Khảo sát và xây dựng cơ sở dữ liệu tần suất các Alen ở 15 Locus gen hệ Indentifiler từ quần thể người dân tộc Khmer ứng dụng trong giám định ADN (Luận văn thạc sĩ)

Khảo sát và xây dựng cơ sở dữ liệu tần suất các Alen ở 15 Locus gen hệ Indentifiler từ quần thể người dân tộc Khmer ứng dụng trong giám định ADN (Luận văn thạc sĩ)Khảo sát và xây dựng cơ sở dữ liệu tần suất các Alen ở 15 Locus gen hệ Indentifiler từ quần thể người dân tộc Khmer ứng dụng trong giám định ADN (Luận văn thạc sĩ)Khảo sát và xây dựng cơ sở dữ liệu tần suất các Alen ở 15 Locus gen hệ Indentifiler từ quần thể người dân tộc Khmer ứng dụng trong giám định ADN (Luận văn thạc sĩ)Khảo sát và xây dựng cơ sở dữ liệu tần suất các Alen ở 15 Locus gen hệ Indentifiler từ quần thể người dân tộc Khmer ứng dụng trong giám định ADN (Luận văn thạc sĩ)Khảo sát và xây dựng cơ sở dữ liệu tần suất các Alen ở 15 Locus gen hệ Indentifiler từ quần thể người dân tộc Khmer ứng dụng trong giám định ADN (Luận văn thạc sĩ)Khảo sát và xây dựng cơ sở dữ liệu tần suất các Alen ở 15 Locus gen hệ Indentifiler từ quần thể người dân tộc Khmer ứng dụng trong giám định ADN (Luận văn thạc sĩ)Khảo sát và xây dựng cơ sở dữ liệu tần suất các Alen ở 15 Locus gen hệ Indentifiler từ quần thể người dân tộc Khmer ứng dụng trong giám định ADN (Luận văn thạc sĩ)Khảo sát và xây dựng cơ sở dữ liệu tần suất các Alen ở 15 Locus gen hệ Indentifiler từ quần thể người dân tộc Khmer ứng dụng trong giám định ADN (Luận văn thạc sĩ)

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT LÊ THANH CỪ KHẢO SÁT VÀ XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU TẦN SUẤT CÁC ALEN Ở 15 LOCUS GEN HỆ IDENTIFILER TỪ QUẦN THỂ NGƢỜI DÂN TỘC KHMER ỨNG DỤNG TRONG GIÁM ĐỊNH ADN LUẬN VĂN THẠC SỸ SINH HỌC HÀ NỘI - NĂM 2014 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/ BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT LUẬN VĂN THẠC SỸ SINH HỌC Đề tài : KHẢO SÁT VÀ XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU TẦN SUẤT CÁC ALEN Ở 15 LOCUS GEN HỆ IDENTIFILER TỪ QUẦN THỂ NGƢỜI DÂN TỘC KHMER ỨNG DỤNG TRONG GIÁM ĐỊNH ADN Học viên: Lê Thanh Cừ Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 60 42 01 14 Ngƣời hƣớng dẫn: PGS TS Nguyễn Văn Hà NĂM 2014 Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/ LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành đƣợc luận văn cao học xin đƣợc bày tỏ lời cảm ơn đến: - PGS.TS Nguyễn Văn Hà - Phó giám đốc trung tâm giám định Sinh học pháp lý, Viện Khoa học hình sự, bảo cho nhiều kinh nghiệm thời gian thực luận văn nhƣ q trình cơng tác - Tập thể Lãnh đạo Viện Khoa học hình sự, Lãnh đạo cán Trung tâm giám định Sinh học Pháp lý - Viện Khoa học hình tạo điều kiện thuận lợi cho tơi q trình học làm nghiên cứu đề tài - Tôi xin đƣợc gửi lời cảm ơn đến tất thầy, cô giảng dạy Viện Sinh thái Tài nguyên Sinh vật Việt Nam - Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam ngƣời truyền đạt cho kiến thức q giá lĩnh vực Cơng nghệ Sinh học làm sở cho thực tốt luận văn Sau xin gửi lời biết ơn sâu sắc đến gia đình ln tạo điều kiện tốt cho tơi suốt q trình học nhƣ thực luận văn Hà Nội, tháng 12 năm 2014 Lê Thanh Cừ Số hóa Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/ MỤC LỤC DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU VÀ CÁC CHỮ VIẾT TẮT DANH MỤC HÌNH VẼ VÀ BẢNG BIỂU………………….…………… …4 MỞ ĐẦU Chƣơng 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Giám định gen (ADN): 1.1.1 Sự đời sinh học phân tử: 1.1.2 Cơ sở khoa học đời giám định gen: 13 1.1.3 Khái niệm locus alen 19 1.1.4 Các tiêu chuẩn cho locus STR dùng giám định ADN 19 1.1.5 Ý nghĩa sở liệu tần suất alen locus STR 20 1.2 Tình hình nghiên cứu nƣớc khảo sát tần suất alen locus gen sử dụng giám định ADN 21 1.2.1 Tình hình nghiên cứu giới 21 1.2.2 Tình hình nghiên cứu nƣớc: 23 CHƢƠNG NỘI DUNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 26 2.1 Nội dung nghiên cứu: 26 2.2 Phƣơng pháp nghiên cứu: 26 2.2.1 Thu mẫu: 26 2.2.2 Phân tích mẫu: 27 2.2.2.1 Quy trình phân tích ADN……………………………………….27 2.2.2.2 Hóa chất, thiết bị dụng cụ: 28 a Hóa chất thiết bị cho tách chiết ADN 28 b Hóa chất thiết bị cho định lƣợng ADN 28 c Hóa chất thiết bị cho nhân bội điện di 28 2.2.3 Xử lý thống kê số liệu tính tần suất locus gen 29 29 29 2.2.3.3 Các bƣớc tính tốn thống kê kiểm định: 30 CHƢƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ BÀN LUẬN 31 3.1 Kết thu, bảo quản mẫu tách chiết AND 31 3.2 Kết thực phản ứng PCR, điện di phân tích kiểu gen 31 3.3 Kết xử lý số liệu thống kê 32 3.3.1 Kết tính tốn tần suất alen 32 3.3.2 Kết quan sát kiểu gen locus tính tốn số kiểm định Khi bình phƣơng………………………………………………….……….35 3.4 Một số ví dụ ứng dụng kết đề tài công tác giám định ADN Viện Khoa học hình - Bộ Cơng an 54 KẾT LUẬN…………… .………………………………………………….56 KIẾN NGHỊ 57 TÀI LIỆU THAM KHẢO DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT ADN - Axit Deoxyribo Nucleic ARN - Axít ribonucleic A - Adenine T - Thymine G - Guanine C - Cytosine NST - Nhiễm sắc thể VNTR - Variable Number of Tandem Repeat - Các trình tự lặp ngắn STR - Short Tandem Repeat - Các trình tự lặp ngắn ID - Identifiler/Identify definition PCR - Polymerase Chain Reaction - Phản ứng chuỗi trùng hợp FTA - Tên riêng vật mang thu mẫu máu (dạng thẻ) khoa học hình bp - Base pair DANH MỤC HÌNH VẼ VÀ BẢNG BIỂU Hình ảnh kiểu gen dạng peak từ mẫu ký hiệu KM100 Bảng 1.1 Các locus gen hệ Identifiler Bảng 3.1 Kết định lƣợng ADN phƣơng pháp Realtime PCR Bảng 3.2 Tần suất xuất alen 15 locus gen hệ Identifiler Bảng 3.3 đến 3.17 Xử lý số liệu thống kê 15 locus gen hệ Identifiler Bảng 3.18 So sánh tt lt Bảng 3.19 So sánh tần xuất alen với số quần thể MỞ ĐẦU Viện Khoa học hình đơn vị đầu ngành lực lƣợng kỹ thuật hình sự, trung tâm khoa học ngành Công an Việt Nam Một nhiệm vụ quan trọng Viện Khoa học hình cơng tác giám định phục vụ tố tụng hình sự, tố tụng dân yêu cầu cá nhân, bật lĩnh vực giám định ADN Từ tháng năm 1999, Viện Khoa học hình triển khai lĩnh vực giám định ADN với tồn quy trình đƣợc chuyển giao từ Viện Khoa học hình bang Victoria - Úc, sử dụng hệ NinePlex II (gồm 09 locus) Năm 2006 Viện Khoa học hình đƣa vào ứng dụng hệ Identifiler (gồm 15 locus) giám định ADN Với kit này, công tác giám định đạt hiệu cao so với kit locus NinePlex II Trong giám định ADN hình địi hỏi bắt buộc phải tính xác suất ngƣời ngẫu nhiên quần thể có cấu trúc di truyền trùng lặp với ADN mẫu vật giám định Để tính tốn đƣợc xác suất phải có liệu tần suất alen [7] Theo lý thuyết di truyền học, quần thể ngƣời (dân tộc) khác có đặc điểm di truyền đặc trƣng, thể phân bố tần suất alen quần thể khác áp dụng sở liệu quần thể cho quần thể khác Do đó, bắt buộc phải tiến hành khảo sát tần suất alen locus dùng giám định ADN hình dân tộc để đảm bảo tính khoa học, xác khách quan kết luận giám định Việc khảo sát tần suất alen locus sử dụng giám định ADN dân tộc toàn lãnh thổ Việt Nam việc làm mang tính cấp bách Việt Nam có 54 dân tộc, dân tộc Kinh chiếm tỉ lệ lớn (gần 90%) [1] có đề tài khoa học cấp Bộ khảo sát tần suất alen gen ngƣời Việt (Kinh) theo hệ Identifiler [12] Còn lại dân tộc thiểu số, điều kiện sở vật chất nhƣ ngƣời chƣa đáp ứng đƣợc nên chƣa thể tiến hành khảo sát tần suất alen cho tất dân tộc Trong nhóm dân tộc thiểu số đơng dân (Tày, Thái, Mƣờng, Khmer, Hoa, Nùng, Hmông, ngƣời Dao, Giarai, Êđê, Chăm, Sán Dìu, ngƣời Raglay) có số dân tộc cƣ trú chủ yếu tỉnh biên giới, điểm nóng An ninh Trật tự an toàn xã hội Theo Tổng điều tra dân số nhà năm 2009, ngƣời Khmer Việt Nam có dân số 1.260.640 ngƣời, có mặt tất tỉnh, thành phố Ngƣời Khmer cƣ trú tập trung tỉnh: Sóc Trăng (397.014 ngƣời, chiếm 30,7 % dân số toàn tỉnh 31,5 % tổng số ngƣời Khmer Việt Nam), Trà Vinh (317.203 ngƣời, chiếm 31,6 % dân số toàn tỉnh 25,2 % tổng số ngƣời Khmer Việt Nam), Kiên Giang (210.899 ngƣời, chiếm 12,5 % dân số toàn tỉnh 16,7 % tổng số ngƣời Khmer Việt Nam), An Giang (90.271 ngƣời), Bạc Liêu (70.667 ngƣời), Cà Mau (29.845 ngƣời), thành phố Hồ Chí Minh (24.268 ngƣời), Vĩnh Long (21.820 ngƣời), Cần Thơ (21.414 ngƣời), Hậu Giang (21.169 ngƣời), Bình Phƣớc (15.578 ngƣời), Bình Dƣơng (15.435 ngƣời) Tết: Ngƣời Khơ Me có lễ lớn năm, Tết Chn chnam Thmây tổ chức từ ngày đến ngày đầu tháng Chét (theo Phật lịch) vào khoảng tháng dƣơng lịch