Xây dựng và đánh giá qui trình phát hiện Acinetobacter baumannii bằng real-time PCR

Nhiễm khuẩn bệnh viện đang là vấn đề rất được quan tâm vì hầu hết các tác nhân là những vi khuẩn đa kháng thuốc. Một trong những vi khuẩn hàng đầu gây nhiễm khuẩn bệnh viện hiện nay là Acinetobacter baumannii. Vi khuẩn này thường có biểu hiện kiểu hình đa kháng sinh và liên quan đến các trường hợp nhiễm khuẩn đặc biệt nghiêm trọng ở bệnh viện.

Nghiên cứu Y học Y Học TP Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 19 * Số * 2015 XÂY DỰNG VÀ ĐÁNH GIÁ QUI TRÌNH PHÁT HIỆN ACINETOBACTER BAUMANNII BẰNG REAL-TIME PCR Nguyễn Tuấn Anh*, Đào Minh Ý **, Huỳnh Thị Thúy Hạnh**, Hồ Huỳnh Thùy Dương*,*** TÓM TẮT Đặt vấn đề: Nhiễm khuẩn bệnh viện vấn đề quan tâm hầu hết tác nhân vi khuẩn đa kháng thuốc Một vi khuẩn hàng đầu gây nhiễm khuẩn bệnh viện Acinetobacter baumannii Vi khuẩn thường có biểu kiểu hình đa kháng sinh liên quan đến trường hợp nhiễm khuẩn đặc biệt nghiêm trọng bệnh viện Mục tiêu nghiên cứu: Xây dựng qui trình real-time PCR phát A baumannii Phương pháp nghiên cứu: Qui trình real-time PCR tối ưu cho phản ứng nhân gene blaOXA-51 đặc trưng cho A baumannii gene 16S rRNA đặc trưng cho Acinetobacter spp xây dựng Kết phát A baumannii real-time PCR so sánh với kết định danh A baumannii hệ thống định danh vi sinh tự động Phoenix (BD) Kết quả: Kết cho thấy qui trình phát xác A baumannii dựa vào gene blaOXA-51 với độ nhạy 11 sao/phản ứng độ đặc hiệu cao Tỉ lệ phát A baumannii đạt 90,8%; phương pháp vi sinh tự động 70,8% mẫu khảo sát Kết luận: Qui trình real-time PCR phát A baumannii xây dựng thành cơng Qui trình sử dụng để phát nhanh chủng A baumannii dựa gene blaOXA-51 mơi trường bệnh viện Từ khóa: A baumannii, carbapenemase, blaOXA-51, meronem, real-time PCR ABSTRACT DEVELOPMENT AND EVALUATION OF A REAL-TIME PCR ASSAY FOR THE DETECTION OF ACINETOBACTER BAUMANNII Nguyen Tuan Anh, Đao Minh Y, Huynh Thi Thuy Hanh, Ho Huynh Thuy Duong * Y Hoc TP Ho Chi Minh * Supplement of Vol 19 - No - 2015: 194 - 199 Backgrounds: Nosocomial infections are currently serious problems for community health since they are mostly multidrug resistant bacteria One of the leading agents causing nosocomial infections is Acinetobacter baumannii Early and Accurate detection of these bacteria are of great important due to their frequent multidrug resistibility Objectives: The study aimed to develop a real-time PCR protocol to detect A baumannii Methods: The real-time PCR was optimized to amplify blaOXA-51 and 16S rRNA genes specific to A baumanii and Acinetobacter spp correspondingly The identification of A baumannii by real-time PCR was compared to those obtained with Phoenix bacterial identification system Results: The result showed that the real-time PCR protocol correctly detect A baumaniii based on blaOXA51 gene with the sensitivity of 11 copies/reaction Detection rate for A baumannii was 90.8% and 70.8% by realtime PCR and automatic bacterial detection system respectively ** * Công ty TNHH Công nghệ Sinh học Khoa Thương Khoa Vi sinh, Bệnh viện Đa khoa Đồng Nai Bộ môn Di truyền, Đại học Khoa học Tự nhiên TP Hồ Chí Minh Tác giả liên lạc: ThS Nguyễn Tuấn Anh ĐT: 0917 010198 Email: ntanhbio@gmail.com *** 194 Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học Y Học TP Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 19 * Số * 2015 Nghiên cứu Y học Conclusions: The real-time PCR protocol could be used for rapid identification of A baumannii in hospital environment Keywords: A baumannii, carbapenemase, blaOXA-51, meronem, real-time PCR 48 giờ, hệ thống real-time PCR ĐẶT VẤN ĐỀ 4-6 giờ(4,7) Phương pháp real-time PCR Acinetobacter baumannii (A baumannii) vi ứng dụng để phát nhiều vi sinh khuẩn Gram (-) thuộc họ Moraxellaceae, bao vật gây bệnh nói chung A baumannii nói gồm Acinetobacter baumannii, Acinetobacter pittii, riêng, đặc biệt chủng kháng thuốc, từ Acinetobacter calcoaceticus, Acinetobacter lwoffii, nhiều nguồn khác nhau(2,4,6,7) Hệ thống real-time Acinetobacter parvus, Acinetobacter nosocomialis … PCR nghiên cứu sử dụng mẫu dò TaqCác lồi có khả gây bệnh cho Man để nhân phát vùng gene người, A baumannii chiếm 80% blaOXA-51 A baumannii Gene blaOXA-51 trường hợp nhiễm khuẩn phát A chọn diện tất chủng A baumannii thường cư trú đất nước(3), baumannii, đặc biệt chủng có khả tìm thấy ngày nhiều kháng carbapenem Trình tự mồi mẫu dò trường hợp nhiễm khuẩn bệnh viện, nơi thiết kế tương ứng với vùng trình tự bảo mà tình hình kháng kháng sinh ngày tăng, tồn gene blaOXA-51 gen giống blaOXAvà chủng A baumannii phân lập từ 51 (blaOXA-51 like) chủng A baumannii Hệ cho thấy đa số chủng kháng đa thuốc(3,7) Vì thống kết hợp thêm mồi mẫu dò thế, A baumannii đối tượng quan tâm thiết kế vùng gene 16S rRNA để phát bệnh viện đơn vị chăm sóc sức khỏe chủng vi khuẩn Acinetobacter spp khác cộng đồng Việt Nam giới(9,10) Vì thế, kết hệ thống real-time PCR Với khả sống sót nhiều mơi khả phát A baumannii nói riêng trường khác nhau, đặc biệt mơi trường bề mặt chủng Acinetobacter spp nói chung khơ tĩnh, vi khuẩn tồn lâu dài Mục tiêu nghiên cứu thiết bị bệnh viện, nhiễm Xây dựng đánh giá qui trình real-time khuẩn bệnh viện xảy bệnh nhân PCR phát nhanh A baumannii nhằm tiến tới tiếp xúc với thiết bị này(3,7) Đặc biệt với hồn thiện cơng cụ chẩn đoán phân tử, giúp thiết bị xâm lấn, vi khuẩn dễ dàng xâm kiểm soát nhiễm vi khuẩn bệnh nhân nhập vào máu Ngoài ra, vi khuẩn mơi trường bệnh viện tìm thấy da người khỏe mạnh(3), PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU nhân viên chăm sóc sức khỏe Vì thế, vi khuẩn lan truyền thơng qua tiếp xúc Vật liệu nghiên cứu người với người, không với bề mặt hay Vi khuẩn A baumannii (ATCC 19606) môi trường bị nhiễm Cá nhân có hệ miễn dịch mẫu vi khuẩn A baumannii phân lập từ suy yếu đặc biệt nhạy cảm với vi khuẩn này(7) bệnh phẩm bệnh nhân điều trị bệnh viện Nhiễm khuẩn A baumannii gây thường Đồng Nai thời gian từ tháng 01/2013 đến nhiễm khuẩn hô hấp nhiễm khuẩn tháng 1/2014 đường niệu, triệu chứng lâm Thiết kế mẫu dò sàng nguy hiểm khác bao gồm viêm phổi, nhiễm trùng máu viêm Các cặp mồi đặc hiệu cho gene blaOXA-51 (1,2,5,7) màng não A baumannii gene 16S rRNA Acinetobacter Thời gian phát A baumannii phương pháp nuôi cấy truyền thống từ 24- Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học spp công bố trước đây(10) Chúng thiết kế thêm cho vùng gene nhân 195 Nghiên cứu Y học Y Học TP Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 19 * Số * 2015 mẫu dò đặc hiệu tương ứng (Bảng 1) phần mềm sinh học phân tử chuyên dụng PrimerQuest, Oligo Analyzer, Annhyb, Blast (NCBI) Mẫu dò gene blaOXA-51 đánh dấu màu FAM Mẫu dò gene 16S rRNA đánh dấu màu HEX Mồi mẫu dò đặt tổng hợp cơng ty IDT (Integrated DNA Technologies, USA) Bảng Trình tự mẫu dò thiết kế Mẫu dò OXA51-P 16S rRNA-P Trình tự mẫu dò (5’ 3’) 5’-FAM-CGACTTGGGTACCGATATCTGCATTGC-BHQ1-3’ 5’-HEX-ACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACG-BHQ1-3’ Phương pháp tách chiết DNA A baumannii Khuẩn lạc đơn, đặc trưng A baumannii thu nhận tăng sinh môi trường LB điều kiện 370C 16-24 Sau kết thúc tăng sinh, DNA gene A baumannii tách chiết theo nguyên tắc hấp phụ đặc hiệu lên pha rắn (màng silica) kit tách chiết “DNA column-based extraction kit” (Khoa Thương) Tất thao tác thực theo hướng dẫn kit nhà sản xuất Kích thước (bp) 27 25 o Tmmẫu dò ( C) 61.3 61.5 real-time PCR tối ưu hiệu suất phản ứng (E) từ 90% - 105% hệ số tương quan (R2) > 0,980 Tính đặc hiệu qui trình đánh giá qua khả phát DNA A baumannii mà không phát nhầm lẫn vật liệu di truyền vi khuẩn khác Độ nhạy hay giới hạn phát qui trình số A baumannii tối thiểu mà hệ thống cho tín hiệu kết dương tính Phương pháp thống kê mơ tả sử dụng để đánh giá / so sánh quy trình áp dụng thử nghiệm KẾT QUẢ Thành phần điều kiện phản ứng realtime PCR Tối ưu phản ứng real-time PCR có cặp mồi/mẫu dò Thành phần hỗn hợp phản ứng real-time PCR có thành phần gồm 1X AptaTaq Fast DNA polymerase (Roche), 200 nM cho cặp mồi xuôi ngược (IDT), 100 nM cho loại mẫu dò (IDT), 5μl DNA tổng thể tích 25μl Chương trình nhiệt cho phản ứng real-time PCR: 40 chu kỳ gồm 15 giây - 95oC 15 giây - 60oC Tín hiệu thu nhận với hai màu huỳnh quang đặc trưng FAM (510-530 nm) HEX (560-580 nm) Qui trình thực dòng máy luân nhiệt Stratagene Mx3000P Mx3005P (Agilent), CFX96 (BioRad), Rotogene (Qiagen), LightCyler (Roche) Hiệu nhân phản ứng real-time PCR có cặp mồi/mẫu dò Hiệu nhân cặp mồi/mẫu dò kiểm tra mẫu DNA (1,42x105 sao/μl) tách chiết từ vi khuẩn A baumannii (ATCC 19606), pha loãng bậc 10 đến nồng độ 1,42x101 sao/μl 5μl DNA dùng cho phản ứng với thành phần điều kiện phản ứng Mỗi nồng độ chạy lặp lại lần Phương pháp tối ưu qui trình real-time PCR Qui trình real-time PCR phát A baumannii xây dựng qua bước chính: (1) tối ưu hóa phản ứng có cặp mồi/mẫu dò, (2) tối ưu hóa phản ứng có hai cặp mồi/mẫu dò, (3) đánh giá độ nhạy tính đặc hiệu (4) thử nghiệm qui trình Tiêu chí đánh giá phản ứng 196 Bảng Giá trị Ct hiệu phản ứng real-time PCR có cặp mồi/mẫu dò Mẫu (bản sao/μl) 1,42x10 1,42x10 1,42x10 1,42x10 1,42x10 E R bla OXA-51 17,9±0,2 21,4±1,3 24,3±0,5 27,3±0,8 32,3±0,9 94,4 0,981 16S rRNA 19,9±0,5 23,6±0,3 27,5±0,3 30,9±2,2 36,0±0,5 79,7 0,981 Kết (Bảng 2) cho thấy phản ứng realtime PCR phát blaOXA-51 đạt điều kiện Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học Y Học TP Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 19 * Số * 2015 tối ưu (E = 