỳ năm 2014 29 Bảng 1.3: So sánh tình hình dịch cúm H5N6 với kỳ năm 2014 30 Bảng 3.1.Tình hình dịch cúm gia cầm Lạng Sơn giai đoạn 2012 -2015 41 Bảng 3.2 Tình hình dịch cúm gia cầm Lạng Sơn theo mùa 43 Bảng 3.3 Đặc điểm bệnh cúm gia cầm Lạng Sơn theo loài 45 Bảng 3.4 Đặc điểm bệnh cúm gia cầm Lạng Sơn theo phương thức chăn nuôi 46 Bảng 3.5 Đặc điểm bệnh cúm gia cầm Lạng Sơn theo quy mô đàn 48 Bảng 3.6 Tình hình tiêu thụ gia cầm chợ Lạng Sơn 49 Bảng 3.7 Tình hình gia cầm sản phẩm gia cầm nhập lậu tiêu thụ Lạng Sơn bị thu giữ tiêu hủy 50 Bảng 3.8 Kết qủa khảo sát tỷ lưu hành virus cúm gia cầm type A (H5N1) mẫu swab ổ nhớp gia cầm nhập lậu 52 Bảng 3.9 Tình hình nhiễm virus cúm gia cầm type A (H5N1) mẫu swab ổ nhớp đàn gia cầm chợ phiên 54 Bảng 3.10 Tình hình nhiễm virus cúm gia cầm type A (H5N1) mẫu swab ổ nhớp vịt chợ biên giới Lạng Sơn 56 Bảng 3.11 Tình hình nhiễm virus cúm gia cầm type A(H5N1) mẫu swab hầu họng chợ biên giới Lạng Sơn 58 Bảng 3.12 Tình hình nhiễm virus cúm gia cầm type A(H5N1) mẫu môi trường chợ biên giới Lạng Sơn 59 Bảng 3.13 Tình hình nhiễm virus cúm gia cầm type A(H5N6) mẫu swab hầu họng gia cầm tiêu thụ chợ biên giới Lạng Sơn 63 Bảng 3.14 Tình hình nhiễm virus cúm gia cầm type A (H5N6) môi trường chợ biên giới Lạng Sơn 65 Bảng 3.15 Tình hình nhiễm virus cúm gia cầm type A(H7N9) mẫu hầu họng gia cầm chợ, điểm thu gom gia cầm năm 2014 68 Bảng 3.16 Tình hình nhiễm virus cúm gia cầm type A(H7N9) mẫu môi trường chợ, điểm thu gom gia cầm năm 2014 70 viii Bảng 3.17 Tình hình nhiễm virus cúm type A(H7N9) mẫu hầu họng gia cầm chợ, điểm thu gom gia cầm năm 2015 72 Bảng 3.18 Tình hình nhiễm virus cúm type A(H7N9) mẫu môi trường chợ, điểm thu gom gia cầm năm 2015 74 Bảng 3.19 Kết định vị GPS địa điểm lấy mẫu 76 84 47 De Jong M.D., Bach V.C., Phan T.Q., Vo M.H., Tran T.T., Nguýen B.H., Beld M., Le T.P., Truong H.K., Nguyen V.V., Tran T.H., Do Q.H., Farrar J (2005a), “Fatal avian influenza A (H5N1) in a child presenting with diarrhea followed by coma”, N Engl J Med., 352, pp 686-691 48 De Jong M.D., Hien T.T (2006), “Avian influenza A (H5N1)”, J Clin Virol.,35(1), pp 2-13 49 De Wit E., Fouchier R.A (2008), “Emerging influenza”, J Clin Virol., 41(1), pp 1-6 50 Doherty P.C., Turner S.J., Webby R.G., Thomas P.G (2006), “Influenza and the challenge for immunology”, Nat Immunol., 7(5), pp 449-55 51 Duan L., Bahl J., Smith G J., Wang J., Vijaykrishna D., Zhang L.J., Zhang J.X., Li K.S., Fan X.H., Cheung C.L., Huang K., Poon L.M., Shortridge K F., Webster R.G., Peiris J.S., Chen H., Guan Y (2008), “The development and genetic diversity of H5N1 influenza virus in China, 1996-2006”, Virology, 380, pp 243-254 52 Fang L.Q., De Vlas S.J., Liang S., Looman C.W., Gong P., Xu B., Yan L., Yang H., Richardus J.H., Cao W.C (2008), “Environmental factors