Lễ chào mặt trăng (ok ang bok) tổ chức vào rằm tháng 10 âm lịch, lễ có đua thuyền Ngo phum - sóc Lịch sử: Ngƣời Khơ Me từ Tây Khƣơng xuống Trung Lào vào khoảng thiên kỷ trƣớc Tây lịch, lúc với ngƣời Việt tộc từ Giang Nam di cƣ xuống Bắc (2), từ Tây Khƣơng (hay Tây Khang) Trung Lào không xa lắm, vƣợt qua Vân Nam đến, lại có sẵn “đƣờng” tiện sông Cửu Long Đến trƣớc kỉ XII ngƣời Khơ Me văn hoá họ giữ vai trị chủ thể vùng đồng sơng Cửu Long Văn hóa: Ngƣời Khơ Me có cống hiến to lớn vào kho tàng văn hóa chung dân tộc Việt Nam Về văn học dân gian, ngƣời Khơ Me chủ nhân di sản văn hóa phong phú gồm nhiều thể loại: dân ca, truyển cổ, câu châm ngôn, tục ngữ thƣờng nhƣ lời khuyên răn, kinh nghiệm sống Gắn liền với sinh hoạt khác nhau, dân ca Khơ Me có nhiều loại: hát ru con, hát lao động… hát không phản ánh khơng kinh nghiệm nơng nghiệp mà cịn phản ánh đời sống xã hội nhiều tình cảm ngƣời Khơ Me Hoạt động sản xuất: Bên cạnh việc trồng lúa nƣớc ngành sản xuất chủ yếu, nông dân Khơ Me cịn trồng hoa mầu đất rẫy Có hai loại đất rẫy: rẫy chuyên dùng rẫy vốn ruộng ven làng Giữa hai vụ mùa lớn, ngƣời dân Khơ Me canh tác thêm vụ hoa màu phụ ngắn ngày Trên đất rẫy, phổ biến loại đậu, khoai, ngơ, rau, mía, hành, ngị… Có nhiều địa phƣơng chuyên trồng đặc sản nhƣ dƣa hấu, hành đỏ, nhãn, trầu vàng, xồi… Ngồi cơng việc chăn ni, ngƣời Khơ Me vùng ven sông rạch hay biển sử dụng kỹ thuật đánh bắt cá nƣớc ngọc nƣớc mặn Rất ngƣời Khơ Me sống chuyên chài lƣới biển, có số gia đình chung vốn vào việc mua thuyền, mua lƣới đánh cá ven biển Nhƣ vậy, ngƣời Khmer dân tộc thiểu số nhƣng phân bố rộng rãi khắp tỉnh thành tập trung chủ yếu theo tuyến biên giới phía Tây Nam Bộ [1] Đây khu vực có thời tiết khí hậu khắc nghiệt, giao thơng lại khó khăn lại địa bàn nhạy cảm, thƣờng xuyên phải đấu tranh với âm mƣu thủ đoạn, hoạt động chống phá lực thù địch, loại tội phạm (tội phạm xâm phạm an ninh quốc gia, tội phạm ma túy, buôn lậu, buôn bán phụ nữ trẻ em, giết ngƣời, hiếp dâm, vận chuyển, buôn bán tiền giả, chất nổ, chất cháy ) Giám định ADN công cụ đắc lực phục vụ cho công tác điều tra, xét xử nói chung góp phần bảo vệ chủ quyền an ninh biên giới, giữ vững an ... DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT LUẬN VĂN THẠC SỸ SINH HỌC Đề tài : KHẢO SÁT VÀ XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU TẦN SUẤT CÁC ALEN Ở 15 LOCUS. .. áp dụng sở liệu quần thể cho quần thể khác Do đó, bắt buộc phải tiến hành khảo sát tần suất alen locus dùng giám định ADN hình dân tộc để đảm bảo tính khoa học, xác khách quan kết luận giám định. .. locus alen 19 1.1.4 Các tiêu chuẩn cho locus STR dùng giám định ADN 19 1.1.5 Ý nghĩa sở liệu tần suất alen locus STR 20 1.2 Tình hình nghiên cứu ngồi nƣớc khảo sát tần suất alen locus