94,4% R2 = 0,981) Tuy nhiên, phản ứng real-time PCR phát 16S rRNA chưa tối ưu (E = 79,9%) Chúng tơi khơng khảo sát tính đặc hiệu nhiệt độ lai (Ta) tối ưu cặp mồi chứng minh cơng trình trước(8) Tối ưu phản ứng real-time PCR phát 16S rRNA Phản ứng real-time PCR phát 16S rRNA tối ưu với ba nồng độ AptaTaq (Roche) 1X, 1,5X 2X Bảng Giá trị Ct phản ứng real-time PCR phát 16S rRNA Mẫu (bản sao/μl) 1,42x10 1,42x10 1,42x10 E R 1X 24,5±0,9 30,1±0,6 34,8±0,3 56,6 0,997 1,5X 19,8±1,0 23,2±1,1 26,6±1,2 95,3 1,000 2X 22,6±0,3 26,5±0,9 30,8±0,8 76,0 0,998 Kết (Bảng 3) cho thấy thành phần phản ứng với AptaTaq 1,5X điều kiện tốt nhất, hiệu suất phản ứng (95,3%) hệ số tương quan (1,000) đạt chuẩn Tối ưu phản ứng real-time PCR có hai cặp mồi/mẫu dò Hiệu phản ứng real-time PCR phát đồng thời blaOXA-51 16S rRNA Sự kết hợp hai cặp mồi/mẫu dò phát blaOXA-51 16S rRNA phản ứng cho phép phát A baumannii loài vi khuẩn Acinetobacter spp khác Nghiên cứu Y học Bảng Giá trị Ct hiệu phản ứng real-time PCR có hai cặp mồi/mẫu dò Real-Time PCR Mẫu (bản sao/μl) 1,42x10 1,42x10 1,42x10 E R real-time PCR OXA-51 16S rRNA 22,3±0,4 22,4±0,1 25,8±0,3 25,8±0,2 29,5±0,3 29,5±0,2 90,1 92,0 0,992 0,996 Kết (Bảng 4) cho thấy thành phần phản ứng real-time PCR đạt điều kiện chuẩn với hiệu suất phản ứng hệ số tương quan blaOXA-51 16S rRNA 90,1/0,992 92,0/0,996 Tuy nhiên, so sánh giá trị Ct trung bình phản ứng real-time PCR cặp mồi/mẫu dò hai cặp mồi/mẫu dò nồng độ mẫu chuẩn tương ứng thấy giá trị Ct phản ứng hai cặp mồi/mẫu dò cao phản ứng cặp mồi/mẫu dò Điều có nghĩa hiệu nhân phản ứng có hai cặp mồi/mẫu dò thấp phản ứng có cặp mồi/mẫu dò Để tăng hiệu nhân phản ứng real-time PCR có hai cặp mồi/mẫu dò, chúng tơi phải tiếp tục tối ưu hóa phản ứng Tối ưu hóa phản ứng real-time PCR phát đồng thời blaOXA-51 16S rRNA Để tăng tăng hiệu nhân đảm bảo thông số phản ứng real-time PCR có hai cặp mồi/mẫu dò đạt chuẩn, thành phần hỗn hợp enzyme AptaTaq khảo sát với ba nồng độ 1,5X, 2X 2,5X Bảng Giá trị Ct tối ưu hóa nồng độ enzyme AptaTaq Real-Time PCR Mẫu (bản sao/μl) 1,42x10 1,42x10 1,42x10 E R 1,5X OXA-51 16S rRNA 21,9±0,2 21,4±0,7 25,2±0,0 24,8±0,5 28,5±0,1 28,1±0,8 100,1 100,1 0,998 0,957 Kết (Bảng 6) cho thấy nồng độ AptaTaq 2X, giá trị thông số real-time PCR đạt chuẩn phản ứng có hai cặp mồi/mẫu dò Hơn nữa, giá trị Ct mẫu thử nghiệm thức thấp so với hai nghiệm Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học 2X OXA-51 20,1±0,3 23,4±0,3 26,6±0,4 103,5 0,991 16S rRNA 19,3±0,3 22,6±0,3 25,9±0,1 101,7 0,995 OXA-51 20,8±0,1 23,9±0,1 25,8±1,4 148,4 0,890 2,5X 16S rRNA 21,1±0,8 24,8±0,2 26,3±1,3 139,1 0,860 thức lại, tương đương với giá trị Ct phản ứng real-time PCR có cặp mồi/mẫu dò Điều chứng tỏ phản ứng real-time PCR có hai cặp mồi/mẫu dò tối ưu đạt hiệu nhân mong muốn 197 Nghiên cứu Y học Y Học TP Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 19 * Số * 2015 Độ nhạy đặc hiệu Độ đặc hiệu phản ứng real-time PCR có hai cặp mồi/mẫu dò Độ đặc hiệu phản ứng real-time PCR có hai cặp mồi/mẫu dò xác định cách thực phản ứng mẫu DNA có nguồn gốc từ chủng A baumannii (ATCC 19606), đồng thời với DNA từ 12 chủng vi khuẩn khác