contributing to the spread of H5N1 avian influenza in mainland China”, Plo S ONE, 3(5), e 2268 53 FAO (2004), “Guiding Principles For Highly Pathogenic Avian Influenza Surveillance And Diagnostic Networks In Asia, Bangkok”, 21-23 July 2004 54 Gambotto A., Barratt-Boyes S.M., de Jong M.D., Neumann G., Kawaoka Y 2008), “Human infection with highly pathogenic H5N1 influenza virus”, Lancet 371(9622), pp 1464-1475 55 Gao HN, Lu HZ, Cao B, Du B, Shang H, Gan JH, et al “Clinical findings in 111 cases of influenza A (H7N9) virus infection” N Engl J Med 2013;368:227785 [PubMed] 56 Gao R, Cao B, Hu Y, Feng Z, Wang D, Hu W, et al “Human infection with a novel avian-origin influenza A (H7N9) virus” N Engl J Med 2013;368:188897 [PubMed] 57 Gao w., Soloff A.c., Lu X., Montecalvo A., Nguyen D.c., Matsuoka Y., Robbins P.D., Swayne D.E., Donis R.O., Katz J.M., Barratt-Boyes S.M., Gambotto A (2006), “Protection of mice and poultry from lethal H5N1 avian influenza virus through adenovirus-based immunization”, J Virol., 80(4), pp 1959-1964 85 58 Govorkova E.A., Rehg J.E., Krauss S., Yen H.L., Guan Y., Peiris M., Nguyen T.D., Hanh T.H., Puthavathana P., Long H.T., Buranathai C., Lim W., Webster R.G., Hoffinann E (2005), “Lethality to ferrets of H5N1 influenza viruses isolated from humans and poultry in 2004”, J Virol., 79, pp 2191- 2198 59 Hayden F.G (2006), “Antivừal for influenza: historical perspectives and lessons learned”, Antiviral Res., 71, pp 372-378 60 Horimoto T., Kawaoka Y (1995), ”Direct reverse transcriptase PCR to determine virulence potential of influenza A viruses in birds” Journal Clinical Microbiol., 33(3): 748-751 61 Horimoto T., Kawaoka Y (2006), “Strategies for developing vaccines against H5N1 influenza A viruses” Trends Mol Med., 12(11), pp 506-514 62 Hu X., Meng W., Dong Z., Pan W., Sun C., Chen L (2011), “Comparative immunogenicity of recombinant adenovirus-vectored vaccines expressing different forms of hemagglutinin (HA) proteins from the H5 serotype of influenza A viruses in mice”, Virus Res., 155(1), pp 156-162 63 Ilyushina N.A., Bovin N.V., Webster R.G., Govorkova E.A (2006), “Combination chemotherapy, a potential strategy for reducing the emergence of drug-resistant influenza A variants”, Antiviral Res., 70, pp 21-31 64 Ito T., Kawaoka Y (1998), ”Avian influenza” Textbook of influenza Blackwell Sciences Ltd, Oxford, United Kingdom, pag 126-136 65 Kawoaka I (1991), ”Is the gene pool of influenza viruses in shorebirds and gul different from that in wild ducks” Virology, 179; 759-767 66 Kawoaka Y (1988), ”Is the gene pool of influenza viruses in shorebirds and gulls different from that in wild ducks” Virology, 179: 759-767 67 Keawcharoen J., Amonsin A , Oraveerakul K., Wattanodom S., Papravasit T.,Kamda s., Lekakul K., Pattanarangsan R., Noppompanth