bao gồm E coli O157, Salmonella typhimurium, Salmonella para typhimurium, Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes, Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Campylobacter coli, Campylobacter jejuni, Clostridium botulinum, Shigella boydii Shigella flexneri Hình 1: Đường chạy mẫu DNA A.baumannii vi khuẩn khác Kết (Hình 1) cho thấy có DNA A baumannii cho tín hiệu dương tính, với tín hiệu (màu vàng) blaOXA-51 tín hiệu (màu xanh) 16S rRNA Các mẫu DNA vi khuẩn khác khơng cho tín hiệu dương tính với hai gene đích qui trình Điều chứng tỏ qui trình xây dựng đặc hiệu với A baumannii Độ nhạy phản ứng real-time PCR có hai cặp mồi/mẫu dò đánh giá mẫu DNA vi khuẩn A baumannii (ATCC 19606) có nồng độ 2,2x107 sao/μl, pha loãng bậc 10 thành nồng độ nhỏ Thành phần real-time PCR tối ưu bao gồm hỗn hợp enzyme AptaTaq 2X (Roche), 200 nM IC-F/R (IDT), 100 nM IC-P (IDT), 200 nM O51-F/R (IDT), 100 nM O51-P (IDT) 5.0 μl DNA tổng thể tích 25 μl Chu trình nhiệt cho phản ứng PCR: 40 chu kỳ 10 giây – 95oC, 15 giây - 60oC Bảng Giá trị Ct độ nhạy phản ứng real-time PCR có hai cặp mồi/mẫu dò A baumannii (bản sao/phản ứng) 1,1x10 1,1x10 1,1x10 1,1x10 1,1x10 1,1x10 1,1x10 1,1x10 bla OXA-51 16,6±0,3 19,8±0,8 23,9±0,3 27,8±0,1 30,3±0,8 32,8±1,0 36,5±0,9 N/A 16S rRNA 16,7±0,9 20,4±0,9 25,1±0,5 29,3±0,2 32,1±0,9 33,7±0,6 37,2±1,0 N/A Kết (Bảng 7) cho thấy độ nhạy ổn định đạt quy trình real-time PCR có hai cặp mồi/mẫu dò 1,1x101 sao/phản ứng Thử nghiệm qui trình Qui trình real-time PCR có hai cặp mồi/mẫu dò áp dụng 65 mẫu vi khuẩn thu thập từ bệnh viện Đồng Nai (2013 - 2014), so sánh với kết định danh vi khuẩn hệ thống định danh tự động Phoenix (BD) thực bệnh viện Độ nhạy phản ứng real-time PCR có hai cặp mồi/mẫu dò Bảng Kết phát A baumannii / Acinetobacter spp Real-time PCR Kết tương quan Vi sinh tự động A baumannii A baumannii/A baumannii complex Acinetobacter spp Vi khuẩn khác Tổng Kết phát Acinetobacter spp phương pháp vi sinh tự động với real-time PCR 198 16S rRNA (+) 31 15 18 65 bla (-) 1 OXA-51 (+) 27 15 17 59 Tổng 31 15 18 65 cho thấy số 65 chủng vi khuẩn khảo sát, phương pháp vi sinh tự động phát tổng Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học Y Học TP Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 19 * Số * 2015 cộng 98,5% (64/65) chủng Acinetobacter spp., bao gồm A baumannii A baumannii complex Phương pháp real-time PCR phát 100% (65/65) chủng Acinetobacter spp Như vậy, tỉ lệ tương đồng hai phương pháp việc phát Acinetobacter spp 98,5% (64/65) trường hợp khảo sát Để phát A baumannii / A baumannii complex, phương pháp vi sinh tự động phát 70,8% (46/65) chủng, lại 27,7% (19/65) chủng Acinetobacter spp vi khuẩn khác; phương pháp real-time PCR phát 90,8% (59/65) chủng, lại 9,2% (6/65) chủng Acinetobacter spp khác Có nhiều chủng (17/65) có kết định danh theo phương pháp vi sinh Acinetobacter spp lại cho kết real-time PCR xác định A baumannii Điều phần lớn đặc trưng riêng phương pháp Nhiều trường hợp phương pháp vi sinh khơng thể định danh đến A baumannii khả thực tế vi khuẩn tồn dạng phức hệ vi khuẩn Acinetobacter spp bao gồm nhiều chủng vi khuẩn khác lồi, nên khó khăn việc định danh phương pháp sinh hóa thơng thường Điều nói lên đặc điểm khác biệt real-time PCR, phát xác đoạn gene thị đối tượng cần phát mà không cho thấy diện chủng vi khuẩn phức hệ, qui trình real-time PCR có nhiều hai cặp mồi/mẫu dò khác xây dựng áp dụng trường hợp Nghiên cứu Y học nhanh chủng vi khuẩn môi trường bệnh viện TÀI LIỆU THAM KHẢO 10 Azizi et al (2015) Molecular Detection of Class-D OXA Carbapenemase Genes in Biofilm and Non-Biofilm Forming Clinical Isolates of Acinetobacter baumannii Jundishapur J Microbiol 8(1), p e21042 De Gregorio et al (2015) Development of a real-time PCR assay for the rapid detection of Acinetobacter baumannii from whole blood samples New Microbiol 38(2), p 251-7 Ecker et al (2006) Identification of Acinetobacter species and genotyping of Acinetobacter baumannii by multilocus PCR and mass spectrometry J Clin Microbiol 44(8), p 2921-32 Huang et al (2012) Development and validation of a multiplex TaqMan real-time PCR for rapid detection of genes encoding four types of class D carbapenemase in Acinetobacter baumannii J Med Microbiol 61(Pt 11), p 1532-7 Luo et al (2015) Association of blaOXA-23 and bap with the persistence of Acinetobacter baumannii within a major healthcare system Front Microbiol 6, p 182 Martin-Pena et al (2013) Rapid detection of antibiotic resistance in Acinetobacter baumannii using quantitative realtime PCR J Antimicrob Chemother 68(7), p 1572-5 McConnell et al (2012) Quantitative real-time PCR for detection of Acinetobacter baumannii colonization in the hospital environment J Clin Microbiol 50(4), p 1412-4 Nguyễn Tuấn Anh, Huỳnh Minh Tuấn, Nguyễn Văn Vĩnh Châu, Hồ Huỳnh Thùy Dương (2014) Xây dựng qui trình EvaGreen real-time PCR phát gen blaOXA Acinetobacter baumannii Tạp chí Y học Thành Phố 18(5), p 197-201 Trip et al (2015) Simultaneous Identification of Multiple betaLactamases in Acinetobacter baumannii in Relation to Carbapenem and Ceftazidime Resistance, Using Liquid Chromatography-Tandem Mass Spectrometry J Clin Microbiol 53(6), p 1927-30 Zowawi et al (2015) Molecular epidemiology of carbapenemresistant Acinetobacter baumannii isolates in the Gulf Cooperation Council States: dominance of OXA-23-type producers J Clin Microbiol 53(3), p 896-903 Ngày nhận báo: 28/8/2015 KẾT LUẬN Ngày phản biện nhận xét báo: 16/9/2015 Tóm lại, qui trình real-time PCR vừa xây dựng cho phép phát chủng A baumannii đặc hiệu nhạy, ứng dụng để phát Ngày báo đăng: Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y Học 20/10/2015 199 ... ưu qui trình real-time PCR Qui trình real-time PCR phát A baumannii xây dựng qua bước chính: (1) tối ưu hóa phản ứng có cặp mồi/mẫu dò, (2) tối ưu hóa phản ứng có hai cặp mồi/mẫu dò, (3) đánh giá. .. tính với hai gene đích qui trình Điều chứng tỏ qui trình xây dựng đặc hiệu với A baumannii Độ nhạy phản ứng real-time PCR có hai cặp mồi/mẫu dò đánh giá mẫu DNA vi khuẩn A baumannii (ATCC 19606)... cơng trình trước(8) Tối ưu phản ứng real-time PCR phát 16S rRNA Phản ứng real-time PCR phát 16S rRNA tối ưu với ba nồng độ AptaTaq (Roche) 1X, 1,5X 2X Bảng Giá trị Ct phản ứng real-time PCR phát