S., Fouchier R A., Osterhaus A.D., Payungpom s., Theamboonlers A., Poovorawan Y (2005), “Characterization of the hemagglutinin and neuraminidase genes of recent influenza virus isolates from different avian species in Thailand”, Acta Virol., 49(4), pp 277-280 68 Kelly T.R., Hawkins M.G., Sandrock C.E., Boyce W.M (2008), “A review of highly pathogenic avian influenza in birds, with an emphasis on Asian H5N1 and recommendations for prevention and control”, J Avian Med Surg., 22(1), pp 1-16 86 69 Korteweg C., Gu J (2008), “Pathology, Molecular Biology, and Pathogenesis of Avian Influenza A (H5N1) Infection in Humans”, American Journal of Pathology, 172(5), pp 1155-1170 70 Li Q, Zhou L, Zhou M, Chen Z, Li F, Wu H, et al “Preliminary report: epidemiology of the avian influenza A (H7N9) outbreak in China” N Engl J Med 2013 doi: 10.1056/NEJMoa1304617 71 Lu X., Tumpey T.M., Morken T., Zaki S.R., Cox N.J (1999), ”A mouse model for the evaluation of pathogenesis and immunity to influenza A (H5N1) viruses isolated from human” Journal Virology 73, pp 5903-5911 72 Luong G., Pacese P., (1992), “Genetic analysis of influenza A virus” Cur Opinion Gen Develop 2, pp 77-81 73 Maines T.R., Lu X.H., Erb S.M., Edwards L., Guamer J., Greer P.W., Nguyen D.C., Szretter K.J., Chen L.M., Thawatsupha P., Chittaganpitch M., Waicharoen S., Nguyen D ., Nguyen T., Nguyen H ., Kim J H., Hoang L T., Kang C., Phuong L.S., Lim w., Zaki s., Donis R.O., Cox N.J., Katz J.M., Tumpey T.M (2005), “Avian influenza (H5N1) viruses isolated from humans in Asia in 2004 exhibit increased virulence in mammals” Virol., 79, pp 11788-11800 74 Marsh G.A., Tannock G.A (2005), “The role of reverse genetics in the development of vaccines against respiratory viruses”, Expert Opin Biol Ther., 5(3), pp 369-380 75 Mo I.P., Brugh M., Fletcher O., Rowland G., Swayne D (1997), ”Comparative pathology of chickens experimentaly inoculated with avian influenza viruses of low and higt pathogenicity” Avian Diseases, 41: 125-136 76 Monto A.S (2006), “Vaccines and antviral drugs in pandemic pre-paredness” Emerg Infect Dis., 12, pp 55-60 77 Moscona A (2005), “Neuraminidase inhibitors for influenza”, N Engl J Med., 353, pp 1363-1373 78 Murphy B.R., Webster R.G (1996), “Orthomyxoviruses”, In B N Fields, D.M Knipe, and p M Howley (ed.), Fields virology, 3rd ed Lippincott- Raven, Philadelphia, Pa, pp 1397-1445 79 Nayak B., Kumar s., DiNapoli J.M., Paldurai A., Perez D.R., Collins p L., Samal s K (2010), “Contributions of the avian influenza virus HA, NA, and M2 surface proteins to the induction of neutralizing antibodies and protective immunity”, J Virol., 84(5), pp 2408-2420 87 80 Nicholson K.G., Wood J.M., Zambon M (2003), “Influenza”, Lancet., 362(9397), pp 1733-1745 81 Nicolson C., Major D., Wood J.M., Robertson J.S (2005), “Generation of influenza vaccine viruses on Vero cells by reverse genetics: an H5N1 candidate vaccine strain produced under a quality system”, Vaccine, 23(22), pp 2943-2952 82 Patel A., Tran K., Gray M., Li Y., Ao Z., Yao X., Kobasa D., Kobinger G.P.(2009), “Evaluation of conserved and variable influenza antigens for immunization against different isolates of H5N1 viruses”, Vaccine, 27, pp 3083-3089 83 Peyre M., Fusheng G., Desvaux s., Roger F (2008), “Avian influenza vaccines: a practical review in relation to their application in the field with a focus on the Asian experience”, Epidemiol Infect., 14, pp 1-21 84 Prel A., Le Gall-Reculé G., Jestin V (2008), “Achievement of avian influenza virus-like particles that could be used as a subunit vaccine against lowpathogenic avian influenza strains in ducks”, Avian Pathol., 37(5), pp 513- 520 85 Qiao C., Tian G., Jiang Y., Li Y., Shi J., Yu K., Chen H (2006), “Vaccines developed for H5 highly pathogenic avian influenza in China”, Ann N Y Acad Sci., 1081, pp 182-192 86 Romer Oberdorfer A., Veits J., Helferich D., Mettenleiter T C (2008), “Level of protection of chickens against highly pathogenic H5 avian influenza virus with Newcastle disease virus based live attenuated vector vaccine depends on homology of H5 sequence between vaccine and challenge virus”, Vaccine, 26(19), pp 2307-2313 87 Salzberg S L., Kingsford c., Cattoli, G., Spiro D.J., Janies D.A., Aly M M., Brown I.H., Couacy-Hymann E., De Mia G M., Dung H., Guercio A., Joannis T., Maken A.S., Osmani A., Padalino I., Saad M.D., Savic V., Sengamalay N.A., Yingst s., Zaborsky J., Zorman-Rojs o., Ghedin E., Capua I (2007), “Genome Analysis Linking Recent European and African Influenza (H5N1) Viruses”, Emerg Infect Dis., 13, pp 713-718 88 Seo S., Webter R.G., (2001), ”Cross reactive cell mediated immunity and protection of chickens from lethal H5N1 influenza virus infection in the HongKong poultry markets” Journal Virology, 75: 2516-2525 89 Shu M., Lin Z., Zhang Y., Wu Y., Mei H., Jiang Y (2011), “Molecular dynamics simulation of oseltamivir resistance in neuraminidase of avian influenza H5N1 virus”, J Mol Model., 17(3), pp 587-592 88 90 Subbarao K., Luke C (2007), “H5N1 viruses and vaccines”, PloS Pathog.,3(3), e40 91 Suguitan J.A., Marino M P., Desai P.D., Chen L.M, Matsuoka Y., Donis R O., Jin H., Swayne D E., Kemble G., Subbarao K (2009), “The influence of the multi-basic cleavage site of the H5 hemagglutinin on the attenuation, immunogenicity and efficacy of a live attenuated influenza A H5N1 coldadapted vaccine virus”, Virology, 395, pp 280-288 92 Suzuki Y (2005), “Sialobiology of influenza: molecular mechanism of host range variation of influenza viruses”, Biol Pharm Bull., 28(3), pp 399-408 93 Swayne D.E., Suarez D.L (2000), “Highly pathogenic avian influenza”, Rev Sci Tech Off Int Epiz., 20, pp 463-482 94 Tian G., Zhang S., Li Y., Bu Z., Liu P., Zhou J., Li C., Shi J., Yu K., Chen H (2005), “Protective efficacy in chickens, geese and ducks of an H5N1- inactivated vaccine developed by reverse genetics”, Virology, 341(1), pp 153-162 95 Tosh C., Murugkar H.V., Nagarajan S., Tripathi S., Katare M., Jain R., Khandia R., Syed Z., Behera P., Patil S., Kuỉkami D.D., Dubey S.C (2011), “Emergence of amantadine-resistant avian influenza H5N1 virus in India”, Virus Genes, 42(1), pp 10-15 96 Van Kerkhove MD, Mumford E, Mounts AW, Bresee J, Ly S, Bridges CB, et al “Highly pathogenic avian influenza (H5N1): pathways of exposure at the animalhuman interface, a systematic review” PLoS One 2011;6:e14582 doi: 10.1371/journal.pone.0014582 97 Wang J., Vijaykrishna D., Duan L., Bahl J., Zhang J.X., Webster R.G., Peiris J.S., Chen H., Smith G.J., Guan Y (2008), “Identification of the progenitors of Indonesian and Vietnamese avian influenza A (H5N1) viruses from southern China”, J Virol., 82(7), pp 3405-3414 98 Webster R.G (1998), “Influenza: an emerging disease”, Emerg Infect Dis.117.4, pp 436-441 99 Wu C., Cheng X., He J., Lv X., Wang J., Deng R., Long Q., Wang X (2008a), “A multiplex real-time RT-PCR for detection and identification of influenza virus types A and B and subtypes H5 and Nl”, J Virol Methods, 148(1-2), pp 81-88 100 Xu C, Havers F, Wang L, Chen T, Shi J, Wang D, et al “Monitoring avian influenza A(H7N9) virus through national influenza-like illness surveillance, China Emerg Infect Dis 89 101 Zhao Z.M., Shortridge K.F., Garcia M., Guan Y., Wan X.F (2008), “Genotypic diversity of H5N1 highly pathogenic avian influenza viruses”, J Gen Virol, 89(9), pp 2182-2193 102 Zhou J.J., Fu J., Fang D.Y., Yan H.J., Tian J., Zhou J.M., Tao J.P., Liang Y., Jiang L.F (2007), “Molecular characterization of the surface glycoprotein genes of an H5N1 influenza virus isolated from a human in Guangdong, China”, Arch Virol., 152(8), pp 1515-1521 III Trang Web 103 OIE - World organisation for animal health (2005), Avian influenza, Manual of diagnostic test and vaccines for terrestrial animals, (http://www.oie.int/Eng/info ev/en AI avianinfluenza.htm) Accessed 25 May 2005 104 WHO Influenza: avian influenza A(H7N9) virus Geneva: WHO Available from:http://www.who.int/influenza/human_animal_interface/influenza_h7n9/en/i ndex.html (cited 2013 Apr 23) 105 WHO Influenza: Avian influenza A(H7N9) virus, China-WHO joint mission on human infection with avian influenza A(H7N9) virus 106 WHO Influenza: FAQs: H5N1 influenza Geneva: WHO; from:http://www.who.int/influenza/human_animal_interface/avian_ Available influenza/h5n1_research/faqs/en/ (cited 2013 May 14) 107 WHO Influenza: Influenza Update N° 185 [internet] Geneva: WHO Availabl,from:http://www.who.int/influenza/surveillance_monitoring/updates/20 13_05_10_surveillance_update_185.pdf(cited 2013 May 10) 90 PHỤ LỤC ẢNH MINH HỌA Ảnh Chuẩn bị dụng cụ lấy mẫu Ảnh Viết ký hiệu mẫu Ảnh Lấy mẫu nước uống gà Ảnh Lấy mẫu nước uống gà Ảnh Lấy mẫu hầu họng gà Ảnh Lấy mẫu phân tươi gia cầm 91 Ảnh 10 Lấy mẫu chất thải lồng, chuồng nhốt gia cầm Ảnh Lấy mẫu nước thải chợ kinh doanh gia cầm Ảnh 21 Kết quả: Dương tính với cúm A (M5) Ảnh 26 Kết RT-PCR: Dương tính với H5 Ảnh 28 Kết RT-PCR: Dương tính với N6 Ảnh 27 Kết RT-PCR: Dương tính với N1, N6 92 Phụ lục Bản đồ phân bố ổ dịch cúm gia cầm H5N1 Việt Nam BẢN ĐỒ PHÂN BỐ CÁC Ổ DỊCH CÚM GIA CẦM H5N1 TẠI VIỆT NAM NĂM 2013 NĂM 2014 (Nguồn: Cục Thú y - Hội nghị Tổng kết cơng tác phịng, chống dịch bệnh gia súc, gia cầm thủy sản năm 2014) 93 Phụ lục Bản đồ phân bố nhánh virus cúm A/H5N1, H5N6 Việt Nam năm 2014 BẢN ĐỒ PHÂN BỐ CÁC NHÁNH VI RÚT CÚM H5N1 VÀ H5N6 TẠI VIỆT NAM NĂM 2014 (Nguồn: Cục Thú y- Hội nghị Tổng kết cơng tác phịng, chống dịch bệnh gia súc, gia cầm thủy sản năm 2015) 94 Phụ lục Bản đồ thể ổ dịch cúm gia cầm năm 2015 tháng đầu năm 2016 BẢN ĐỒ THỂ HIỆN CÁC Ổ DỊCH CÚM GIA CẦM Dịch cúm gia cầm tháng đầu năm 2015 Dịch cúm gia cầm tháng đầu năm 2016 (Nguồn: Cục Thú y- Hội nghị sơ kết cơng tác phịng, chống dịch bệnh gia súc, gia cầm thủy sản tháng đầu năm 2016) 95 Phụ lục Quy trình Chiết tách RNA Qiagen RNeasy Mini Kit (Sử dụng Vacuum) Chuẩn bị - Chuẩn bị lượng đủ dung dịch RLT (600µl/mẫu) ống ly tâm 50ml Bổ sung tỷ lệ 1/100 với β-Mercaptoethanol (β-ME) vào dung dịch RLT - Chia 600µl vào ống 1,5ml Dung mơi giữ tháng nhiệt độ phịng Ly trích mẫu - Lắc vortex giây, ly tâm nhanh (spin down) - Chuyển 200µl dịch mẫu sang ống 1,5ml chứa 600µl dung mơi RLT (đã có β-ME) - Lắc vortex 15 giây, ly tâm nhanh (spin down) - Thêm 400µl cồn (ETOH) tuyệt đối 100%, lắc vortex giây Spin column - Cho ống ly tâm vào máy hút chân không - Thu dịch vào ống ly tâm Rửa lần Thêm 700µl dung dịch RW1 vào spin column Rửa lần - Thêm 500µl dung dịch RPE vào spin column - Thêm lần 500µl RPE vào spin column - Thay ống thu mẫu - Ly tâm spin column phút 12,000g Thu ARN - Đặt spin column vào ống 1,5ml - Cho 50µl nước RNase-free H2O vào spin column Chờ phút - Ly tâm với tốc độ>8.000g phút (Tùy chọn; Chuyển lượng ARN thu sang ống 1,5ml mới) Lưu giữ ARN - Giữ ARN 40C để xét nghiệm vài Giữ -200C chưa xét nghiệm ngày Phụ lục Quy trình Chiết tách Qiagen RNeasy Mini Kit (bằng máy ly tâm) Chuẩn bị - Chuẩn bị lượng đủ dung dịch RLT (600µl/mẫu) ống ly tâm 50ml Bổ sung tỷ lệ 1/100 với β-Mercaptoethanol (β-ME) vào dung dịch RLT - Chia 600ul vào ống 1,5ml dung mơi giữ tháng nhiệt độ phịng 96 Ly trích mẫu - Lắc vortex giây, ly tâm nhanh (spin down) - Chuyển 200µl dịch mẫu sang ống chứa 600µl dung mơi RLT (đã có β-ME) - Lắc vortex 15 giây, ly tâm nhanh (spin down) - Thêm 400µl cồn (ETOH) tuyệt đối 100%, lắc vortex giây Spin column - Chuyển 600µl dịch mẫu sang spin column đặt ống thu - Ly tâm 8.000g 15 giây - Đổ bỏ dung dịch ống thu - Lặp lại từ bước 8-10 Rửa lần - Thêm 700µl dung mơi RW1 vào spin column đặt ống thu - Ly tâm 8.000g 15 giây - Thay ống thu Rửa lần - Thêm 500µl dung dịch RPE vào spin column - Ly tâm 8.000g 15 giây - Thay ống thu - Thêm 500µl dung dịch RPE vào spin column - Ly tâm phút 12.000g Thu ARN - Đặt spin column vào ống 1,5ml - Cho 50µl nước RNase-free H2O vào spin column Chờ phút - Ly tâm với tốc độ >8.000g phút (Tùy chọn; Chuyển lượng ARN thu sang ống 1,5ml mới) Bảo quản ARN Giữ ARN 40C để xét nghiệm vài Giữ -200C chưa xét nghiệm ngày 97 Phụ lục Quy trình Chiết tách ARN TACO DNA/RNA Extraction Kit Vật liệu: Bộ kit chiết tách TACO DNA/RNA extraction kit (GeneReach Cat No atcd/rna, 320 tests) Cồn Ethanol 96%-100% Chuẩn bị Pha dung dịch đệm rửa (washing buffer A) với 135ml cồn ethanol 96% Pha dung dịch đệm rửa (washing buffer B) với 230ml cồn ethanol 96% Tiến hành theo sơ đồ Ly trích mẫu Cho 250ul dung dịch Lysis buffer vào ống Eppen Cho100ul/mẫu Lắc Vortex 15 giây (Ly tâm 12000rpm 1phút) Cho 350ul mẫu ly trích vào giếng từ cột Đưa mẫu vào máy TACO Đặt đĩa vào máy TACO Đặt lược vào máy TACO Bật máy, đợi 50 phút Thu 90ul DNA/RNA từ giếng cột 12 sang ống 98 Phụ lục Xét nghiệm Real-time PCR cho virus cúm A (M/H5, H7/N1, N6) Nguyên liệu: RT-PCR kit: Invitrogen superscript III qRT-PCR kit (100rxn, Cat No.11732-020) Primers and probes (PPP): Được cung cấp sẵn cho chương trình •M • H5, H7 • N1, N6 Các bước: Chuẩn bị master mix Lượng phản ứng 15 µl Nước 4,3 µl 2x reaction buffer 7,5 µl PPP 0,9 µl Enzyme mix 0,3 µl - Cho 13 µl master mix vào ống PCR - Cho µl mẫu RNA vào ống PCR - Đặt ống vào máy Realtime PCR - Chạy chương trình [500C 15 phút, 950C phút] + 40 chu kỳ [950C 10 giây, 600C 40 giây] Đọc huỳnh quang bước annealing-extension (= 600C 40 giây) Đọc kết Kết công nhân khi: Đối chứng dương tính có Ct biết Đối chứng âm tính khơng có Ct Mẫu dương tính; có giá trị Ct =< 35 Mẫu nghi ngờ dương có Ct value >35 Mẫu âm tính khơng có giá trị Ct ... NGUYỄN THỊ THU HÀ NGHIÊN CỨU TÌNH HÌNH DỊCH BỆNH VÀ SỰ LƯU HÀNH VIRUS CÚM A (H5N1, H5N6, H7N9) TRÊN GÀ, VỊT TẠI TỈNH LẠNG SƠN GIAI ĐOẠN 2012- 2015 VÀ ĐỀ XUẤT GIẢI PHÁP KIỂM SOÁT DỊCH BỆNH Chuyên ngành:... tình hình dịch bệnh lưu hành virus cúm A (H5N1, H5N6, H7N9) gà, vịt tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2012 - 2015 đề xuất giải pháp kiểm soát dịch bệnh? ?? Mục tiêu đề tài - Nghiên cứu đặc điểm dịch tễ, tình. .. nghiên cứu 2.2.1 Nghiên cứu tình hình dịch cúm cúm A/ H5N1, H5N6, H7N9 đàn gia cầm tỉnh Lạng Sơn từ năm 2012 - 2015 2.2.2 Giám sát lưu hành virus cúm A/ H5N1, H5N6, H7N9 đàn gia cầm tỉnh Lạng Sơn